Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr1_0854000
Sequence Length
1578 nt
GC Content
0.3289
GCCUCCCGAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCAUUGCACUCAGCCGUGUAUCUUCCAUACACUCUAUCUAAGACCUUGCUCAUAACAUUCCCAGUCAAUGUUUGUGGAAUUCAAUUAAAUAAUACAUUUUCCUGCAAACUAAAACCACAAAGAGAUACAAUUUCACACUCACUGUGAUAGCUAUAAUCUAAAACAGACAAUAAAUACUGGUGAGGAUGUAAAGACACAGGAAACCACAUACAUUGCUGGUAGGAAUGUAAAAUGAUACACCAUUUUGCAAGACAAUUUGGCAGUUUCUUUAAAAGCUAAACAUGCUUACUGUACAAUUAAGAAAUCCCAUUCCUAGGUAUAUACAUGUAUACACAAGAGAAAUGAAAACAUAAACCCACACAGACUGGUAUGCAAAUAACUUUAUUUAUAACAGUGAAAAAGUGAAAACCACUCAAAUGUCUAUCAACUGGCUUAAUAUUUAAACAAAAUACAUGAUAUAUCCAUACAACAGAAUAUUCAGCAAUAAAAAAGAAUGACGUACUGAUAUGUGCCACAACAUGGAUGAACCAAAAAAUAUUAUGUUAAGUGAAAAAAGCCAGAUACAAAAGACCAUCUAUCAUAGGAUUCCAUUUAUAUGAAAUGUCCAGAAUAAGCAAAUCUAUCAAGAUAGAAAAUAAAUUAGUGGCUGCCUGAGGCUGGUGAUGAAAAUGUGCAGUAACUGUAAAUGAACAAGAAGGAUCUUAUUUGGAUGAUGAAAAUGUCCCCAAACUAGAUUAUGGUGAUGAUUGUACAACUCAUAAAAAUCAUUAAAUUAGUUGAUUUGAUGGUAUGUAAAUUACACCUCAGUAAAGUUUUUUUUAUGAAUGCAUUUUCCUAAAAUAAACAAACAAUAGAAAUUAUAACCAAAAAGGUGUUUUAAAACAUUUAGCUAACUACAGAGAAUGGGAAGAUACAGAAUGGAGGGAGCAGAGAUGGAAGCUAGACCUCUCUGAACACAAUUUGUAUUUAACUUUUUAAAAUUUCCCUUUGGAACAAUAUAAAUGAUCUACAUAAUGUAAGGUAAAAUUGAAAGGAAAAAAGCAACCCCCCAAAACUGAAAGCAAAUAAAAACAAAUGAACCUUAAUUGUGUAUUGAAUUUGUGGCUUAACAACAAUAGAGAGAAAUUAUUUCAAGUGACUUCAAAGUAAUCAUACUGCUAACAAUAACAUUCAUAUUGUCACUUGGAUUCAUAUAUAUUACAAAUAAUAUAUAUGAUUUUACAGAUCUCUGUGUGUGUAGGAAAAGAGUAAGUAACCACAUUACUGUUGUUAAGAUCAAGAUUUUCAGUAUAAGAAAAAAAAUGAUAUAAAGUCAAAGAGGUUAAACAAAACCCUGCAAUCCUAAAUUUGAAUUAGAAAUAUCAGUAAAAAUUCAUGGGGUUUUUUGUUUGUUUGUUGUUGUUGUUGUUGUUUUUAGAGAUAAUACAAGUAUUGCCUAGCUCUGCCCACAGAAAAAGCCUAGAAAUGAUGGGCAACCAGCCGCGUGUGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGAGAAGCUGAGGCAGGUGGAUCACCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-366.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -397.06
Frequency: 0.0000
Diversity: 405.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((.....))))))(((((((.(((..(((((..........((((.((((((.(((((....................(((((((.................(((((...)))))...(((((((.(.((..(((..(((.....)))..)))..))))))))))..(((....))))))))))))))).))))))))))......(((((((((......)))))))))(((((.(((((((((........((((.......)))))))))...............(((((((.(((((((....)))))).).)).).))))...................((((.((((..((((....)))))))).)))).....((((.....))))))))))))).....(((((((..((((((........(((((((((((((((........((((((((....................)))).))))........))))))..........)))))))))))))))....)))))))......................((((..(((....)))....))))......))))).)))....)))))))............)))))...(.(((((((..........(((((...))))).............(((((..(((((..(((......))).)))))..)))))..((((.(((((.((((((.(((..((((((..........)))))).))))).)))))))))))))........((((.(((((.(((......))).))))).))))........................(((((((....))))))).........(((((..((((..(((((....(((.(((..((((((.((........))))))))........((((.(((..((((((((..(((.((((((((.((.......)).))))........)))).))).))))))))..))).)))).))))))...((((((((((((((.(((((((((((........(((((((((....((((((((((((................((((((((((.....((((....)))).....................)))))))))).((((((((((((....))))))))))))(((((((.((......)).)))))))....(((((((....)).)))))))))))))).))).....)))))))))..........((((.....)))).((.((((......))))))..(((((((....((((((...............)))))))))))))....))))))))))).)))).....))))))))))...........))))).)))).)))))............(((((.......))))).))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).))(....((((((...)))))).)
Thermodynamic Ensemble Prediction
((.((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.({(({{(((((,,,,,}}}}}|((({{{{.,{,.,(((((,,,.{{{(((((((.((((((.(((((....................(((((((.................(((({...,}}}},,.{{{{((|||.{{..{{{..(((.....))}..}}}..}}}})))))),.}||.......))))))}))))).)))))))))}..,))}|||((((((......))))))))}{{,{..{((((({{({,......{{||,,,,...)}||{((({{{,.,......{{,{((,{(((,(((({{{...,||||||.|.,}.},,,||............,.......,||}}||},|.,,,,,{{|,|||||..,,))}},,,|||{....,||||,,,,}||||.,,..(((((((..{{((({..,.....(((((((((((((((........{((((({{.............,...,,.}))}.}})),,......)))))),.........,))))))))}}})))....))))))).......,||,..|,|.{{,,,{(({..{{{|,.,}})}.,,)))}.,..,.}}},,.}}}....,)))))).........,}}))}))}},|.||{|||{}}}...,,|||||||}},}}}}..,,...},.....(((((..(((((..(((......))).)))))..)))))..((((.(((((.(((({{,(((..((((((,,......,.)))))).))))}.))))))))))))).,..,,,,({{,.|||{{,|{{......))),|||||.,|||..,,,,,{,........,{{.....|||(({....,}}||||.,,.......}}}}..}|||}}}}}|||,..{({.(((..((((((.((........)))))))).......,{(((,{{{..(((((({{..{({,({({{|{{.{,.......}}.||||,,...,}})))),,,,.))))))))..}}}.}}}||}}}))}...|||.,(((((((({,{(((((.(((((({{.,,.(((((((((..{.(((((((((((({{{{,{{{........((((((((((.....((((....}}}).....................)))))))))).((((((((((((....)))))))))))).,,,,,,.,|}}}},}||,|||,||......,,,,,,..,,)),)})))))))))))).)))..}..))))))))).,,.......((((.....)))}.((.((((......))))))..,,,,{,,...,{{{{{{.......,,,.....}}))},))))))))}))))))))))))).}))))}}}}))}})))))),},,||}}},,,}}}}||,,.,|{|(({{{{||,.....,,,,,....,}.))))),,}})))},,))))))))))))))))))))))))))))))))))).)).)){....((((((...)))))).}
Back