Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr1_0718000
Sequence Length
2304 nt
GC Content
0.3837
GCGUGAGCCACUGUGCCAGGCCCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAGACAGGGUCUCACUGUGUCACCCAGACUGGAGUGCUGCAGUGGCAUGACCACUGCUCACUGCAGCCUGACCUCCUGGACUCAAGCGAUCCUCCCACCUCAGCCUCCUGAUCUCCCACAUAGCUGGGACUACAGGCAUGCACCACUACACCUGGCUAAUUUUUAAUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGUUUUGUAGAGAUGUGGUCUCGCUAUGUUACAGGCUGGUCUCAAACUCCUGGGCUCAAGCAAUCUGCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUCAUAGGCAUGAGACUUUGUGCCAGGCCUUCUAUUUAUGUUCUUGAUAUUAUCUAAUUUCCUACAGGAUUUUGUUCUCAUAUCUUCUCUCUGUUAUCUUUCCAUCUCACCUGGACAAUUCUAUAGCUCACUCCUAGACAGCAAACAAACACACUUAUCUCCCCAUUCUAAAAAAUAUUCACUCACUCUUACUACAUGUUCAACCUCUAAUUUUCUCUAUUCCUCUCCACAACAUCCAGCUUUUUUGAAGUCUACUUUCUCAUUUCCCAUUCACUCCUUAACCUUCAACUCCACACUGGCGAAUAUGGUCAUCAACCCCUUAACACAGCAGUUGCUCUUUCAUUAGUCACCAAUGAGCUCCUUUCUGUUACUCAUCAUACCUCCUUCACUGUUUUAAUCUUGCUCCUCCUUUUAGAUGACUUAAAUUCUGUUCAUCGCUAAAGUAUGAGUGGAAAGUGGGGUAGUGAACCCAGACAAGACUGGGUGUGGCCCUGGCUUCAACAGUUAUUGCACUUUUCUGAGCUGACUGACAUAGGACUGGUCUGUCUUCCUAAGGGAUAACUGAACUAGGGCAGGCACUAGAUCCUCAUUUAUCUUUACAUCCUUGAGCUCUUUAUAUCUUUAUAUACUGUGUGCUUGGCACAUUAAGUAGACACUCAAUGGGGCUGUGGAAGGUAGGAAAGAAAGAAAAUGGGGAGGGAAUGGGUGGGGAAAAAUGCAGGAAACAAUUUUACUCAUCUUUUUAUCCCUAAGUACAAAGUAGAAAAGUUAACCAUAAUAGAACCUCAAUUAAUGUUUGGUGACCCUUACUGAAUACAUAUAUACUACCUAUUGCAUGAAGAUUUGGGUUUUGUUUAAUUUCAUUGAACGUUUACAUUUAAAUUCUGAGAACUGCACAUUUACCACAAAACUAUGGUUGUAAAAACUAUACUGUUAAUUAUAGUUACAGUUGCUGACUCAUUAAGCAAAUUCAUAGUUUUAGAAACAUAGUUUUAGUCAAUGAAGCAAUAAAAUAUACUUUAGCAUUCUUCAACAUUCAGACUAGGGGUAGGGGAUGAUAAAGAGAGACAGCGAAGUUAAGACUCAACAUGAAAUGAGGUAGAAAUAAAAAGAACAACACUGAAGUCUGGCCAUAGGGUGGUUAAAAGGCUCUGUAAUUUUCCUAAAAUUAACUUUCAAAUAUAUGACAAAAUUGUCAUAAAUAAGUUAGUCUAGGUUUAAAGAGCUUUUUUGAAAGUCUGAUUUCUGUUACUUAAGAAAAAAUAAAAUGUCUCUAAUUUUUAAACAAAGCACACAUAAACAAGCUGCUUUCAAUAAAUGCUCUUUUACUAUAUUUCAAAGGAAAACUAUCUAGCACUUUGGGGCACUUAUUAAAUAGUGAAAAGAAAAAUAUUUCUUUCUAGUUAAAAAAGGAUGAAGACAAUUCUUGGGGAGUGGGGGGAUCCAAGUAACUGAAUUCUGUCUAUAACUUAAAGUUCCUUUUUUUUUAGCUCUUAUUCUCUGUCUUAUUUCCAAGUUUCUAUUUCCUUUACUUGCUUUUAAAUGUCAGUAUUCUCCAGAGUGCUAUCCUCUCAUCCUUCUCUUAAACAUGUUCAUUGAGCAAUCUCAUCUGUACCAGAAAAGCACACUGUUUAGGAGUAUACCUUCCAGGACCAAAUGUGCUUGUGUUUGAAUCCUGACCCUACUACUUGCUAGGUGUACAACCUUAGACAAGUUACUUAACUUUUCUGUACCUCAGUCUACUCAUCUGCAAAUCAAGGAUAAAGCAGUGCCAACCUUACAGGGCUGUUGUGAGGCCUCAGUUAAUAUAUAUCAAAUGCUUACAAUGCUGCCUGGCACAUAAUAUGUUUUCUAACUAAGAGUGUUAGCUAUAAGAGGGCCAUAUAAUUCACCCAGGGCACUUCUAAGAUUUAAGGAAGAGAUUAUGGGCCAGGUGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUGCCAGCACUUUGGUAGGCCAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-575.49 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -620.78
Frequency: 0.0000
Diversity: 600.74
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((((((.(((((...((((((((((...(((((.((((.(((...))).))))...(((.(((.((((..(((((((.....))))))).)))).))).)))...((((((........((((((..(((.((((....))))......(((((((.(((((((((....((((..((............................................))..))))....))))))))))))))))...((((((.............((((....(((...)))..))))))))))......)))..))))))...(((((((....))))))).((((((((............(((((....(((..(((....)))..))).....)))))................((((.......))))......((((((((((((.(((..((.(((((.......((((((((((................................((((...(((.((.((((((((((((((((((.......(((..((((((....(((((((((.(((.((((((((((((((((.(.(((.((((.((..((((((....(((((((...........((((.((..((((.................))))..))..))))......................((.........))...........))))))).............))))))..))..)))).))).)))))).)))))((((((......))))))((((((((((.((((.((((((..((.(......).)))))))).....((((......))))(((....)))....)))))))))))...))).(((..((((................)))).))).((((....))))((((((((((...))))))..))))........))))))..))))))))))))....))))))..)))))))))...)))))))))))).)).))).)))).(((((((...(((.........))).....)))))))......((((.((((.............)))))))).(((((((((((((.................(((.(((((......((((((((...(((((((((..((((.((.........)).))))..............(((((((((..(.(((((.(((((((((.(((....))))))))((((.........)))).....))))))))).)..)))))))))..))))))))).))))))))...)))))))).........))))))..))))))).))))).))))).(((..((((.(((((((((........(((((((.((((((...............((.((.((((((((((...))))))...)))))).))......((((..((((((((....((.(((((((....))))))).)))))))))).)))).....((((((((.((((((((....(((((........)))))....(((((.......))))).......(((............))))))))))).))).))))))))))).)))))))(((((........(((((((((((((((((........)))).(((((((....)))))))..........(((((...(((.....((((((((..(((.(((...(((...(((((..........((((...))))........)))))..)))....))).)))..))))))))..)))...)))))((((.((........)).))))..)))))))))))))........)))))(((((((((((((.(..((((....))))((((...))))...).))).)))))))))).........(((((.(((((........)))))..)))))........(((((((((((.....))).))).)))))..))))))))).))))..)))............(((..(((...)))...)))((((((.........(((.((((((((........................))))))))...)))))))))......))))).))..))).)))))..)))))))))))))))...........))))))......)))))...))))))))))....))))).)))))))))))))))))((....((((((....)))))).....))
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((((((.(((((...{(((((((((,..(((({.(((({(((,,{|||,||},.{{(((,((({(({((((((((((({......,))).))))))))),,((((.(((({{,.,.(((((.....((({.((.((.,((((...(((((......}))))...)))).,.))....{{{{{...|{{..................................)},.))))).)},))))..))))).,)},.))))..)))).....,,||{((({..,.(({...,}}.})}|{{|||||.,...)),,)))))..,,}}}||||}}}}}})))}|||.((((((((......,.....(((((....(((..(((....)))..}}}.....}})}}................((((.......))))......((((((((((((.(((..((.(((({.......,{,{{(((((((((.......................,.....||,,..(((((.((((((({(.(((((((((({......,((((((.((((.((((((((............,(((((((({,,{.(((.{(((.({..((((((....(((((((........,,.({((.((..((((.................))))..))..}))),.....................|,.........},...........))))))}........,....)))))).,))..)))),))}.)))))).)))))((((((......))))))((,(((((((.((({.((((((,.,{.,......|,|||}|}}|....,((((,,,,,.}}}|{{{...,})}...,))))))))))),,})}}.||{,.|{{{................)))),)),.{{{{.....))).}.,{({({{...)))))}.))))))))..)))).))))))))))}.)}.)))))}},.}))))))..)))))}}}}))))))))}....((((({.......{(({.(((((({{{((((((({,{{....,{{|{{{..{{{{,....{(((((((({.{{{{.{(((,,((((,...,||,||,,,.,,.......,}}}....}}}}...}}}}.))))))}|||,,.{{(({{{({,,{({{.,...,,,.,..}},}}},,{,.,,,,.,,...(((((((((.,(.(((((((((({((((.{{{....})}))))|((((.........)))),....))))))))).),.))))))))).)),))))}}},,.,,,,......,))))).}},)}}.,}.}}..,}))))))))))))))))))))}(((.,((((.(((((((((..,,,...,{{{{||,|{{{{{{,,,..,|||,,,..,..{,{{{{(((((((...)))))),..|||||||}}......((((..((((((((....{{.(((((((....))))))).}})))))))).))))...,{{((((|{{,((((((((....(((((........))))}....,{{{,.......,}}}},,.....(((............))))))))))).})}.)))))))}}}}.)))))),(((((........(((((((((((((((((........)))).(((((((....})))))).........,(((((...(((.....((((((((,,((({(((...{((...{{(((..........,{{|...}))}........))))),,}}},,,,))).})}..}}))))))..)))...))))}|(((.((........)).)))}..)))))))))))))........)))))(((((((((((((,,..((((....)))}((((...))))..,}.}}}.)))))))))).........(((((.(((((,......,)))))..)))))........(((((((((((.....)))}})).)))))..))))))))).))))..)))..........,))))}......,)}}.,.,..((((({........{(((.((((((((,.....,,........,......,)))))))}},.)))))))))......))))).))..))).)))))..)))))))))))))))..........}}}}})},.,..,)))))...))))))))))..,.))))).)))))))))))))))))((,...((((({....,))))).....))
Back