Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr1_0718200
Sequence Length
1215 nt
GC Content
0.3695
UAUUUUCAAUACAAUAAGGUUUUAUUAUACAGUUUCUGUGGGAAAGGAGUGACUUAGCUAGGUGGUUCUGCACCAGGGUCUGUCAUGAAAUUGCAGACAAUAUGUUAGCCAGGGAUGUAGUCAUCAGAAGACCCUACUUGGUUUCUACUAUGGCUUGCUCAUAUGAUGGAAAAGUUCAUGAUAGUUUUUGGCUUAUAAUUCCAUUUCUGGUGGGAAUAGCAGCUUAAUGGCCAUUCCACCUUUAGAUGAGUCAAGAUGGUGUUUUUCUAGGUCACAUAGCAGUUUGAAUUGCUUUUUGAACUAGCAUAUCAACAGCUUAUCUUCCACAUUUUAAAUCACAACAUUUGAGUAAUUCAUAGUUUCACUAAAACAUGUAAAAACUCAGUAGUGAUGAUCAAAAGCUGAGGGUAUCUCAGGCAAAAGGGGAUAGCUGGUCAUGUUCCACUAGAUCCCUAAACCAAAGACACAGGGUCACUAACAUAACAUGGUAGGCACCACCCUACUGUUUCUGACACUACCUUUAGUUCUACUACUGCAACUAUUAUUUAUAUUCUGAGAAAAAUUUUUAAAUAGAUUACAUAAAGUUAAAAUUAAAUGAUAUCAAGAAAAGGCAUCUAAAAUGUAGGAUACAUGACUAGUAAACUAGAAAAGAUAAGAAAAGCAUACAGGCAAAGUAAAACAACACAAAGGCAGAACAAAAAUCCACCGUAGAAAGAAAUAGUUUCUAUCAAGAGAAUAGAAAUCUGAAUCAGUGAAACAGAAGACAAACUACAAACAUUCAUGGAAAAUUAAGGGAAAAAAGAUAAAACAUAAAACUUAUAAAGGGAGAAAGGGCAGAUAAGGAGGAUAGGCUACAAAUGUCUAAUCAAAGAUAAUAAGGUGCUAUGCUACCAUGGUGGAUUACAGGAGGCCAUAAAUUCCUUAUCAUUCUUCCUAUGAGGAAAUGGACUCCAUUUCCCCUCCUCUUGAAUCUGAGCUGGUGAAUCUUGUGACUUGUUGCACGAGUAAAAUGUAUUGGAACAAUGAUCUGCCACUUCUGCAACUAGUCUUUAGAAGAACUGGUGGCUUCCAUUCUUAGAAGUUAGUAACAUGCUCUAAAGUAAUCCAGGAUGACCUGCUAGAGAGAGGCAACAUGGAGGCGAACUGAGGCACUCUGAGCCAACAUUCAAGCACCAAGGACCCAAAUACAGGAAUAAACCAUUCUACCAUCUUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-269.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -292.20
Frequency: 0.0000
Diversity: 359.52
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.................(((((.........(((((((((((...((((((.(((((((.((((......)))))).(((((.((......)))))))....(((.((((((((((((((((((.(((.((((......)))))))...))))).)))...(((.(((((....))))).))))))))))))).)))..((((((..((((((..((((((.((((.((.((.(((..(((((((((((((...(.((((((....((((.(((...((((((....))))))...))).)))).)))))).).))))))).(((((((((((.(((((.((...(((((....(((.((((.....))))))).....))))))).))))).......(((((((((((..(((((((..((((....(((..(((((((....(((..((((.............))))...)))....)))))))..)))....))))..)))..))))...))))))))))).............(((((((((....((......(((((......)))))......)).......)))))))))...............)))))))).)))..(((((((((....))))..............((......))............(((..(..((((.......(((...(((((((.......)))))))...).)).......))))..)..)))........................)))))......((((......................))))))))))..))).)).)).........(((((((.......)))).)))........)))).)))))).)))))).)))))).....((((.((((...((((((((..........)))))))))))).))))..(((.(((((((((...(((.(((.(((..((((((.((((.((((((.((((......(((((...))))).......)))).)))))).))))((((((.....((.(((((((........))))))).))......))))))......)))))).))).))))))..))))......))))).)))))))).))))))...)).........................))))))))))))))................
Thermodynamic Ensemble Prediction
,.,.....,,,....,.(((,,.........(((((((((((...{({(((.((({({{.((((,,,,,.}}}|||,(((((,((,,,...|}}}}}}..,,((,.((((((((({({(({{((,(({(({((......))))))).,.}))))).}}.,,|||.{{{{{....))))),))))}}}))))||,,},..((((((..((((((.,{(((((.((((.{{,((.(((..((((({{((((((...,.((((((,...((((.(((...((((((....)))))).,.))}.)))).}}}})}.}.}||||||{((({{{{((({.(({{{.,,.,{(((((..,{({(.((((.,,,.}}}}|||,,...}}}||||,|||}}.......{((((((((((,.(((((((..((((....(((..(((((((....(((..((((.............))))...}}}....}))))))..)))....))))..)))..))))...))))))))))),.,}}}}}}....({(((((((.,,{{({,,,..,,{||,,...,)}}}}......}},,.....))}))))}}.........,,.||,}},,}})).))},}}}}}.((((....))))....,,,.,,....((......))...,,.......,,,...,,|,{{.......||,.}}{{{{{{{......,|||||||,....},.}}}},,}}}}..|,.}})},.},},,......}}.,.....,}},}},,....,.,,,,...................,})}}})))))..))).}).),........,{{(((((.......))))}.})........)))).)))))).)))))).)))))).....((({,||{{...{{({{{{{..........)))))}||||||.}})),,|||,(((((({((,..(((.{((.(((..{(((((.((((.((((((.((((......(((((...))))).......)))).)))))).))))((((((.,...((.(((((((........))))))).)).....,)))))),.....)))))).))).)))}}),}))}},,....))))).}},}))}},)))))),,}))......,,,}},,......}}}....})))))))..........,,,...,,.,.
Back