Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr2_0152500

Sequence Length

2621 nt

GC Content

0.3464

CGGGUAUCCUGCUGUUCUUCCCAACUCUGUUGAGAAAUACUUUAGCGCAAGCUUGUGCAACCCAUGACCCAAGGGCUGCAUGUGGGCCAGGAUGGCUUUGAAUGUGGCCUGAAACAAAUUCAAAAACCUUCUCAAAACGUUAUGAGGUUUUUUUUGCAAUUUUUUUAGCUUAUCUGCUAUCGUUAGUGUGAAUGUAUUCUAUGUGUGGCCCAAGACAAUUUUUCUCCCAAUAUGACCCAGGGAAGCCAAAUGAUUGGACACCCCUGCUUUAGAGCACUUUACUCCUUCUAUUUCUCUCCAAUGCUUGGCACAUGCUUUGCACGUACUUGGUGUUCAGCACAUUUUUAUUUAAAUAUAAACAAACUGAAGAUAAAUACCUCAAACCUUUAAUUCUCUCCCCUCUCCCCUACCCUAAUUAGUUUUAACACACAGCAGAAUUAGUAAGAAUAUCAAUCCUCUAUCUACAAAUUUCACUCUCUCAUUAUUUUCUGAGUGUGUAACUUCGAGAAAGUUAUUUCAUCUUUUUCUACCACAAGUUCCACAUUUGUAAAAUAGGAGAAAUAGUAGGGCAUGAUUUAUAGGGUUUGCCAUAAGCAUUAUUUACAUGUAAAAUAUGGAAUUACCAGCUAUUUAUUCUUUGGACUACUGCUUCACUUCUCUGAAUGACAAUAUGCACAUUUUUGAAAUUGGGUUAUUAAUACUAGGAUUCACAGGGACAUAAAGUAGAUUCCUGCUUGCCUAAGAUUGGGGUGGGAAUAGGAAGUGAUUGUGAAUGGGCACAAGGUUUCUUUUGGGGAUGAUGGAAAUGUUCUGAAAGUAGAUUGUGGGAAUGGUUACACCACUCUGUAAAUAUACUAAAAGUCAUAAUGACAAUCUGAAAUGAGUGAAUUUUUUGGUAUGGAAAUUAUACUUAAAUAUGCAAAUUUAAAAGGAAAUAAUAAUACCAGAAUUCAAAUCAGGUCUAUCAGUUCAAUGUCAAUAUUGUUUGUUCCUUAUAUCCACAUCCUAUAAAAAUGAGUUUAUGUUUAAGUGACCAUACUAAUUGACAAAAUGGUUUUUGGGGAAGAACUUAGUAUAGAUGGUACGGAGGGAAUCUAUGAAGUUGCAACCCUUACCUAAUCCUGCAAAAGAACCAGUUUUUAUUGUUUUUUUAAAUAUAGUAGGCGAUCUUUUAAAAAGUUUUUAGGGAUAAUUUGAUUUAAUAGUCAUCUUCUGCCUAUGGGUAAAGAAAAGAUAUUAUCAAAUUAUACGUAGGUAAGAAAUACAUUUAUCUUACCUUGCUAAGAAAUGACUGCUUCUUUCUCUCCUUCCACAUGACUGCCUUAUUUUUAUUUCUGAGACAGAGAGGCUGAUAUUAGUUGUUAGAGAUCAUUUCUCUUCAUAAUGCAUGGACAGCAUUUCAGAAGAACAAAUCCCUUACAAACUAGCAGGGAUUGAAAUAAAAGUAUUGGGAUAAUUUUACCUUUUUCUUGAAAUCAUCAAAAUAUUUACUUAUGUGUUAAGUACAUAGUUGAAUAAAGUUUAUUUAGAGUGUUGAAUGCCUUAACCACAUUUAUAAAAAUGUAUUAACCUUUUUAUAUCAUGUGUUUGGAAACAUUUUACCUUUCCUUAGAUAAAUUAAAGAAAAAGGUAAUGUAAGCAGAAGAUGAAAACUCGGGAGCUCUUGCUAGAAUAGAAUUUCAGGAUGCAUUUAAAAGUCCUUCUAAUAUUUUAUAUUCAAUAUCUAAAUUCAAAUGCUUGAAGAAGACAUUUUCUACAAAGGGAUUAGGAAAGGAGAAAUGAUGGUUUUGGAUGCAUAUAUUUGAAAUGAAUGGUGUUUCUUCCUCUUUGUGAUAGGAGAUUCCAUUCCAUAUCAUAAGCUGUGGCCCACACUGUUAGAUCUGAGAGUUUUUAAACCUGCAUGCUUUUGUGAGUUACUGGGUGUCAAAGGUGCUCCAUUAGGGUUGUGUUGCCUCUGAAAAGGUUAAAUGCAAGAACCUCAAAGGCUUUCAAAAAGGAGAAAAUCUAUUGUCAGGGACACUAUAUCUCCCAGCUCAGGAGAGUCUGCCUCUGCUGAUCCACCCUCUUACUUUGAAAGUUUGAAAAUCCAUAAGAGGUGGAUGGGUAUGUCAAAGAUGUUUAAGACCUGGUAUAGGUUGGAUUUAUUUCUGGAUUAUUCUGGCUUAUUUUCAUUGUUUAACACAGGAAAAAUGGCAACAUCGUUGUCUUAUAUAUCUUUGAGGGCUAGAUAAUACACCGCAAUGAAUGGCAGUGUUUGGAAAAUGUGAAUUCAUGUGGUUACUCCACGAAAAAGUCUCUAUGUUUUAAGAGAAUACAUAUGAAAAGACAAUCAUUGUCCCUCUGGCAGUAAACAAUUGCAAAAUAAAAUGUACAACCACUUCCAAUUUGUAAAAUCAGCUUAAAAUAAGAUAAUAGGUUAAUAGAGCAAUUAAUUUGUCAAUAAAUAGUUAUUGAGCACCAAGUUGGAUGCUCUUUGAGAGAUAUGAGGCAUGAAAGCAUAACCGUGUAUGUCCUAAUGCACUGACAAUUAGAGUUCAUAGAUGACCAGGGAGGUGCUGUCCUAGAGUAAGCUUUUAAGGAAACAGGAGUGAAGUUAGAACUUGAGAUAUAAGAGGAUUUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-616.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -671.79

Frequency: 0.0000

Diversity: 899.17

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((...))))(((.(((((....(((....)))..........(((((....)))))((((((((((.....((((((((..((((((...))))))...))))))))((((.....))))................)))))).))))...((((((.......((((......)))).......))))))............(((.(((..((((((((((((((.((((((((((((((..(((((....)))).)..))))......(((((((((((.(((((((((((((((((((.(((((((..((((..((((.......))))..))))....(((((......)))))....(((((((((((((.(((((((((((((.((...........((((((.((.(((((((((..........))))))))).))...............................((((.(((((((.((((((((.(((((.(((((((.........)))))))......))))).)))))))).)))))))))))....))))))...)).))).))))))))(((((.((((.......))))....))))).......)).)))))).)))))))....((((((....((((((....................((((.((((..........))))..))))))))))....)))))).........)))).)))))))))).))))))))))(((((((......(((((..((((((((((((((..((((((......((((....)))).((((((.((((((((((((.((..((((((((((((((((((...)))).((((((..(((((......((((((((...........((((((......))))))............)))))))))))))..))))))((((((.(((..((.((((.((((..(((((((.......((((.((((....(((((((.(.((((((.((((((.............)))))))))))).).))))))).))))))))......)))))))..)))).))))))..((((.(((((((((.....((((...(((((((((((((.............))))))).........(((((.((((((((((((((..(((((.((.((((.((((....))))))))...))))))))))))))))..((((((((((.(......).))))))).)))...(((((((((((((((((.((((..............................)))).))))))))(((((.....))))).)).)))))))(((((..(((((.......)))))...))))).......))))).)))))...(((.((((((...(((((((((((......(((((((((((((.......((((..(((.((((((.....)))))).))).))))....(((((((((((((.((.(((((..((((.(((((.((((((((.((....)).))))))))..))))).))))...))))).)))))....)))))))))).))))))))))))).(((((.((....(((....)))....)))))))..(((......)))(((((..........))))))))))))))))...)))))).)))...(((((....)))))))))))...)))).....))))))))).)))).))).)))))))))))).....))))))))....)).))))))...........((((((((((........))).)))))))))))))..))))))))))))..)))))))).....))))))...))))).....))))))).)).))..))))))))).....))))))))))((((.(((...((((.........))))))).)))).........))))))))...)))))).))).)))((((((((...((((((((.(((..(((((((((.(((((((.(((((.....................)))))))))))).))).(.((((((((((.((((((.((((....((((.((((.((((((..(((..(...............)..)))..))))))))))..))))))))..)))))).)))))))))).)..........((((.((........)).))))((((....(((((((((..((((.....))))......((((((((.(((((((((...(((.((((........)))))))..)))).(((((.....)))))...........(((((...........))))).....((((((...........))))))...((((((.(((((((((((((((....)))))))....)))))))).)))))).))))).))).)))))(((....)))....((((((......)))))).........))))))))).....))))))))))))).)))).))))..((((((........)))))).((((....)))))))))))).)))))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((...))))(((.(((((.,,{((({{{{|||,..{{({{{{({(({.,,.}||||,,(((,((,,,||,|||{|||||((((((((...{|(({{,{,|{|{||,|{(((,.{,{|||((((({{,({{{{........}))))}},)}||||,|}}}}|}}|||{....,,||||....|,})}}}},.,,.{{,,{((((((.,(({{(((,((((((((((,{,{{(((({(((((..((((,....}})).|.,))|||,(({{(((((.........(((((((,,((((((((((..(((....)))..))}...,,{,.{({({{{|||{,..,((((,,....}}}}}.....{{{{(,,....,.,,,,.,,||||,..{{.,,.,({,.,.,(({(((((((((.{{..........{{{{(||,{{({{{(({{,.....,,,,,,.,,,....,,,...,.((((.{((((((.{(((((((.(((((.(((((((.........}}))))),.....))))).)))))))}.)))))))))))..||||||}}{{.||,..{{{{{{{,,.(((((.{{,{,{,....}})),...)))))....}))..}))).}))))}}}}.,))})))||{,,..,,,,|||{{{,,........,,....|||,,||||}}},,,....,|||{.,,,.||||||,...,|||||.,}}))),,,,))}}.)))))))))))),,,}))}}},}}.||||..}}}}))),})}},....})))))).)}}))}}.}})}}}}}}{|||,,{{..,(((.((({...}))).})}.,.}}|.}}}}....((({...}))).,{({((..{{{,({{{{,{{(((((((....,,,...,((((((......)))))}.,}..,,,....)))))))))))))..)))}})||||||,,||..{{.((((.{{((..(((((({....,|.{{{{{((({....{((((((.(.((((({.((((((.............))))))}))))).).))))))).})))))))}...,})))))))..)))).))))}}..{{({.(((((((((..,,,((({,{{(({{,{||||{|||,,,,,,.,.,|{|||,,{{{{{{{{{{.,,,||}|||||||{{{{(((,.,,,,,.(({(((({(((,,,,{||,,,|||{{{||,,,,,|||,,||,|..((((((((((.{......}.)))))))},)),,.||,,|||..,.,}}}}}.|||,...}}..,,,..,.{{,{{{{{{{{{{{{.},,,.,||||,|{((,((,..{{|||,|{{{{,,.,,)))||,,}}|||,,,,,..}})),))}}.},,,....{{(((({.........,.))))))||||}}}||||||,,|||,.....(((((((((((((.......||{,..((({((,((({{{{.,,,,))})))},)))}}}.(((((((((((((.((.(((((.{{,((.(((((.((((((((.((....)).))))))))..))))),),))...))))).))))),...)))))))))).))))))))))))).||,,|}||}}}}|||....},}..,,|},}}))}.(((,,,,..}}}{((((..........)))))}}}}}}))))},}.}}}}}}.,}}...,{{{{,,,,||}}}|})),,,,})))).,...))))))))).}}))})))}.))}.))))))).,}))))))}.,}|...{(((((.{(((({{..{{...,.}|.|)))))}.)))))))}))))),)))})}))))))))|((.(({....})).))}......{{{|}|,.||}||||||,}}|,,||}}||||,,,||}},}))..,.}|||||||||((((,{{,..{((((.........)))))}}.}}}|{{{{,,...,}},,,||{{{||||||{((({{{.....(((((.......}}})}(({{((((,((((.(((((((((((((...,,................)))))))))))).))))..((((((((((.((((((.{{{,.,,,(((({(.,,.(({{{{,,|{{.,|}}|,,,,,,,{|.,,|,.,,}.,))))))}}|,,.}}}}}}}}..)))))).)))))))))))))).)}))...{{((,((..,,,.,.)),)}}},,,{....|||{,||||}|(((|.....}}}}......{(((((,,.{,,,.||||,..,||.|{{{....,,..}}}}))))})),,,({(((.....}}})}.........,,||,,...,,..,,...|||},.....,,{{{,......}}},,)))))}...{(((((.(((((((((((((({....}))))))....)))))))).))))))})))))},,,,)))))|.....})))},}}((((((......))))))}}}},.,}}))))))))),,.,.})},)})))))))}||||}|||},..|||||.,,,..,}})}}}}.{{{{....)))),,,,.....)))))..)))