Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr2_0395800

Sequence Length

934 nt

GC Content

0.3961

AGACCAAAAAAUCCCUGCACGGGACAACAGAUCCACAGCCAAAAAGGCCAAGAUAAAACACAGUUGGGUCCAGACUGUGCACAACACUCUGCCCUCUACUUUAAAAGGCCAAAGGGGGAUUGUCAAACCUUCAAGGUCGCCCAAAAUACAGACACUGAGAAUAAGGAUAAAUAUGGCCUAAAAUAGGAAUGAACAGAUUCCACUGAAGUAAGACUAAAUAAGGAAGAAAAAACAAGCAAUUUUUUUUCUGUUUGGACUGCUAUAACAAAUACCAUAAACUGGGUAGAUUAUUAGCAACAGAAAUGUAUUUAUCAUCAUUAUGGAGGCGGGGAGGUGCAAGAUCAAGUCCAAGAUCAAGCAGGCAGAUUUGGUGUCUGGUGAGGGCUCCUUUCUGAUUCAGAGCUCCUUCUUGCUGGGUCCUUAUGUGGUGGAAGGGACAAGGCAGCUGCAUGGGGCCUGUUUUGUAAGGGUGCGAAUCCUUUUCAUGAGGGCUCCAUUGUCAUGACCUAAUCACCUGCCAAAGGCCACCUCCUAAUACCAUCACAUUGCAGGUUAGAUUUCAACAUACGAAUUGGUGGUGUGGGGACACAAACACUCAGAUCAUAGCACAUAGGUCCUAUCAAAACAUCUUGCUGCAUAAAAGACACAAGUGAUAUAUAAAAUUUUACUUUAUGAUAAGAGUACACUUCAGAAAAAUGGGAAAAGAAAAAAUUAUUCAGCUAAAGGUACAGUGACUUUAACUGCUUAGAAAAAAAAUUUGUAGGCCCCAUAAAAACAAACUCCAAAAGAAUUAAAGAGUUAAGUAUUUUUUAAAAAGAAAAGACAGCAUCAUAUCACCUACUCUGAGCAUCCUCCUUAAAUGGCAUUAGUGGUUUUCCAUUGCUCUUACAACAAAGUAUCAAAAUCCUUAACAAGACUUACAAGUCCCCACAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-213.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -232.58

Frequency: 0.0000

Diversity: 219.44

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((........)).((....(((((.....(((....(((.....)))...))).......(((.(((..((((.(((.....))).))))..))).))).......(((((((((((((..(((....((((..(((............)))..))))....(((....((((((.........(((((......))))).(((((((....((((((..((((((((((........))))))))))))))))..(((((.......((((........))))......)))))(((....)))......((((((...(((((((((((((.((..((((((((((....(((..((((((.......)))))).))))))))......)))))....)).))))))))))...)))....))))))..(((((..(((((...(((((((((((....((.((((((....))))))..))...)))))))).)))..)).)))..)).)))(((...)))....((((.(((((((((..(((...(((.......)))...)))..))))))))).)))).......((((..(((((((((((.((((...........)))))).)))...........((((((...........))))))))))))..))))..)))))))....(((((....(((.......)))((.(((((.........))))).))(((((.(((.....))).)))))))))).......(((((.............)))))..((.((((((....)))))).))....))))))..)))....)))..)))))))))...))))..((((((....))))))....(((......))).........................)))))....))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.((((({...{,(((((..,((({....}.)))...(((.....)))...........((((((.....,.))))))((((....((((((({(((((((({..((((((..(((.((((.............}))).)))......{{{...|}}.......,........))))))......(((((......)))))..}))))},,|.((((((,.((((((((({........))))))))))))))))..{((((.,.....((((........))))..,,,.))))}{{{....||}..............}))))))))))..))))..((((........))))..)))))..,,)))))).)((.(((,(((((,...{{({...}})}||.,....,{|,{(((.(({{{((((,(((.(((((..(((((...(((((((((((....{{.((((((....))))))..}}...))))))))},))..)).)))..)).))){||...}))..,.{(({.(((((((((..(((...(((.,....,)))...)))..))))))))),)))}.............,||.||,})}}}))).}}}}.}},..,{,((({.{{{......}.},}}}|||,...........,{(((({.{|.{{{({({,....,{{,,...(((((,...,,........||,,(,((((({.......,}}}},.,|((((({(,,.....,,,{||||,,,,,,.......(((((.............)))))..{{.{(((({....,))))}.}}............}}}}}))))))}}....||.....,)),...||{{{.,,,))))))))))}},...}}})))................|,,,....))))),))).))