Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr3_0374800

Sequence Length

736 nt

GC Content

0.3207

UAAAACCAAACAACCUUUGCCAUUGGCCAUUAGUUUGCAUGCAUAUACAAUCCAAAAUACUAUCCUCUCACAAAGCUAAAGAUUAUUGAUCAUUUUCAUUAAGUUGAUGGAUCUCUUUACUAAUAUUUUACAUGUAGAACUUGUUUUAAAGGCAUAUAUUAAUUUCUAUGUUAAGAAAAAUAGAUCAUUUUUGUCAAACAGGAACAAUUCCUAAUUGAAAGGUAUUAUUUUUAUUUCUAGCAGUGCAUGAUUCUGCCAUUUAAACUACAAAGUUAGGAUUUAAUGCUAUUUGCCAUUUAUCUGUACUUACAAAUUAUGAUGUGGCUGAAUAAUAUCUUCUGCAGUUGGAAUUAACUUUUUCUGAUCUAUUACUAUGCUCCUUAAAAGUAUGGAAUAUCAUUUAGUAAAAUAUACUCAAAAUAUGAAAAAUAGCACUGAAGUAGAGAAGAGACAGUACCUUAUACUUUUUGAAAACUUACUGACAACUUUUGCCUUAGAGUCCAAUUCAGGGUGUUUUCAAGGUUUUCCUUUUAUUUCUCUCUUUGUUCUCUCUUUCUGUCUGUCUCUCUCUCUGUUGCUCUCUCCCUACUUUUUAAGUACCUCAUGUAAAUAUUGUGGGUUUAAGCUCAACUAGAGACAUGAAACAUUAGCCUUAGACCACCUGAGAUGCUUGUUAAAAUUACAGAUGUUGCAUCCUAUGACCUACUGAAUCAGAUUCUUUGGAGAUAGGGCCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-131.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -146.72

Frequency: 0.0000

Diversity: 215.65

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((...............(((...))).....(((((((((................................((.((((((..(((.((((.(((....))).)))).))).)))))))).(((((((((.(((((((..((((....((.(((((..((((((...(((((.((((...((((.((.(((.((((..(((((...)))))..)))).))).)).))))...)))))))))(.(((......))))............((((..((((.....((.....)).....))))..))))..))))))..))))).))....))))..)))))))(((((((........))))))).((((.(((((((.......))))))))))).......)))))))))..(((.....))).....((((....((.(((((.(((((((.((...........(((((((...((((..(((((......))))).....))))...)))))))(((....)))............................))))))))))))))))..)))).......(((((...)))))...))))))))).)))((((......(((.....)))..(((.((((((((((((((.....)))))..))).............)))))).)))(((((..((....((((...))))...))..)))))..))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.....{{{,,.....,,{{{...))}.....|||||.{{{,,.......................,,,....{{.((((((..(((.((((.{{,....}}}.)))).))).))))))}},{(({((((((((.,(.(((({......|((((((......(((((......)))}}(((((((((,{{{{{(,,,,,|||||.,,||||},,|||}{{{{{{{{{{{{.,..,,,{{(({,.{,,.{{{{{|({{{{,,........{{{{..({{{..,{|{|.....}|||},.})))..))}}.........,},))))).))))})))}})},},)))))))))}}.........))))))))).,||||||..,.{{{||||,||{...,,,{,,{(({.....)))}.,,...,)}}.....((((....((.(((({{(((((((.({...........(((((((...((((..(((((......))))).....))))...)))))))|((....))}............................))))))))))))))))..))))...}}).)}}}}},})))).}..))))))))}}))}{{(({,,..|{{{.....))).,,||.,{{{,,{{{(((((.....)))))..))}|||.......,,,}}})}}}))}(((((..((....((({...})))...))..)))))}.,.,,