Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr2_0152800

Sequence Length

1967 nt

GC Content

0.3320

AACAGUAGAGCCAGAAUAAAUAGAUGCAUAACAUAUUGAGAUAAAAUGUAAAUUCAAUCUUAAACUUAAAGUUAACCUUAAUUGACUUGAUGCCUCACGUUAUUCUGAGAAAUCUCAAUGGACUAAGCCAUGGAUAAAUGAGAAAUCAAAGCAGAAAUGUUUUCUAAGCAACACUACUGAUCAUUUUCAAAAGACACAAUUUCAAAAUUAGAUAAUUCACUUUUGUUAAUUUGAGGAGUUGUUCCUAAAUUAGAACUCAAUUUUCUCCUCUGCACAUACAGCAUUGACUCUUGACAGUAUCAAUGAUUCUUCAAUAAAUGGACAGGCAACUAACUCUCAGGCAAUAACUUGGUGCAUUUCUGCCUGAAAACAUUAUUCAUAUAGAAUAAAAAUGAGAAUGGCACAAGUUGAUAUCCAGUACAUAAUGUACACUUCAUCUAAUCUUCUGUCAUAUUUCACAUCUGUAAUGCUGGGAAAACUCAUUAUUCAACAGCAAUGCAUGUGUAAAACCAAAUUAAACGUGAUUCCUUGAUCUUACUGAGAUAUUUCAAUAUACAUUCUUCCCUUGGUGGCCACUGUCCCAGUGGGCUUUACCUUCAAAGAGUUUAUAAUCUAAUUGCAACAGUAGUUUAAAAUGAUGACCAGGAGGCAAUAAAUUUUCAAAAGGCUACAAACCUAUUUUAUACAAAGUCCUUUACGUAACAUUGCAGACAGAUAUUAUCAUUACAAUAUUAACAUGAGUUGGAGGAUAAAAUAUUUUCCACUUAAAUUUCAAACCAAUUUGAUAAAAUUAAUUGAUAAUUUAUGAUAAGAAAGGCACCUUCUCUAUAUUUCCUUCAGAAGCUUAUUUAUCCCAUGUUAUAUAAAAAUCGUUCAUGCUAUUUUAAGUAUUCGCAAUCCCAAAUCGAACUAAUGGUCAUUUAGAUUUUCUAACACUGCAUCUCUAUUGACAAAUUGCAUUUGCCAGACCAAAUUCUUCUCUUGGCCUUCAUUCUUAGGCUUAGACAUCAAGUGGUAAUAAUAAACCCCUUUCUUCAAUCUUCAAAAUAAUUAGUUUGCUCAAGUGCCUUAUUUUAGAUAAAAGAAUAAUAUAGUACCCCUCAGAAUUAGUUCUGUUUCUAAAUAAUUUUAAAAUUCUAAAUUUCCCAUAGCAUUUAAAUUACCCAUAGUAAAAAGUACAUCAAUGAUUGGAAAGUUUCUAUGGCAACAACCUCAUUAGAACACCCCUCCUGGAAUAGUAACCUGGAUUCUAAGUGUUAGAAAGAUGUCAAUUGUAAUAGAGCCUGGUUCACAAUAGAAUUUUCAUCUUUAUAUCAAAGAAAUUGUUGAUUCUAAUUUCACAAACAAUGCAAAUGUUGCCACAAUGACUGUAAGUGGGGUUUUCUACAUUUAUAAACAUUCAUUUUCCUUGAUAAGAGCAUUGUAUUUUUUACACUAAAUUUAAGGAUACUUGGUUUUGUAUUACCCAUCUAAAAUUAGAUCUACGUUUGAAACCUGGAAGGAAGUGUAGGGUUUGUUGUUUAUACAAGUAAGUGGCUUCUCCGUGAGAUAUCAGGGGGCCCAAGGCAUCACGCUGCAAUGCUUGGAGAGCACCAAUGCUCUAUGAAGUUACCAUUACUGCAGUCAAAAAUCCAUUAGCGUUGACACCACUCUGUCAACAUUUUAUUCCUUGGGGAGAAGCAACACCAACAUCCAGAGUCAGUUCCUGAAGUGAAUACCAGCUUUUAGAAACUAACAUCUGCUGAGCCCCAGUGCUCCAGCUGCCAAGGAAAGCAGAUUUUCAAAAGUAAAUUCUGCCCCUUUCAUUUCUUUGGGAAGUGGGCAUUCAGUGACUGAAAUCAAUUAAUGCUUAUUUAUGAUUCAUUUUAACUCUGUGAUUUAGAAACUAUAAUUGACAGAAAUAAUGAAUGACUACAAUACAUUUUGGAGGCCAGAUUGCAUUUUAAAACAAGUGAAGAUAAUUGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-408.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -446.09

Frequency: 0.0000

Diversity: 484.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....(((((((((((((((...((.((((......(((((((..(((....)))..))))))).....(((((((......))))))).)))).))...)))))))).((..(((((((((......)))).......)))))..))..........(((((((((((((...((..(((......)))..))...........(((((.(((((.......))))))))))((((((..((((........))))........))))))((((.......((((((..((....))..))))))....((((.....))))((((((........(((((......)))))........))))))......((((((.....))))))....((((((((((.(((..(((.....(((((...))))).....)))....))).)))))).))))((((.((((.(((((.(((.........)))..))))).)))).))))..............((((((.(((((..(((((((((((.......((((.((((((.....((((.((((((...)))))).)...)))....)))))).))))............((((.(((.(((((((((((((..(((((((.........(((((((...................)).))))).......))))).....((((((........))))))(((((((((.((((((((...)))))))))))((((((((((...(((((....)))))..)))).)))))).((((((.(((....(((((.............)))))))).)))))).))))))...........((..(((((......)))))..))..............))..))))))))...)))))..))))))).)))))...((.(((((...))))).)).((((........(((.(((((........))))).))).......))))((((((((((((((((((((....((((((...........((.(((((((((((.(((((........................(((((....)))))........((((((..((((.(((.........))).))))))))))......((((((((((((((.......(((((((.....((((((((....((((..(((((...(((.((........)).)))......)))))..(((((((..((((.((...((((...))))....)).))))..)))))))........(((((((.......)))))))......))))....)))))))).((((..((((((((.((....)).))))))))..)))).))))))).......))....)))))))))))).)))))..))))).))))))))............(((((....))))).....)))))).....))))))))....))))))))))))......)))))).((((...((.(((....))).))))))))))).)))))).)))).))))))))))))).....)))))))....((((.((((((((((((.....((((.....(((((((......)))))))......(((((((((((...............)))(((((.((((.(((((((........)).))))).)))).)).)))(((((((......))).))))..)))))))).(((((.((((....).))).)))))(((............)))(((((((((((...(((......)))...))))))))))).(.(((((((.....(((((.(.(((.......))).).)))))...))))))).).............)))).....))))))................)).)))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,{,({((({{((((((((...((.((((......(((((((..(((....)))..))))))).....(((((((......))))))).)))).))...)))))))).{...{|||,((((......)))){{{{{{{{((|...}},..{{{,,..{((||{{{{{({,...,,.,(({,,{,{.|||..{{,.....,,,,.,{{{{,{{,,{.,..,,,}}}}}}}}}}((((((..((((........))))........)))))){({,......,((((((..((....})..))))))..,,{|,,.....||},((((({........{((((......))))).,......))))))......{(((((.....)))))}...,((((((((((.(((,,(((.....(((({...})))).....))).,,.))).)))))).))))|(({.((((.(((((.(({.........}))..))))).)))),))))..............{{{{{{.{{{{{{{(({,,,||||,...,,..((((.((((((.....(((({((((((...)))))),),..)))....)))))).)))).,,,|||{{{....}}}}}},,,{|||||{{{{|,.{|{{{({...,,....{(((({{...................}).))))}..,.,..}}))).....{{{,{{|||,,...,,||||,,..((((,{((((((((...))))))))))))}..,,((((....,||}}}..}}}}}..}))},)))}}},|{||{{,,{(,,..|||{|..,..,,,,....}}}}})))})))))),,,)))}.{{{,{..{{{,{,,(({{,.{{,,,||}}}..{|,,,,.......|,.}|..|||||,,|{{{|...}))),.,,{{{{.,,,...,},,,,,,}}}},|}}..,,||||........(((.(((((........))))).)))......{||,,((((((((((((((((((((....((((((......,,...{{.(((((((((((.((((({....{({{{.,,.,{{.......{{{{|....))))}..,}}},,|,{|||,.{{{{.{{{.........}}).}})}}}},,,......((((((((((((,{.,,....(((((((.....((((((((....{{((,{((......(((.((........)).)))}}||,,,||,|,.(((((((..((((.((...((((...))))....)).))))..))))))).,,.,,..{{{{(((,,{,....,,,,)),....,})),....)))))))).{(((..((((((((.{(....)}.))))))))..)))).)))))))..,,,..,,....)))))))))))).,}}},..))))).)))))))}.....},,,...(((((....))))).....)))))).....))))))))....))))))))))))..}}}.,|||||{((({{{{((.(((....))).)))}|||||||,||}}}}.,|,..}))))))||||||....,))))),}.}}}||||.,||||||||||{.....{{{{..,,.(((((((......)))))))......{((((((((({,..,...........}}}(((((.((((.(((((((........)))))))).)))).)).)))(((((((......))),,)))..)))))))}.(((((.((,,....,.))).)))))(((............)))(((((((((((...(((......)))...))))))))))).,.(((((((.....(((((.(.(((.......))).).)))))...))))))).}.............)))).....))))))}.}},,,,,...}})}})}),,)}))),