Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr1_0717600

Sequence Length

698 nt

GC Content

0.4756

AAAUCCUGACAUGAGAACAAACAUAAUCCAUUUGAGGAACAGAAAGAUGAAAGUGCCUAGACUGCAGGGAAUGAGGGGGUGAGUAUGAGACAAGAUUAAAAAGGCAGACAAGGAAACCCAGGGGUCAAUCCAGGUUUUAACGGAAUUUUAAAGCUUAUAAAAUUGGGGGAACAGCCCUCUUCAAAAAAAAAAAGGAACAUAAAACUAUAAAAACAAAUUUAGGUCCUAAAUUGAAUAUUUAUUCAGAAUAAGAAAGGAAACGACAUCAAAUUACAAAUUUUUAGAAACUGCCAAUCACAUAAAAAAGUACUAAAUUAGAGUCUGGCCCCUCCGAGUUCUGGCACCAGGCAAGCUCACAUCCACAGCCGGUGCACCAGCAUCUCCCUCAUGCCGGGUGAUACUGCCAGGUCUCCAGGCACCACAAUCUCCCUCACGCUGGACACUGCUCUCUGGGCACCACCAUAGCCCUCAUGCUGCACAUGCUCUUGGUCCACGCACAGUAGCCACAGCCAGCAGGGCUGGCCUUCACGGCCUCCUGUGCUCCCCCUCCCACCCCUAGGCUGGAGUGCAGUGGCACAAUCAUAGCUCACUGCAGCCACAAAGGCCUGGGCUCAAGGGAUCCUCCUACCUCAGCCUCCCGAGUAGCUGGGACUACAGGAGUGCACCACCACGCCUAGCUAUUUUUUAUUAUUAUUUCU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-184.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -198.10

Frequency: 0.0000

Diversity: 141.01

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...((((.(.(((.((..........))))).).))))..(((((((((((((((((((((..((((((..((((((((((.....(((((...........(((((....((....))((((((((....(((((((((.......)))))))))........(((((.....))))).............((((.(.((((..............)))).)))))....(((((....)))))................(((.((.((((....((((((....................))))))....)))).)))))))))))))....(((...(((((.(((...............))))))))...)))(((.(((.......))).))).)))))..)))))....)))).......))))))..)).....))))..)))))))))......((((((...((((.....(((..((((..((.....)).)))).)))))))))))))((((.....))))(((((((.((((..((((...((((((((((..(((((((((.........)).))))))).)).....)))))))).....)))).....((((.((........))))))..)))).)))))))(((......)))((...))....)))))))....)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

...((((.(.(((.((..........))))).).))))..(((((((((({,(((((((((..((((((..((((((((((.,,..((({{...........{,((({{..(({.....{(((((((.,,,(((((((((.......)))))))))........(((((.....))))).............((({.{.{{{,..............}))},,))))...{(((((....))))),.........},,...(((.((.((((.....((((({.....,..........,,,})}}))....}))).)))))))))))))}}..}}}}}}(((((.(((...............))))))))..|,|,|{|.|||,,,,.,.}}|.|||.}}}||..)))}),.,,))}}.....,.))))))..)).....))))..)))))))))......((((({..,((((,....(((.,((({..,,,,.,}),})),,.}))})))))))))((((.....))))(((((((.((((..((({...((((((((((..(((((((((.........)).))))))).)),....}))))))).....)))}.....{{{.,{(,,......)))}})..)))).)))))))|{{,.....,,,||...,,....,}}}})),,..)))))