Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr21_0088200

Sequence Length

1089 nt

GC Content

0.4426

GUCUAAUGAUGGAGUUUUGCCACAAGACAUGGUGUGAAGACUUAGAAUAUGGCUCAGGACAGAGUUCCCACAACAUGGAAGAGGAAGGGAGAUGAUGCAGUGGGCAGGACAUGGAGAGAUUUGGGGGAUAAGGAUGAGGUUAAGAUGUUGCCUAGGGUCCAGUUACGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCAGAGGUGGGCGGAUCAUGAGGUCAGGAGUUCAAGGCCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACACUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCUGGGCGUGGUGGUGCAUGCCUAUAAUCCCAGCUACUUAGAAGGCUGAGGCAGUAGAAUUGCUUGAACCCGGGAGGCAGAGUUUGCAGUGAGCUGAGAUCAUGUCAUUGCAUUUCAGCCUGGGUGACAUAAAAAGGCUCUGUCCCCACCUGCUAAAAAAUAAAUAAAAAAUAAAAAAGUUUUUAAAAAGAUGUUGCCUGGAUUCUUGAGAGGAAUCUUAGAUUUGAGGGUGGGUAUGGUUUAGAUGAUAGAAACUCUGGAUUGGUAGGAGUGGAGAAAAGGAAAGGGAAGGUCUCCCCUACCCUGAGAGGCCACAGCAGAGUGAAAAUGCUGCAAUAAAAAGAUAAGGCAGAGAGCAGGACUGAGGUAGCACCCUGGCCCCCCAAGGUAUAGGCGAGUUGUGUAGGGGAUUCCAAAGUUUACUGAUGUGAAUUUAAGAGCAAAAUGAGAUGCUCAUACAUCUUGAAAUGAGAUAUUCAUAUAGCUUCUAUGGCAGACUAUUUGCAAAAAAUGGCUGCAAUAAAUUCUGUCAUCCUUCAUGCAUGUCCUUUGCAAUGUGACUUUGCUGCUCCCCUGACUUCUCUACUCCUAGAAUCUGGUGUUCGCCAUGCAACUGGCUUUAGUUACAGGAAUAUUGGCAGAUCUGAUGCAAGAAGUUGGGAAUUAAAUUAAAACAGAUAGCACUUAUUUAGUAAUUGCUUUAUGCAUGUCACUGUAUGAUACGGUUUGGAUAUGUGGCCCUGCCAAAAACUUAUGUUGAAAUGUCAUUUCCAAUGUUGAAGGUGGGGUCUGGUGGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-322.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -343.03

Frequency: 0.0000

Diversity: 339.98

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((..(((..(((((((..(((........)))..)))))))..........)))....))).(((((((.....(((..((.((((..(....(((((.(((((.(.(((((((.((((((((((...(((..........(.((((((((..(((((....((((((((((((..((((..((((((....)))))).))))..))))))..((((((.(((((((.(((...)))...)))))))..))))))....)))))).((((((..............((((((((..((..(((....)))..))..))))))))(((((....)))))..))))))..(((((....(((((.(((((((((((((.(.(((((((((((......)).))))))).)).).)).))......)))))))))))).((((((((..........((((((......)))))).............((((((((((...))))))).)))..((.(((((...(((.((....)).)))...))))).)))))))))).((((.....(((..((((........))))..)))......)))).((((.((....)).)))).............))....)))))))))).))))))))))))...)))))))..(((((..(((((((((..((....)).((((((((....))))))))..(((((........)))))....(((((.....)))))....))))))))))))))((((.((((((.....)))))))))).............))))))))))).))))).)))))...)..)))).))..)))((((((((((.......((((.((((.((....((.((.(((((....))))).)))).....)).)))))))).....))))))))))..................((((.((((...)))).))))....(((((((((((((...))))))...)))))))(((((((((...(((....((((((((...)))).)))))))...)))))))))..)))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(({..{,,,.(((((((..(((........)))..))))))).......,,|||,...,|}}.(((((((,{(({(((,,,(,,,,,...((.(((((({((((({(.{{,{,{,...,,||(((((({.....(((.({...((((((((((((.(((......}|{.((((((..((((..((((({....}))))).))))..)))))).,((((((.(((((((.((,...,))...)))))))..)))))).,{((.((((((((.................((((((((.,({..(({....))).,},..)))))))).,,....{{,|,(((((((...))))))).}.}}..)))))))).))}|(((((((..((....))..)))))))}....}.))))))))))))....}).)))))))))).||||||............{(((((......))))))....{{{{.{{(((..,(((((((,{{,...))),,|,.{{{(((,({{{((((((..........{,,{(.((((({{..((((((((((({..{(...{(((..(({{({|,,......}.)))))).(((((((((.,...|.|{{{........,,{,..||||,{,{|{|{{||,||||,|||{||{,({|||}},.}},.,,}}}.||,||||}.{({....)).((((((((....))))))))..((((,..{{{{,.|||||{{..,.,.,...})))),}.})))).,.)))),}{{{((((,{(({((,,,..}}}}}}}))),},,...))))))})})))}}))).))))},})))).,.).})))))))}.}}))||..||}))))))))))}.}}))))).}}}}}}}}}}}..|}}.)}})))}}.)))))))...)}))))))).{{{{{.|||||,,,,.{{{{{{{...........,,..,,|}}}})),,.,))))).))|||,,||||||}}.}),},||||.|||||||((({{{|||,..{{{.,,}|||{||||.,,,)))))}}))))...))))))))),,}))))))