Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr3_0376800

Sequence Length

398 nt

GC Content

0.5000

CAUAAAACUUUGGAAGGUUUGCAGCCUGGUCUUGUGAUAGAAAAGAAAAACCAAUUUUCUGGGGAGAAAUUCAAGCUGGCUGGAGAAAUUUGCGUAAGUAAUGAGGGACCAAAUGUUAAUCACCAAGACCAUGGUUAAAAUGUCUCCGGGGCAUGUCAGAGACCUUCACAGCAGCCCUUAGCAUCACAAGCCCAGAGACCAAGGAGGAAACAAUGGUGUUGUGGGCCAGGCCCAGGGCUCCCCAGGUGUGUGUAGUCUCAGGACUUGAUGCCCUGCAUCCCAGCUGCUUCAGCCAUAGCUAAAGGGGACCAAGAUACAGCCUAGGCCAUGGCUUCAGAGGAUGCAAGCCCUAAGCCUCGGCAGCUUCCUCAUGGUGUUAAGUUUGCAGGUGUGCAGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-116.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -124.17

Frequency: 0.0000

Diversity: 100.38

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(.(((.(((..(((((.(((.(((((.((.((((.........((((((.....))))))...........))))))))))).)))...((((....))))...(((((......(((((((.........)))))))...)))))(((((((((((.(((((...((((.(((((((..((.......(((((((.((((..(......)..)))).)).)))))...))..)))))).....).))))....)))))..)))...))))))))..((((....(((........))).....))))..........(((.((((...(((((((.....)).)))))....)))).)))..)))))....))).))).)((((((....))))).)

Thermodynamic Ensemble Prediction

(.(({.(((..(((((,({{.,{{((((((((({({{(,{{,,{..........}}}}}}|,,,|,...,}},{{{{{{{{{{|{,...{(((....)))}...{{{{|......||,||||,,},},,,,,)))),}.,}|}}}}(((((((((((.(((((...((((.(((((((..((.......(((((,(.((((..(......)..)))).)).)))))...))..)))))).....).))))....)))))..)))...)))))))}..|{||,||||||,.|||,,.,))|..,|}))},.........(((.((((...(((((((.....)).)))))....)))).)))..)))))....))).})).)((((((....))))))}