Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr22_0220800

Sequence Length

1610 nt

GC Content

0.4578

ACAGCACUCCCACCACUGAGUGGCUUUGAGGAAGCCUUUCCUGCACAUUUAACUUAGAGAGGCAGAAUGACACAGUAAGCACAGGCUCUGAAGAGGAUGAGAUAAAACAAAACACACCUCUGAAACAUCCCACUCAAGCACAUGCAGGAGGCAUUCAUGGAAGGUCACUGUGACUGCUGUCAUCAAUAGUAAUUUAAUCCUCACAAUAAAUGUAUGAGGGAAGUAAAAUCAUCUCUACUUUACAGAUGAAGAAAGGGAGACUCACAAGUUAAGUCAACAUGUGAGGUGUUGCCUGGGUAGAAAGCAAGAAUAUCCUAGAAUUUAAACUGUUUUUUCACCUGAAUCAAAAUUUCCCAUGCACCACGAAGGUACACGUGCCAAGCUGCUGGAGCCCACCUCCGUGGGUCGUCUCUCAGCAGCUCCUGCUUAGCUGACAGGACUCACUUUUGCACUUAACCCCAUAAGGCUCAGGAACCCAGGUUGCGUCCUGCCACUGGGCAGUGUGAGCAUCAUUCUCAGAGGCCAGAAAUAAAACCCAGAGAGGCAGACAAGAGUGGAGGCAUGCAGGAUCCAACUAGGACAAGGUUCCUGGAGGCUAGAGUUUUCAGGACUGCAAACAAGUAGGUGGCUUUUGGCUUACAAAGGGCAGAGACAAAGAAUGAAAAACUCUAGUCUAGGAUGGGACCCCAUCACAGGCUGCCACAUCAUCAAAAUCUCUGUGUAGCAGUUAAAAAGGUUUUGGGUUGCUUCGACAUCUCAGUGGGGGACCAGGGAAGACCAUUAUCACAGGCAGCUACUGCAUCCAGAGUCACAUUGUCAGUGUGGUACUAGAAUCCCAAGUCAAGAAAUUAUAUUAAUAUAAAAACUGAGAUGGGCGCAGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGGGGCGGGUGGAUUGCCUGAAGUCAGGAGUUCGAGACCAGCCUGGCCAACAUAGUGAAACCGCAUCUCUACUAAAAAUACAAAGAAUUAGCUGGGCAUGGUGGUGCACACCUGUAAUCCCAGCUACUAGGAAGGCGGAGGCAAGAGAAUCGCUUAAUCCCGGGAGGCGGAGGUUGCAGUGAGCUCAGAUCACACCAUAGCACUCCAGCCUGGGCAAGAGCGAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCUGGUAAGAGGUGAGUGGACCCUCUAGGACCCGAGGAGAUGAAAACAAAAGCAAAUCGCUCUGUGAAUACAAGUCCACAGCCAGGACCUAUGGGACUUCUGCCGAAAAAGGUUUCUCCUAAGAAGAUGAGAUCAAGUUAAAAGACAGAAAAAAAAAAUCACUGGGAAAAGAAACCGCGGGUGGAGAGGAGGAGGGGAGGGGUUAAGGGAAGAGGGAAAUGAGAGAGAACAAAUGAGAAAAACCAUACCCUAAAAACUAGAAAUAAAAACAAUCUCCAAGAGAAAAUAAGUGUCUUAAAUGACUCAAGACGAAGAUGGACAACACAAUAAAAAAUAAGUUGAUCAGCCGGGCACGGUAGCUUACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGCAGAUUACCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-467.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -496.74

Frequency: 0.0000

Diversity: 289.41

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((....(((.....(((((((((...((((((..(((((((.......(((.(((.((..........(((..(((....)))))).(((((.((...............)))))))........)).))))))....)))))))))).)))....))))))))))))..))))))(.(((...(((((((...(((((...........))))).........((.(((((.(((((....)))))..)))))))((((((.(((.....))).))))))(((.(((.((((.((((((((.....................)))))))).................)))).))).))).(((.(((.((((((.((((((((((((((((....)))))....))).))))))))(((((......).)))).(((((((((.(.(((((((((......(((....((((.((((..(((.((((.(((((...(.((.((.((.......)).)))).).......)))))...)))))))....((.(((((((.(((((((...((((((......))))))(((((((((((((((...((((......)))).((.((((((.....)))))).))...........)).)))))))))))))..(((((....)))))...((((((.((((.............)))).)))))).....))))))).).)))))).)).((((((((((...)).((.....)).......((((((((((((((.((.((..(((((((...)))))))..)).))..((((..(((.(...(((((....)))))...))))..)))).))))))))((.(((((((...((((((.(((...)))))))))))))))))).))))))..(.(((((((((.(......((((((................(((((((((((..............((((((((((.((((.....))))))....))))))))...........((((((.(((..((((((...((((((....((((((((..((((.......))))....)))).))))..))))))...))))))..)))))))))..................................................)))).))))))).((((((((((........))))........(((..(((.....))).)))........)))))).)))))).....).))))))))).)......((((((..((....))..))))))..(((....))).............)))))))).....))))..))))......))).......)))))))))).))))).....)))).........(((........)))...(((.....)))............((((...)))).......((((((.........))))))..(((.(((.................))).))).....))))))))).))).(((((....((((((....)))))).....)))))...))))))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((.{,.{{,.....(((((((((...((((((,.{((((((,,,,,..(((.{{{,||..|}}}}...(((..{((....)))))).(((((.((...............}})))))....,,,,}}.}))}}}....)))))))))).)))....))))))))))))}.))))))(.(((...(((((({..,(((((,,.....}}|.}))))|........{({(((,{.,,,|,.}}}))),,..|||||||((((((.(((.....))).)))))){{,,{{|,|((({((((((({.{,.,.........,,,....)))))))}.}}}},........}}})))},||},|||.(((.(((.((((((.{(((((((((((((((....)))))....))).)))))))|(((((......).)))),,((,(((((.(.(((((((((.,....(((....((((.((((.,(({{((((.(((((...(,({.((.{(...,,..}}.))}}.,.......)))))...)))))}}....((.(((((((.((((({(,..((((((......))))))(((((((((((((((...((((......)))).((.((((((.....)))))).))...........))))))))))))))))..(((((....))))).,.((((((.(((,............,)))).)))))).....))))))).),}))))).)).((((((((({,..|,,((,....||.......((((((((((((((.{(.((.,(((((({...}))))))..)).)}..((((..(({.{...(((((....)))))...})))..)))).))))))))|{.(((((((...((((((.(((...))))))))))))))))}}.})))))..{.(((((((((.{......((((((........,,......(((((((((((..............(((((((({(.((((.....))))}}....)))))))),,.........(((((,,(((..((((((...((((((....((((((((..((((.......))))..,.}})).))))..))))))...))))))..)))))))))..................................................)))),,)))))).((((((((((........))))...,....,{,..(((.....))).|||........)))))).)))))).....).))))))))),}......||{{((||{{....,|..}}}}})..(((....}))............,))))))))...}.))))..))))......))).....,.)))))))))).))))),,,..}}}}.........{{{........}}}...{{{.....}}}............((((...)))).......,((({{....,,,..}}}}}|..({(.(((..,..............))).}))...,,))))))))).))).{((({,...(((((,....}))))).,}..}})))}},))))))).))))