Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr1_0934300
Sequence Length
1349 nt
GC Content
0.3284
AUUAACACAGAUCAAUACCACCUUGACUUGUUGACCCAGAGAAUUCUAAUUAGAUUUUAGGUGCAUUUUUCUUUAUCUUGGUAUUUAAUACAUCAUCUAAGUCAGUAACCGUGUUAAACAAAAUUAAAAUGACAAGUUACAGCUUACUUCACAGUCUAUUUCAAAUUCAGCUUGUCCACUAGGUCAGUUUUACAGGAGAUGGUCUUUUAACAUGAAGAGGUCUGAUAAUCUGGCAGGUCUCUUCUCUCCCAAUUAAAAAAACAAGAGUUUUUUUGCUAGCUUGACAAUUUUAUAGGUGAAAAACAUGAAGUGAGUAAAUAAACUAAACCACAAAGAUGGACAAAAAGCAAUAUGAUAUAAAACACAUCACUUUUUCUAUUUGUAUUCAGUGAAAGUUUUUACAUUUCAAGUAAAUGAGCCUUCAUUAAAAAAAAAAAAACAAAUAUAUAUGAAAAAUUAAAGUACCUUCCAGUUCUAGCUUGCUGAAGUUUCUUCUGCAAAAGUACAAAAAUUAACCCACUAAGAACUAAACAGGACAGGGCCACGGCAAAGGCAGAAUGGCUGCCAUGUUAAGACUUUUGCUUGCCUUAUACUGAUGGGUAUAUUUUAGGUGAUAAAUUUUCUCCACUAUCUAUCACUUAAAAUGAACAUUUUCUUACAAACUUUAUUUGUAAGAAACUGAUUUUUAUUAAUUAGCAAACACACUGAGAGGUAUCUGUUGAUCUAAAAUUCUCUAAAUCCAGAUAAAUCUUUUUAAAAAUUUAUUUCACACAUGAGGCUUUAAUAUUUUUAGUUAGGAAAAGAUCGAAUCUGAGGCUAUAAUGGUUCAACCUACAGCAUCCCUUUUCCAUAGUGGAGUAAAUCUGUGCAAAAUAUUUUUCCUUAUCUCUGAAAAACAAAUUAAGUAGAGGAAAUUUAAAAAUGCACUUUAGCCAAUUUGCACCAAUCAUAAAAGAAAUAAGAUAUUCUUUCCCUUACCCUCACUCAACCAUUCCAAUCAGGGGAGAAUACUGCAAACUUUAAGAACCUCACUGGCUAUCAUCAGAAUAACUACAGAACAGGGUAGUGCAGGGUGAAACUAUUUCUCUAUAUUCCAGAAGGCAGAAGCUUGGGUGCUCUAGCUUUACAAGUAAAAUAGCACAGGCAGGCAAAAGCUCACAGUAAAUGUAUACCAGAACAGGGGCCUAAGUGAAGGUGAAUUUGUCUGACUGGGUUACGGCUUUUAUAAGAAAAAAAAAAAAAGACGAAUCUGUAAUGAAGAAAAAAAAAAAAUCCUAAAAUUUUGUCACAUUUACAGGAAUCUCAAACCUUUUGUAUUCCCAUGCUCACAGGUAGUUUUGAUACACAUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-267.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -295.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 295.20
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((.((.(((((((..(((.(((..(((....)))....((((((((((....(((((((((((....((((...))))......(((((..(((((..(((((.............))))).))))).))))).....(((((.....((((((((.(((...(((((((((.........(((((..............(((((((((((.........))))))))))))))))....(((((((((....)))))))))....(((((((....(((((((((((((..(((.((((((......)))...(((......))).......................))).))).)))))).)))))))...((((((.((((((((.......))))..)))).))))))......................................((((((((((((((.((((.((((...)))).))))...................)).)))))).....))).)))((....))...(((((.....))))).))))))).((((((((((((((((.(((((((((.((((((((((((((.((..........)).)))))))))))))).))..(((((((((((.....)))))))))))((((((......))))))..........((((..((((((..(((.((........)).)))))))))..)))).......(((((((((((......((((...........)))).(((((((...((..((((((..............))).)))..)).)))))))...)))))))))))..(((((...((..(((((((..((.(((........)))))..)))))))..))....)))))..((((((...((......((...((((.....((.(((((((.((((........................))))))))))))).....))))..))....)).))))))))))))).)))(((((........)))))..((((.((.....)).)))).....(((...(((....))))))(((((...((((...)))).....))))))))))))))))))...(((.....)))...((......))))))).))))))).))))))))...)))))((((.((.(((((..............))))).))))))....)))))))))))........)))))))))).))))))......(((((..((((...)))).))))).....))).)))).)).))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........,(((((.((.(((((((,.{{,,{{,..{((,...|}}....{(((((((((....(((((((((((..,.(({,...,}}}....,.,(((((.((((((.{{{{,.,,..........|||,{(((....}}},},,},.(((((.....((((((((.(((...(((((((((.{{{{,...(((((,,.........,..(((((((((((.........)))))))))))}))))....,,,,,,,,,...{(({|,|{((({.((((,,...{((({...,||}}}.,..|,}))},}}}}}}.,}}}}...,,{,..,{{(({{..(((((..,,.((,,......}}.)),,))))})))})))}}..,.{{((({.{{{||{{|.,,,,,.))}},.|}}}.}))))}.......................,,..........{,.(((({{((((((,(.((((.((((...)))).)))}.,|{...............}}.}))))).....))).}}}((...,||,..(((((.....))))).}}},.,(,((((((((((((({({.(((((({((.((((((((((((((.{{..........}}.)))))))))))))).))..(((((((((((.....)))))))))))((((((......))))))..........((((..((((((..(((.((........)).)))))))))..)))).......(((((((((((......{(((..{,....,..)))}.(((((((...((..((((((........,.....))).)))..)).)))))))...)))))))))))..(((((...((..(((((((..((.(({........))}))..)))))))..))....)))))..((((((..,((,.....{{.,.{{{{.....((.((((({{(((((........................))))))))))))),....}}}}..}}....},.))))))})))))).}}}(((((........)))))..,{((.{{{,...}}})})}.....{{{..,(((....))))))(((({.,.{{(|...,))).....)))))))))))))))))),)}{{{.....})}...{{......}}))))),})))))).))))))))...))))))))))))))))......,............||{.,..,}},,.)))))))))))........)))))))))).}},,........(((((..((({...,))).))))).,.}.))).)))).)).))))).,.....
Back