Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr20_0093200
Sequence Length
2399 nt
GC Content
0.4135
GUGAUCCACCUGCCUCAGCCUCCUAAAGUGCUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGCGCCCGGCCUAAAUUGUUUCUUUUUAAUAGUGUUUUUUUGUUUGUUUGUUUUUGGUUUCUGAGACAGAUUCUCGCUCUGUCACCCAGCCUGGAACGCAGUGGCAUGAUUUCAGCUCACUGCAACCUCCAUCUCCCAGGUUCCACAGAUUCUCCUGACUCAGCCUUUUGUGUAGUUGGGACUACAGGUGCAGGCUACCAUUCUGGACUUAUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCGCCAUGUCACCCAGGCUGGUCUCGAACUCCUGGAUUCAAGCAAUCCACCUGCCUUGGCCUCCCAAAGGUACUGGGAUUACAGGCAUGAGCCACUGUGCCUGGCCCUAAAAAAUAGUUUUAAAGGUAAUAAUUGACCUGUUCUCCCAUUUGCUGGACAUUUUCAAAUUAUGUACCGCAAAAUAAAAACACCCAUUUCACCAUAAAGUUUUAAAAUCUUUGCCAAUUUGGUAAGCAAAAAUGUUAAUGCUUUUUAAAAUUAAAGAUGAACAAUAUUUCAUAUAAUUACAGGUCAUUACAGUUUCUUCUUUCAUGAACUAUAUAUAUGUUUUUUGUACAUUUAUCUAUUACAAGGGAAUAAUUUUGCCUAUUUUUAAGAGAUCUUUACAACCUGAGAAUACUGAGCAUCUCAUAUUGGUUAAAUAUUUCCUUUGCUUUUGAUAAUACAUUUUUAAAUUAUAAGAGUUUUAUAUUUCUAUAUAGCUAAAUUUAUUCAGCAAUGAAUUAACUAUUCAUAUUUUCUUCUAGAGGUUUUAGUUUAAUUUUUUAAAAUCAAUUUAAAAGUCAACAUCGAAUCUACUCUCAUCUUGGGAUAAGCUAAGGCGUUAACCUGAUUUUUCUUUUCUUUUUCCAAACAGCCAGUUUUCCCUAGCUUAUUAAUCUAAGACUUAAUUCUCUUUUGCAGCGUUUGAUAGUGUUAAAUGUCCCAUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGACAUAGAAUCUAAUCUUGCUCUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCAUGAUCUCAGCUCACUGCAAUCUCCACCUCCCGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGAAUUACAGGCGCAUGCCACCACACCCAGCUAACUUUUUUCUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUCACCAUGUUGGCCAGGCUGGUCUUGAACUCCUAACCUCAAGUGAUCCGCCCACCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGAGUGAGCCACCGCCACCGGCCAAAUGUCCCAUCUUUUAAAGAACAUUUUUCUCUUAAUUUCUGUGACAGUGCUUUUGUAAUCUUGUACUCCCACUUCUCAUCAUCCCUUUUUUGGUUUGUCCUCUUCCUACCAUCCACUAAAUAUAGGUCUCUAUGAUUGUGUUCUUGUUCUCCUUUUCUUUCUCCACAGAUUUUUCCCUAGGAUCUCAAAUUCCAUGAUUUCUAAGGUUAUCUCAGAGAAUGAUUCCCAAAUCAAUCUCUACUCUUUAUCUCACUCCCAUCCUCUAGUAUCAAAUUAUCAACUAAAUGCAGGAGAUCUAGAAUAACUCUCCCAUCCCAAGGCCCUCCCUUUCUUCCUUUUUUUAAAGACAAGAGUCUUGCUCUGUCACUCAAGCUGGAGUGCAAUGGCGCAAUCACAGUUCACUGCAACUUUGAACUCCUGGGCUCAAGGGAUCCUCCCGCCUUAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUACAGGAGCAUGCUACCUCACCUGGCUAAUUUUUUAUUUUAUGUAGAGAUGGGGUCUCGCUUUGUCCCUCAGGCUGGUCUCAAACUCCUGGGCUGAGGCAAUCUUCCCCUUGGGCCUCCCAAAAAGCACUGGGAUUAUAGGUGUUAGCCACCAUGCCCUGCCAGGUCCUCCCGUCCCUCUAAACAUUCUCUUCCUAUGGUCUUCCUUCCUUCUUAGGUUUUGGUUCUAUGAACGAUACUGCUGUCUUUCCCAGGCAAUUUUACAUUUUUCCUCCCUGUGCCUCUUGACACUCAGUAUCUAAGUCCUGUUGAUCCCACUUUCACAUUCUCCCUCUACUCUUCCACCAUCAUUGCCUCAGUUCUAGCCUUCGUUACCUCUCAAUAGAUUAUUGUAACAAAUUUCCAUAUAGGACUUUCAACCUUCACUCACCACCACAUAAUCCAAACUAUAUACCACUGUCAAAAUAUUUUUUCCUACAGAGUUCUGAUCAUACAAUCUCCUGUUCAAAUAUUUUAGGCUGGGCGUGGUGACUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAGAAGGCCAAGAAGAUCACCUGAGGUCAGGAGUUCGACACAAGCCUGGCCAACAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-655.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -702.11
Frequency: 0.0000
Diversity: 539.28
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((.((.((.((....)).....(((((((((((......((((((.(((.(((((...(((..(((((((((((((.((((((............((((((..((((((((..((((((((.......))))))..(((((((((...((((((((.((....)))).))))))..(((.((((((((((.(..((((((.....(((...)))...)))))).).)))))).....)))).)))........(((((..(((.....)))..)))))....((((.(((...))).))))..)))))))))))..)))))...)))..))))))((((...((((((((....)).))))))...))))..(((((((........)))))))..........(((((((.(((((....(((((((((((.......(((((.((((((.........)))).)))))))........................((((((((((....(((((...)))))((((..........))))))))))))))....(((((......)))))......)))))))).....)))...)))))...)))))))(((.((((.......)))).))))))))).))))))))))))).))).......((((((((((........)))).....(((((....(((((.....)))))......)))))(((((.....(((((((((((...((((........)))).....(((..........))).((((((.....)))))).............((((((((.........)))))))))))))))))))....)))))...........(((((((((((((((.((.(..((((((......................)))...)))..))))))))))))...))))))......)))))).))))).....(((.((((((((..........................))))))))...))).....(((((.((..(((((((.((((((((((((((.((....)))).)))))))..))))))))...)))).)))))))...(((.(((((((....)))))..)).)))......))).))))))......))))))..)))))..(((.((((...)))).))).))))..))))(((((((((((((((.((.((((((((((.((((((.((((((.(((...((((((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((..((((((((((((....((((...))))))))))..................(((((((((((((......))).............((..((......))..)).......((((..............))))......((((((((((.((((.((((....(((.....(((((......(((.(((..(((.......)))..))).))).......(((((.(((((....))))).)))))..(((..(((((.((..(((....((((............)))).))).)))))))..)))................((((.....))))..............(((((....)))))..))))).....)))..)))).)))).)))))))))).((((((.........))))))...(((((((((((........((((((((((...((((...((((((((((((.(((.((.((((((((((..(((.........)))..))).).))))))...))..))).)))...).)))))))).))))..)))))))))).......)))))))))))....))))))))))(((((((.((((......(((..((...))..)))............................(((((....((..(((....)))....))..)))))...(((((((.((((......(((((.....................)))))...))))..))))))).((((((((((((........)))...............................................(((((...((....)).....)))))..........)))))))))...............))))..)))))))..................(((((((((......((((((...((......))..)).))))..))))))))).))))))..)))))).))))).))))))))))))))))))))))))))))))..)))......)))))).)))))).)))))))))).)).)))))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((..,.{{,{{{{{,,,,....(((({((((((......((((((.(((.(((({...(((..(((((((((((((.((((((.........,.,((((((..(({((.(({.((((((((.......))))))..(((((((((...((((((((.((....)))).))))))..(((.,,,,((((((.{..((((((.....(((...}))...)))))).).))))))..,.||||},|||,,.,....||||{,.{{,.....}}}..,,,})}}}.((((,({{...})).))))..))))))))),,,,)))..}).)))..))))))|(((...((((((((....))}})))))..,)))}..(((((((,......})))))))..,.,,,,,.{{{{|||,|{{||,,,,,,,((((((((.......{((((.((((((.........)))).)))))))...,,,,,................{{||{{{{,,..,{(((({...}))))||{{......,,..,))}}}}}},}|||,.,,(((((......})))}.,,...)))))))),...,|,,...,)},,...)))))}}{{{.{(({.......)))).)}})))))).))))))))))))).))).......{(((((,,{{....,..{{{{{.....{{{.,,}}}|,,||}|,,,}},},..,...}|||{(((((,,,..{{{{{{{{|||||||||||..,{{{,,,,}}))}}({{.,.....,}.))).((((((.....))))))....,,,...,}|((((({((.......,,|||||}}}.,))))))))}....,},}},.....,,,,.(((((((((((((({,((.(..((((((....................,.}}}.,,)))..)))))))))))}..,))))))......})))},.,)))),{{{,(((.{,||||||}|,.......................,}}))}}},,,},,...,.{((((.((..(((({((.((((((((((((((.((....)))).)))))))..)))))}}},,.)))).))))))}.,,({(,(((((((....))))),,)}.)))......))).))))))......))))))..})))}..,{{,{{,...,})})}))},)))),.))))(((((((((((((((.((.((((((((((.((((((.((((((.(((...((((((((((((((((((((((((((((((.(((((.((((((,.(((((({(((((....{{{,...}})})))))}...............,(((((((,,,,(((,.{{{{(({.{{{{{{{.{{{{.....{{.....{|{{..|.......,..},},....,,,....,})}......{(((((((((.((((.((((....,,........{((,....,({({(((..{{{.......})).,))),,))..},,,.(((((.(((((....))))).)))))..(((..(((((.((..{{,....{{((,......,,...,}},.}}).)))))))..)))................((((.....)))}..............,,(((,,((({...))))))))....,,,..)))).)))).)))))))))}.((((((..,...,..))))))...(((((,{{(((,....,,,,|||||||||..}|||,}}.|||||,||}}||}{||.({.({{,,{.{{|||,,,.,,,,,,,.,,,.})}}}),}||||,,..}}..,),,))}.{{|{|||,,,},.,},}..}|||||||||{{,....,,,|||||,,,}}}}}||||,,.||(((((((,(({{,,,,..|||..||,..|,.|||,......,.....................,|,||....,,..||{....)))....}|{{{...)}}}(((((((.((((......(((((.....................)))))...))))..))))))).||{,||||||||,,,,,...},...........................}}}}}}}}}}},}}}}},,..(((((...{,...,}}.....)))))......,,..}}}))),,,.....................,,,,,,,....,,,,...))))))}|((((((({......((((((...{{......}}..)),,)))..)))))))),.)))))),.)))))).))))).))))))))))))))))))))))))))))))..)))......)))))).)))))).)))))))))).)).)))))))))))))))
Back