Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr22_0221300

Sequence Length

977 nt

GC Content

0.4074

GUUAUUCACUACAGCAUAGUUUAUUUUGUUAUUUUAUUUUUUUGUAAAGAUGAGGUCUCACUAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCAAACUCCCAGCCUCAAGUGAUCCUCCUGCCUUGGUCUCCCAAAGCACUGGGAUUAUCGGCAUGAGUGACUGUGCCUGGCCCAGUUCAUUUUUUGCUGAGACAUCAUCACAAACUAUAAAAUUCACACUUUUAAAGUGUGCAAUUUGGUGGUUUUCAGUAUAUUCACAGAGUUAUAUAACCAUUAGCAUGAUCCAAUUUUCCAACAUUUUCCUCACCCCUAAAAGAAACUCCACACCCACUGGCAGUCACUCCUUAUUCUUCCCUCCCCCCAGUCCUUGGCAACUAUCCUUCUACUUCCUGUCUCUCUGGAUUUGCCUAUUCUGGACAUUUCCUAUAACGGAGUCAGAAAAUCUGAACGACAUGUAGCCUUUUGAACCUGGCUUCUUUCACUCAAGGUUCACCCAUGUUGUGGCAUGUCAGCGCUUCAUUUCUUUUCACGGCUGAGUAACGUGAACAGUGCAUUGUACGGAUAUGCCACAUUGCAUUUUUCCAUUCACCCACUAAUGGACAUUUGUGUUAUUUCCACCUCUAGGUUAUCAUGAUAAUGCUGCUCUGAAUGUGCAUGUACAUGUUUUUGAGUGGAUAUAAGUAUUCAUUGUUCUUGGGUAUAUACCUAGGAGUCAAACUGCUAGAUCAUAUGAGUUAUAAACAUUUGAGGAACAGCCAGACUGUUUUCACAGUGUUUACAGUAUUUUACAUUUUCACCCAGCAAUUUAUGAGGGUUCCAGCAUCUCCACAAUCUCAUAAACACUUGCUAUUGUCUGUCUUUUGUAGUAGGCAUUCUAGUGUAAGUGAAGUGGUAUGCCAUUGUGGUUUUGAUGCGCAUUUCUGAUGACUAAUGAUACUGGGUGCAGCACAACUUAUUAUGAAACAACUCAAGUCUCCACGAAUGGGG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-250.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -268.36

Frequency: 0.0000

Diversity: 197.37

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((...(((((((((.......(..(((((((((((....)))))))))))..))))))))))...(((((((..........)))))))...((((((((..(((.((((....)))).)))..)))))))).....))))))))(((((...((((((((((((...((((((((.(((((((..........(((((((((((...))))))).)))))))))))))))))))...(((((((((((.........)))).......................................(((((........((((((((.((((((...............((((.....(((((..((((...................)))))))))....))))....((((......))))(((((...)))))....((((((((((..(((((((...............)))))))...(((((((((((((((.(.((.......((.((((((.........)))))).))......)).).)))))))))))..))))...((((((........)))))).....(((.......)))....)))))).))))......((((((.(((((((......)))))))..))))))......(((((((.......)))))))......))))))...)))))))).......))))).((((((((((((.(((((.....))))))))).)))))))).................((((............))))....(((((.(((((((..((((..(((((((....(..(((((........)))))..)....)))))))......))))..)))))))....))))).....)))).)))..))))).)))))))...)))))........(((......)))...(((((....)))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((({{(({...(((((((((......{(..((((((({{{{....)))))))))))..})))))))))...(((((((..........)))))))...((((((((..(((.((((....)))).)))..)))))))).,},,})))}))}(((((.{{((((((((((((...((((((((.(((((({.........,(((((((((((...))))))).)))))))))))))))))))...(({{{{{({{{......,,,}}|,.,{,...................,,,,,...........(((((........((((((((.((((((...............((((.....(((((..((((....,,.....,,......)))))))))....))))....,(((......)))}(((((...))))).,{(((((,,{,,...(((((((,,...........,.)))))))..}}}|}|((((((((((.{.((.......((.((((((.........)))))).))......)).,.))))))))))}..{{{..,.((((((........)))))).}..}}}|{(({.{{{({,{{.,||....((((.,.{(((.((.......)})))).,.)))),,},,))))))).})}},,,,,,,,,,....|||||....,,,,))))))...)))))))).......))))).((((((((((({{(((((.....))))))))).))))))))..{{,...,}}......{{{{..,......}}.)))}....(((((.(((((((..((((..(((((((.,,{(,,(({((.....,,,)))))..,.},,)))))))..,,,.))))..)))))))....))))).....)))).)))..))))).))))))).}}))))).,,.....{{{......})).,,(((({....)))))