Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr2_0150000
Sequence Length
2724 nt
GC Content
0.3032
GUCCAGGAAUAGCUUCUUGAGAAGUAGUCAGAAACUACAUAAGUAAGGUCCUUAUUUAGCAAAAAAACUAAAAAUAUUUCUCUAGAAAUAGUCAACAAGGUAACAAAAACAGAGUGUAAAAAAAAAUAAAUCUAUGGUUUUUCAUACUUAUCAAGUAGUUUUUUAUUGAUAAAUUUGUUCUCACAAUAAAUUUAGUUAUUUUAGUUUAUCUCUAAUGGGUUACUCUAUUAAACACUGAUUUAUUUCACUCUGAAUAUUAGUUGCUAUAUUCAUGCCAUCUCCUCCAUGUCUUUCUCUUUCACGUUGUCAUUUUACUUAUAAAUAAUAUAUCAAAAUAUAUUUAUUCUUCCCUAUCACCUUCACUUAUCACAAUUUUAUAUAUUUCCAUGAGAUUUAUGUGUGUAAUAAAAAAGGUAUUUGAUCACAAACAUUGACUUUCUCUUCUUCCGCAUAUAUAGCAAUAUAAAUGAAGCUGGAUUGCAGCAAGUUCUAUUACAUUUCUCUACAUUGGCUUCUGUGUAAUAUUGAGUUUUGAAGUCAGACUGAUCAAAGUCAGACUUUCAUUUGCUAGGCUUAUGGCAUUGAAUGAGUUAGUAAUUGCUCAAAGAAAUAGUUACCUCAACACAAAUAUGGUAUACUAAUAUCUAUCAUUUAAGUGAUUCAGAGUACCAAAUUAAAUGGGAUAAUAUUAAUAUAUGCAAUAGUCUUGACACACGUUAAGUUAUAUAAACUCAUCUCUAAUAAAAUAUAUGUUUAUUCGGUGACAGUAUGCACAGCGGAAAAACUGCAGACUUUUCAUACAAGCUUAUUUGGGUUUAAUCUUGGCUCUGUUACUUCCCAGCUGUGUAUCCAUGGGCAUUUAUAUAAUAUUUUGAGCUUUCUAUUUGUUCAUUAGCAAAAUGAGAAACAGAAAACCAGUAUCAGAGAAUUAUUAUGAGAUUCAGAUGAGGCAGUGUAUAUAAAGCUCUAGUACAUACAUAAGAGACGUUCAAUACGAAUCAGUUCCCUUCUCCUCUCCUUCCACAGAGUAUAAAACCCUGGCCCGUAACACACUCCUGAAAAUUAUUCAUUCAUCCAAGAAAUAUUUUAAUAUGUCUACUAUGUGGAAAAUAUGUACAUCUGUAUCCUGUAUCUAUGGAUACAGUAGUGCCAAAGAAAGACAAUGUUCCUACUGUUAUGGAACUUACAUCCUACAAGUCAAACCAACAAUGCAAACAAAUAAAUGAAUAAAAUAAUUUUAGAUAGUAAUAAGGCCAUAAAAAAUCUCAAUUAUAUGAUUAAAAAUAAUUAUGCGAGGGGAGAUGUAAUUAUUAAAUUGGGUGGCCAAGGAUAGUGUAUCUGAGGAGGUGAUAUUUUAGCAGAAUAAAAGAAGGAUUAAGCCACACAAUAACUUGAGAAGAGAGAAUGCUUGGCAAGAAAAAACAAAGUAUACAUAGUUGGAUAUUAUGAUUAGAGAUUAGAUAGAUGCACUGAGUUCACUGUAGAGGAAUUUGAGUUAUGUAGAAAAAGAAAAGGUAGAUGGACUAGAGAAAAUGUGGAGAGUCAAAGUGAAAAAUAUAUUCUAGGAGAGAGAAAAAACGUAUAAGCAGGCUUUUAGAUCAUUUAAAACCAACCUAUCAUACUAUAGAUGCUUCAUUGCAGACUUCAAAAUGAAGACAUAUGGCUUCCGACACCCAAGAACAUUCCUUAGCUUAUCCCAAACUGUUAUGUGUUAAGCUAAAUUUACUAUUACACGUCUUUUUAAUACCAUCCCCAUUGUAGGGCACAAUCCUAUAGAAAACAUUAAAGGAGUGGUUAAUAAUGUAUUUUCAUGGAUUUUCCUUGUAACACUAAUAAAAGAAAACAAAACCACCAAAGUAUUCAGCAAUAGAAAAUAUGCUGAUUAAACUGUGGUUCUCUCAUACAAGGAAAUUUUAUACAGUGUUUUAAAAAGAUGAUAUAGGUCCAUAUUAAGAUGAUAAUGUCAUCAACAAAUUGAAUAAAAUAUUAGGUUAUAUAACAUCAGGUACAGUUUAAGGCAAUUUUUGUAAAAUUAUCCCCUUCUAUUUAGAAACCAUCGCGUGUGUCUGUGUGUGCACAUGCAUGCACGAAAUGAUGGCUAUAUAUCUAUUUCUACAAAUGGAAAAAUAUUCAGUAACAUAAUCAUUAUAUGUAUCUUCAAGGAAUGGUGUUUUUUACUGAGUUCUUACUUUAAAAAUUUGUCCUAUAUUGUGAUUUCCUUUAUAAUAAGAUUAUAUGUGGCCCAAACAGAAUAUUUUCCAUGUUUAAAAUAGAAGACACCAAUAAUAUAAACAUUUUGGCCUCUAUUUCUCAAAUUAGGUCAUCAUAGUUUUUAGAAAUACUUCUUAGGGUUUUACCUCCUAUAUCAGCUUUCUAUUACUUUAAGCUGUAACACAAUGAUAAUAUAUUUCAAUUUGGGUAUGGUGCUCCUAUUCUUGCUAUUCUAAGUAUUUAAAAAUGCACUUUAUUUUUUUUUAAACUCUCCUAGCUAUACACAUUUUUCUGCUUAAAGAAUAUUUAAGUAUUAACAAUUUGCUGAAAUUUUUACUUUGAGUUUUACAGGUUUAUAGUUUUAGUGUCCAUUCCUAAGAAGAUGGACUUAUUUUAAUACUCUUAUAAAUCAUUGAACCUUAGAUAAGGAAACAGAAGAUGAAAUUCAGAAGAUACAGACACCAAGGGAAUCAUAUUUAAUCCUCAUAGUUCAAAUAAGGAAUGAUAGGUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-550.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -608.71
Frequency: 0.0000
Diversity: 621.18
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((....)))))).)).(((((.....)))))(((((((((((.....(((((........)))))..((((((....))))))(.((((..((((((.....(((((((.......((((((((((((((....)))))..((((((...........))))))((((((((.....))))))))..(((....(((..((.(((....))).))..)))...)))...)))))))))))))))).......)))))).....((((..........))))..............)))).))))))))))))....(((((((....)))))))...)((..(((((((..(((.(((((...((((............(((((..(((.(((((..........(((.(((((((.......((((.(((((((((((((.(((.((((....)))).)))..((((.....))))...((((((.(((((((((((((.(((.(((.(((((.((((((((((..(((((.((((......)))).)))))(((..(((((......))))).))).(((((........)))))......((((((((.............)))).)))).(((((..(((((((.((...........))..))))))))))))((((....))))...((((.((((((....))))))))))..))))))(((((((((...((((.(((((.(((.((.(.(((((.....((((.....))))...((((((...((((.((((((((((((((((((.....(((((((((((((.....(((((.(((.((((((..(((((..(((((((((((.((((((..(((......)))..))))))......((((.((((..((((((((...(((....)))....)))).))))..)))).)))).......))))).))))))................(((((((((........(((..........(((((........(((....(((((((((.((((((...(((.((((....)))).)))(((.(((((.......((((..((((((((.........))))))))..))))..............(((((.........))))).......))))))))........................))))))..)))))))))....))).....)))))........))).....((((((((....)))))))).)))))))))......)))))...)))))).))).)))))......))).))))))))))(((((......)))))..))))))))))).)).))))))))).))))))...)))))).))..))).)))))..)))).((((((.....)))))))))))))))..))))..))))).))).))).)))))))))))....))...))))))......(((((.((((.(((((((.((((.((((((.((((((((((((.((((..(((((((((.(((((((.(((...(((((.(((((((...)))))))))...((((......))))((((((((((...........))))))).)))...((((..((....(((((.......((((((((.(.((........)).).)))))))).............(((((((((((.(((.....((((((.((.(((..((((.((........)).))))))).)).)))))).......(((((.((((((((((...((......)).......((((((.....((.((((((.((.....)))))))).))....))))))......)))))))))).)))))...).)).)))))))))))..(((((.(((((((..((((((...))))))..(((((((((..............(((((..((((..((((((((((((.((((((...)))))).....(((((((((........(((.((((((.((((....)))).)))))).)))......((((((((((((((((....))))))).....(((((((((....((((((...((......))...)))))).....))))))))).................(((...((((((((......)))))))).)))..))))))))).((((((((....)))..))))).))))))))).............((((((..((((((..((((...)))).))))))..)).)))).((((((.......(((((.......))))).......))))))...))))))))))))......))))..)))))))))))))))))))))....))))))))))....)).)))).........)))....))).)))))))...))))))))).))))..........((((((((.....)))))))).................)))))))))))).)))).)).))))....)))))))(((((((........)))))))......................))))..)))))......)))...)))))).)))).))))..))).)))).)))........))))).)))..)))))))))...)))))))))))))))..))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(,((((({....}))))).},.(((((.....))))).((((((((...)))))))},........,,.....((((((....))))))........((((((.,...(((((((.......((((((((((((((....})))).{((((((,{({....}}}))))))|{{(((({.....))}}}}}|.,{{,....{{{..||.{{{,,,,||}.,,..))),,},,,...))))))))))))))))....}}.)))))).......,|...,,{(((...(((((.,.(((((...,,,.(((((((.{,.,,,{((((((({{....)))))))})),.((((.(((((((((...{(({{(((....((((.{{{((...))))).))))})))}.}}},..))))).{(({.,..,,,.((((.(((((.((((.(((.((((({{({.,..,,,,......((((.....))))...|,...,{{.(((((((((((.(((,(((.(((((.{{((((((({,((((((.((((......)))).)))))}||.,(((((,,{{{{|,,,,....}|||||}}}}},.,||}},......((((((((,,,.........,||||,}}}}.{,{{{,{(((,,,,}||}}..,},}}}|}}..}},,,)))}.}}||||....,,,,,,.((((.((((((....))))))))))..})))))(((((((((...,{{,.{((({.{{{.{({,,{{{{|.|.,.((((.....))))...((((((...((((.((((((((((((((((((..,{.(((((((((((((.,,..(((((.(((.((((((..(((((..{((((((((((.(((((({,((,....},))),,))})))......((((.((((..((({{{({...{((....))}....}}}}.))))..)))).)))).......}||}},||}}},.}}}..,,.,,,..,.(((((((((........({(..........(((((......,,,,{.(({(((((((((.((((((...,{{.{{{{....||||.|||{(,.{||||}..,,,,((((..((((((((.........))))))))..))))..............(((((.........))))).....,.,.,,,,}}........................))))))..)))))))))))..,)).....)))))........}}}.....{(((((((....)))))))).))))))))).}....)))))...)))))).))).)))))...,,.))).)))))))))}.,,{|,,....,,,,,..))))))))))).)).))))))))).))))))...||||||,,,..,,,.,,,)},,)))).((((((.....)))))))))))))))..}}}}..))))).))).))).))))))))))).}},,,))))).))).)))).))))).)))),{{{{||{,||,({({{(((.((((((((((({.{,((..(((((((((.(((((((.{{,...{,.((.(((((((...}))))))))...{(({....,,}}}},(((((((((........,..))))))).}}|{{({,.............,,.......((((((((.{.((........)).).)))))))).....,,,,....(((((((((((.((,.....({{(((.{(,{,{..{((|,||{......|}}.}))}})).)}.}))))),......{((((.((((((((((...,,......}}.......((((((.....({.((((({,((.....)))))))).}}...,))))))......)))))))))).)))))...},)).)))))))))))..}}})|.||||||...((((((...))))))..(((((((((....,{{{,..,,,{{,,,..{({{.,((((((((((((.{{,,,,,,.,,,|,,.....(((((((((..,,.,{{(,,{((((((.((((,,..}))).))))))})),.}}}..(((((((((({{{(((,,..,,})))},,,..(((((((((.,..((((((...((......))...)))))).....)))))))))..,..............{,,,,.((((((((......))))))))})},.}))))))))).{{{{{(({....)))..))))).))))))))).............{{{{{{..((((((..((({...}))).))))))..}}.)))}.((((((.......(((((.......})))).......))))))...)))))))))))).,....)))),,)))}})))))))))}|||}||{{{.........{(({......)))).........))})}.))),)))))))...))))))))).,))}......,,..((((((((.....)))))))).....,,,.|,...,,,)))))))))))).))))})),||||,}}|}},|||.(((((((........)))))))......,,,.......,,,,,.,..}},,,,,..)))).)))}..,}))))))),,,...))))).,.)))))...})))}..,..}}((((,(((.{{.,(((......,)))),},}))))))
Back