Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr1_0857500

Sequence Length

754 nt

GC Content

0.4748

AAGUCAGAAAUAGGCUCAGCUGUCUCAUGGAACUGUUUGGCCAGAACCAGGAUGUCUUCCAGCUGUUUUUGCCUGGCUGCUGCCUUACUGAGUAGUUCAGUCCAUCUACUUUCAAGACUCUCCAGCUGUCCAGUGAUUUUCUCUCUAUCAGCCAGCUCUGCUGACUGGGCUAUUCUGCCUCCUUCUGCUUGAAGCAUGUCUACUGUGGCCUUUCGAUCAUCUAGGAGCCGCUGGAGCAACUUCUGUUCUUGGAUCUGUGCUUUCACCACUUUAUACUCAGCAGAUGGAGGUUUCUGAUUGGCUAUGAGCUCCUCGGUAUCUGCCAACCAGCUGAGCAAUGGCUCCAAGGCAUCUUGAAACUUCCCACAAUGCAACAAAGCUUCCUGUAGCUGUGCAAUUCUUUGUGCGACCUUUUUAUUCAAUGUAUUCCAUCGAGCAUUGAUCUCUUCCAUGUCAUGUUCUAAACCCUGUACAUCACAGUCUUUUCCUGCACUCUGAAUUAAUCCCUGGCCAAGUCCAUUCACCUGCUGCAAUUUCAUCUGAAGAGGAUCCACUUGUUCUUUCUGAAACAUUUUAAAAUCUGCUAAUUGUUGGUUGAUGAUUUCCACUUCGGUCCCCACUACCCACUGGAGGGCCUCUGCCUCCUCUGCUGCUGUGGUCGCGUCAUUGAGUCCUUUCAAUUUCCUGUAGAAGUCCUCUACACGGCCUAGUGUCAGUUCCAGCUGUUCCUGACGAGCUUUCCCCCUCUCUGUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-195.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -211.53

Frequency: 0.0000

Diversity: 174.03

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((.((((...((((.((((......(((((....(((((((((...(((((((((((..((((((...(((.((((((..((..(((((((.((((((............(((.(((.........)))...)))............(((.((((...)))).)))(((((.((.((((((.(((((((((((((((((((..((((((((..........))).))))).((((((.....)))))))))))..)))).)))).............)))))).))))))....)).))))).)))))).)))))))...))....)))))).)))))))))..)))))))))))........((((..((.(((........))).)))))).(((((...(((((.............((((((......((((((.(((.........)))))))))........)))))).............)))))...))))).....))))))))))))))......))))...(((((...((((((.(......).)))))).))))).........(((.(((((...))))).)))((........))((((((((........))).)))))...))))..))))))((((.(((((....((((((....))))))....((((((.....)))))))))))))))..((((....))))....(((((((..........))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

..,.((((..,(((..{((({{,...,(((({({,,((((((((...(((((((((((..((((((..,(((.{(((((..((..(((((((.(((((({,(,{{{........,{,,.....,{,,({{,(({{{......,....,||||{(({...))))})))|||,...,.((((((.(((((((((((((((((((..((((((((..{,...,}.))).))))).((((((.....)))))))))))..)))))}})).............)))))).))))))....)),}))},.)))))).)))))))...))....)))))).)))))))))..))))))))))).............,((,,(,.,(((......))))))))|((((...(((((..........,,,(((({{......{{|||||||..........}))}}}}}}........)})))).,,},........}))))...)))),.....))))))))}}}}}}..,...||||...,{{{{...{{(((({(......|,||},,,.})))},,.......(((.(({{,..,}}))).))){,....,,,.,,(((({(((........}||,||}}}...}},}}}.|}|,,|{{|,||{{{.|..((((((....))))))..,.((((((.....))))))}))))})))}.)))}},}}}}})..,}})}}{||,,......}}})))).,.