Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr2_0616300

Sequence Length

1325 nt

GC Content

0.4687

GUUCAAGAGAUUCUGAUGCCACAGCCUCCCGCGUAGCUGGGAUUACAGGUGCCCACCACCAACAUCCGGCUAAUUUUGGUAUUUUUGGUAGAGAUGGAGAUUCUCCAUGUUGCCCAGGCUGGUCCUGACUCUUGACCUCAGGUGAUCCACCCACCUCGGCUUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCACACCUGGCCAGAAAAAAAAAUUUUUUUUUUUUGAGACAGAGUCUCAUUCUGUCACCCAGGCUGGAGUGCAAUGGGAGGAUCACUUGAGCCUGGGAGGCAGAGGCUGCAGUGAGGCUGUAGUUAGGACUACAGGCCCAUGCCACCAUGCCCAGCUACUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUAAAGAAAUGAGGUUUUGCCAUGUUGCCCAGGCUGGUCUCCAACUCCUGGACUCAAGCAAUUCACCUGCCUCAGCCUUUCAAGUGCUGGAAUUACAGACGUUAGCCACUGCACCUGGCCAAGUGACAAAAGAUCAAACCCACAUCUCUCUGUUCAAAAGCCCUCAAGCUUUUCACUACAUAUUGAUAUGGUACUCAAUAUUGCUUUUUUUUUCCAGUUCCUUGCAAUUUUCAGAGGAAUUCAUUUUGUACAUUGUCACUUUUCUUUCCCUUUCUCAAUCUCCCAUUCUGUUCACUGUCCCCAAACUCCCAACCCGUUGCACCACACAAUUAAACAACAUAGUCUGCCCUCAAUUAAGGAAGAGUGUAUGUUCUUAUAAUACAUUAUGGGAAACUUCAUUAAUAAAGGUGCAAAUACUGGACAUGGAGGCUCACGCCUGUAAUCCUAGCACUUUGGGAGACCAAGGCGGGAGGAUAGCUUGAGUCCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGGCAACAUGGCAAAAACCAGUCUCUACAAAAAUAGAAAAAUUAGCCAUGUGCAAUGGUGUAUGCCUGUACUCCUAUACUCAGGAGGCUGAGGUGGGAGGAUCACCUGAGCCUGAGAAGGUCGAGGCUGCAGUGAGCUGUGACUACACCACUGCACUGCAGCCUGAGGGACAGAGCAAGACCUUGUCUCAAAAAAAAUAUUUUUUUUAAUUAAAAAAAAGAAAUGCAAAAAGGCUGGGAAUGGUGGCUCACACCUAUAAUCCUAGCACUUUGGGAGGCCAAGACAGGUGGAUCACCUGAGGUCAAGAGUUCGGGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCAGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGCAUGGUGGCACGCACCUGUAAUCCCAGCUACUAGGGAGGCUGAGGCAGGAAAAUCGCUUGAACCCAGGGGGUGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-672.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -690.52

Frequency: 0.0000

Diversity: 136.11

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((((.((((....((((.(((((((((..((((((((((((((((((((...((((((...(((((((((((((.(((((((((((((((((((.(.(((.((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...((.(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((..(((((((...............(((((((((((((((.((((..(((((((.(((((((((.((((((.(((.....(((((..(((((.........)))))..)))))..(((.((((((((.(((((((..((((.(((((((.((((((.(((((((.(((((..........(((.((..((((((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((.((((.(((((((..(.((((((((((((((.(((((((.(((.((((...((.....)).(((((((((.....((((......((.(((((...((((((......))))))......(((((((........)))))))(((...................))).....)))))))......))))....))))))))).............................((((.(((((................(((((((...............(((.(((..(((......))).))).)))...(((((((((....)))))))))..............))))))).....))))))))))))).))).))))))).))))))).))))))).)..))))))).)))).)))))))))))))))))..)))))))))))))))))))))).)))))).)).)))..))))).))))))).))))..)).)).)))))))))))))))).))))).)))))).(((((.((((((.....)))))).))))).....(((((.((((......)))).)))))...))).)))))).))))))).)))))))))..)))).)))))))))))))))((((((((((........))))))))))......)))))))..))))))))))))))).))))))))))))))))))))))).))...))))))))))))))))))))))).))))))))))))))).)))))))).))).)))).)))))))))))))))).)))))))))))))..))))))...))))))))))))))))))))..))))))))).))))....)))).)))))))((........).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((((.((((.,..((((.(((((((((..((((((((((((((((((((...((((((...(((((((((((({.(((((((((((((((((((.(.(((.((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((...((.(((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((..(((((((.,{{{{,....,}))||(((((((((((((.((((..(((((((.(((((((((.((((((.(((.....(((((..(((((......,..)))))..)))))..(((.((((((((.(((((((..((({{(((((((.((((((.(((((((.((((({{{{,...,,|||,|,..((((((((((((((((((((((((((((..(((((((((((((((((.((((.(((((((..(.((((((((((((((.(((((((.(((.((((...{{.....}}.(((((((((.....((({...,.,{{.,,,((,..((((((......))))))....,}|{{{{||,.,,,...}}}}}}},{,...........,{{{{{{{,,,.....,,)))))}},...})))....))))))))).....................,,,....,{(({.((({,................(((((((...........,,,,(((.(((..(((......))).))).))).}}|((((((({....}))))))),..............)))))))....,)))))))),)))).))).))))))).)))))))}}}))))).)..))))))).)))).)))))))))))))))))..))))))))))))))))))))))))))))).,}.},,..})))).))))))).))))..)).))},))))))))))))))).))))).}))))).(((((.((((((.....)))))).))))).....(((((.((((......)))).)))))...))).)))))).))))))).)))))))))..)))).)))))))))))))},{(((((((((........)))))))))}......)))))))..))))))))))))))).))))))))))))))))))))))).))...)))))))))))))))))))))))}})))))))))))))).)))))))).))).)))},)))))))))))))))).}))))))))))))..))))))...))))))))))))))))))))..))))))))).))))..,.)))).)))))))((,.....,,).)