Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr2_0428800

Sequence Length

2345 nt

GC Content

0.3983

CCACCACACCCAGCCUUUUUUGUUUUUUAAAUUUAAGAGACAGGGUCUCAACCUGUCACCCAAGCUGAAGUGCAGUGGCAUGAUCACAGCUCAUUGCAGUCUCCAAUUCCUGGGCUUCAGUGAGCCUCCCACCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGUACUACAGACUCACACUCAGCUGAUUUUUAAAAAUUGUUUGUAGAGACAGGGUUCUCAUUAUAUUGCCCAGGCUGGUCUCGAACUCUAGGCCUCAAGCAAUCCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAAGAUUACAGGCGCGAGCCACUGCACCCAGCCCACACUUUUAAUUGCAAAUAACUAGAAUUUAAUCUAUUAAAGAAUGUCAGUUACUGAAUUUAAUCUAUUUUCAUUAAAAGGGUAAUGUGAAAUAUAAAGCCUAUUAGAUGCUUAGAGUAGAACACAGUAAAAACCUAAGACUAAAAUCUUGCUUUUUUUUUUUUUUUGAGACUGAAUCUCACUGUGUCGCCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCGCAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCACCUCUCAGGUUCAAGGGAUUCUUCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGACUACAGGCACCCACCACCAUGCCCAACUAAUUCUUUUUUGUAUUUUGUUGUAGAGACGGGGUUUCACCGUGUUAGCCAGGCUAGUCUCGAUAUCCUGACCUCGUGAUCUGCCCGCUUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAAAGGUGUGAGCCACUGCACCCGGCGUAUCUUGCUUUUAAAAGAAGGCCUUAGCAAGGAAUCAGAAUAACUCAAUUUCUUACAAACCUAAGUAUAUGGACAAACAAUGUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUAGAGUGCAGUGACACAAUCUCGGCUCACUGCAACCUCCAUCUCCCGGGUUCAAGCGAUUGUCCUACCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGACUACAGGCAUGCACCACCACACCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUCAGUAGAGACAGGGUUUCAUCACGUUGGCCAGGCUGUUCUCAAACUCCUGAUCUCAGUUAAUCCACCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGACAUGAGCCACCGUGACAGCCAAACAAUGAUUCUUAAGAAACAGCUGUACAAAUGGAACAAGUUGGUGUGAAAGACUAAACUGAAUUUAUAGAUUAGCAUUCUUGAUAACGUUUCAUCAAGCUAACACAUUGGUUUAGCCAAAGGAAAAAACGAUUAAGUAUCUCAGAAAAGUUAUAUCCCACAUAAAACUCUGUUUGAAUAAGUAACAUGAAUAAAUUCAUCUCUUCAUAUCAUUUGACUGUUUUUAAUCUUGCCUUUCUUAUCACUACAAUACAGUCGUUUGUGAAGUAACUAAAUAAAAGUUUUUCUUCACACUAGACUGGCCCCAUGGGGUUUUAAUCACUAAGAACACAUGGAAACAUUAAAAAUGUAACCUCAACUAAAUAUGUCAUCAUCACUCUUCUAAUCUAACUGGUGUUCUUUUCCAAAACUGAAGCUUUGAAUCUUCAAUGAAUUUUUUUAUUAUCCACUGACAUUUGAAUGCUACACAUAAAACAAAACCUAAGAUAUUUGCUGUCAUUUACAGCAAAAGAAGAGACUAUAUCUAAGACAUAGUUCAAUCUGGACAAUUAUUCUGGCAUGAUCAAAAUACCAGUAAGAUUUUCAGAUGCCUAAAAGAUUCCAAGUAUUUUAUACCUUUAGACUAACACUUUAUGUAUUAUAUGAAUGUUUUGCUUUGGAGCCAUAGGGGCCUGACCUUGAUUCCCAAGUGUCCCACUUACUCAGUUUACUCAUCUGCAGAAUAAAGAAAAAUAAUAGUACUGAUCAGUCUGUUUAGAGGAUAAUGAGAUAACACAGUAAAUAUGUAAGGCCCUUAGUAUUAGUAACUAUACUAAAGAUGAGAAAUGCUCAUGUGUCUCUUCACUUCCCCAAUAUAGAUUAACUAAUUGUAGCCACUGUCAAAUUAGAUAGAAUAAGGUAUCUUAAACCUAAUCUCUUCUAAAAUAUUUAAUUUUCAGAAUCUUUCCUAGUUUGUAAAGUUAAAAGCCCAAUGAAAGUUGAGCAAGACAGGCUGGCACAUGAGGUCAUAAAUUGCAGAAGCCAGAUUGUGUACAAUAUUUUAAAUGACUGUGACUAUUAUUCUGAAUGAGAUGGGAAGACAAUAGUUUUAAGCAAAGAAAUGUCUUAUCUAACUUAUGUAUGAAAAGGGUCUGCCCGGGCGCAGUGGCUCACACCUGUAAUCCUAGCACUUUGGGAGGCCGAGGUGGGCAGAUCACGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-639.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -682.85

Frequency: 0.0000

Diversity: 572.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

........((((((......(((((((((....)))))))))((((..((...))..))))..((.(((((((((((((.((....)))).)))))))(((((.....((((((...(((((((((.......(((((..(....)..)))))...(((((((..........................)))))))(((.(((((..........(((((..((((((((.....)))...)))))...)))))..))))).))).((((............))))((..((((((((((((((((........((((((((......((((......))))........)).))))))..........((((((((((((.((.((((..((((...))))..)))).)).))))...))))))))((((((((((((..(((((......)))))..))))).........((((.....)))))))))))......)))))).))))))))))))......)))))))))............)))))).....))))).)))).))(((((....)))))..))))))......((((..........))))((((.(((.(......).)))..))))..((.((((.......)))).))...((((.((.......)).))))..((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.(((((.((.((((........))))(((((((.........(((((((((.(((....((((......))))....))).((((((..(((((.............(((((((((((((((...(((((.((..((((.((...(((((((((((..(......)..))))))))..))).....)).)))).)))))))...))).......((((((((......))))).....))).................(((((((..((((..((((((.((((((((((((....(((((.....))).))....)))).)))).))))((((..((((((...((((((((.....)).))))))......(((.((..(((.....(((((.......((.(((....))).))))))).....)))..)).))))))).))..))))..))))))..)))))))))))...((((((..(((((..((..(((((.((....))))))).....))..))))))))))).)))))))))))).............)))))..))))))..........(((((....)))))....(((((((((((((.(((...((((((.((.(((((((((.........(((((...(((((((.((((.......))))...)))))))...)))))...(((((..(((((........))))).)))))..(((((...)))))..............(((....)))..(((((((........((((((((...........(((((........)))))(((((....)))))...............)))))))).......................((((((((.....)))))))))))))))(((((.((...)).)))))...(((((((.((((...((((.((.......)).))))...)))))))))))((((.............((((((((.(((((((((..((...(((.(((((((((...((((((((....(((...((((((...(((((((.....)))).))))).)))).........)))....)))))))).......)).))))))))))...))..)))))))))...))))))))..(((.......))).))))..(((((((........))))))).)))))))))..((((((((((............((((.(((.....))))))).((((..((((...(((((.(((((.((((.......)))).)).))))))))....(((((((((((((..((.....)))))).))))))))).((.((((....)))).))..))))))))))))))))))................)).))))))...))).....)))))))).)))))...)))))))))(((((.((((((((((....((((.....))))..)))))).)))).)))))........)))))))))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,,,..,,({((((......(((((((((....))))))))}((((..(,...))..))))..{{|(..{(({{({(((.,{....,,(({{{{{|,{({,,,,,...,,|||||}.||||||||........,((((..{....}..}}))|..{{{{{{{{.........,,,,,...........,}}}}}}}},,}},((({............))))|||||(({{{.,....}.}}|}},...|||....,,.|||{{..{{{(......,.....))))|,},||||||||||{||||{........{{{,{,{{..{{{.({((......}}}}.,..,,,,},||}}}}}.}},,.,,..((((((((((((.{{.((((..((({...})))..)))).)).))))...))))))))(((((({{((((..(((((......)))))..}))),.........((((.....)))))))))))......)))))).))||||||||,|......|))|}}}}}||,,}||||,||((((((....{((|{......,,)||,,,...}))))).,)}))))......((({..........}))){{{{.{{..,......}.,.,..)))),,||,((({{{,....))})})}.|,{|||,||,,...,.,}.}}})..{(((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((((((((((.((((({(,((((({(({{{....))}}}|{{{...,}},..(((((((({.,{,....((((......}}}).,..}}}.((((((..(((((.............(((((((((((((((...(((((.((..((((.((...(((((((((((..(......)..))))))))..))).....)).)))).)))))))...)))...,,,{((,{({{,.,..}}))))......||,..,..............(((((({,,((((..((((((.((((((((((({...,(((,({,,..|}}|||....}))).)))).))))((((..((((((.,,{{{(({{{.,...,).)})))),.....|{{.{|.,{{{..|||{((((.......{{.{{(....}}}.}}))))).}...}))..)}.))})))).))..))))..))))))..)))))))))))...((((((..{{(((,.{{..(((((,,,....)}})))).....))..,}}}})))))).)))))))))))).............)))))..))))))..........(((({....}))))....(((((((((((((.(((...((((((.((.(((((((((.........(((((...(((((((.((((.......))))...)))))))...)))))...(((((..{((((........)))}).)))))..(((({...}))))..............,{{,,..,,,..{((((((.{{({...{(({{{,.,,,........{(,((({({{(({,,{{(,(({{....,,,}}....,,.})}.}}}}})}.))).},............,,..,,,,.((((((((.....))))))))})))))}{{{{{.{{...)).))))},..(((((((.((((...((((.{(.......)).))))...))))))))))){{{{......,{,...{(({(((({.{((((((({..((,.,(((,(({{{||||,,,|||{{{{{,,,}||{...,{(((({,,(((((((.....)))).))),,.,|,,{|,,|,...|||....}}}}}}}}.......,},,}}}}})}}}...))..)))))))))...}))))))),,,,|.......,,,.)))),,|((((((,,,.....))))))).))))))))}.,|(((((((((............((((.(((.....))))))).((((.,((((...(((((.(((,{.((((.......)))).,),)},)))))....((((((((({{((,.{{.....}))))}.))))))))).((.((((....)))).))..)))))))))))))))))),,,,.....,|,....)).)))))).,.))).....)))))))).)))))...}))))))))(((((.((((((((((....((({....,))},..)))))).)))).)))))........})))).)))))))).)))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))