Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr3_0377300
Sequence Length
2065 nt
GC Content
0.3390
CAAAUAAUAUUGCAAUUUUAAAAAAGUCUUAGGUAUAAAUUAUAAUUCAUUCACGAUGCUUACAAAUGAAUUAUCAUAUUCAGAUCUAACUACAUAUUUAUGAGAUUCGAGCCAGGUGUUUAUCAUCUUCAAUGUAUAAAUAAUGCAAACGGGUUCUAUGGCAUAGCUGGGACUAAAACGUCUGUUGCAUAACUUCUACUGUUUUCCUUUGCACAUUGGCUUUUUGAUUUAUACAUUUGUUGUUAAAGACUGUUUUGAUUUUAAUAGAAAUGUCCAGUUUUAAUAAUUUAUCUUCACUAUGACUAUGAGAAUUUCACAGCAGGGAGCCCAACUUAGUUGAUAUCUUAAUUUUGUGGCAUUUUCAUUGGUUUAAUGAGAUCUCAUUUAAGUUAACAAAGCUAAAAUCUCAUUAAAUGUAUAAACAAGCUCUUAUGUAAUAAAUCUUCUAAUGGCUUAUGCAUUUUUAAGGCAUUACUCACUUUUUUGGUGUUUGCUUACAACAUGCAUUUGCUUUAUAUUCAGUUAUUUAAACUGAAAGUGAGUUUAUCUACUAGUAGUUUAAUCGAUUAUACUCUUGUUACUCAAGGUGUGAUCGAUUUGUGGACCAGUGGCCUUUGUGGGAUGUGGUUUGAAAUGCAGUGACUCAGGCCUAACACUGAACUGAUUAAAUCAGAAUCUGAAUUUUAACAAGACCAUCAGGUGAUUUCAAUGCACAGGGAAGUCUGAGAAGUACCAUUCUAUACUCUAGUGAAAUCAGUCCUCAGUAGGACUGCAGAAAGAUGAGACUGCUAGACAUCCAAUGUCUAUUUAUUUUCUUAGCAUCUACUACACUGGAAAAAUCAUUUGAGGCAGCAGAUUUUCUGAAUUUGGUAAAAAUGUUUCCCACUGACCCUCCUUUUACCCUCACCAAUUUGCUAGGUGGGUAUAGAGGUAAAUGCACAUAGACAUGCAUAUUAUAGUAAGAAAAGUGUGAUCAUGCACAAGCUUCCUCUUAAUUUUUUUUUCCUUUUGUUGUAAGAACACAUUUUACAAAUUUGCACAAACUGAAUUACAAAAUGUGAAAUAUAGGUAAUGGAGUGUAAUAAAUGCACAGCCACAAUUGAAGGAAAAAUGUUCGGGAGGCAAAUGAAACUCUCAAAGGAAAUAGUCCCAAUCCUGGAUAAUCUCAUUAAGAGCUUUACUGCAAGUAGCAACAAAUUAGUAACAUUAUGAAGGUGAUUUGUAUGUAAAUUUCCUUUUUAUUUUUCCUGUAUAUGUGUUUGCUGUGGUCCAACAUUUAUGGAGAAAUGCUUUGAUUUUAUCAGACGAAUGUUAAUACCACCUCAGUGAUAUACUGCAGAGAAGCUACUGCAGGAGGAUUAACUGAUAAAACAGGUAAUCCAGACACAUGCUUAGAGCUACACGAGUUAGUUAAAUGGCGGGCAGUUAUUCUGCUAACUAUGCACCACUCACCCACUGACAAUGAAUCACUACCUUCUUAGGGUGAACUGGUGUUGGAGUGAUAAUGAGCAGUAUCCUUGUUCAUAAUUAGAGACUGUACCACACCUCUGACCACUUCCCUUAGGAUUUGAUCUCUGUCAAACUCCAGGAGCUAUUUCAGUAACUCUUUAUAACCACUUUCUUUGUAAACUGGAUCAGAUAUUUUUCCAUUACAUAUUAUGUUUUUCUUCAUAGCUGGCUGGAUAAACUCACUCCAAAACACUACAUAAUUGUGCCCUACAUUCACAUCAAUUGAAAUAAUUUUAGAUUUAAUGAUUGAGAUUCAAAAGGUUGAGUGAGUGACUGGCAGAAUUAUCUGUUUAUAACACAGACUGGAUAGAAAUGACUCAUGUACAUUAUAUUAAAACAUAAAAAUGAUUAUUUGCAGCUCUAAAUUCAAAUAAUUUUAAAGGUUCCCUUUUGGGCCAUGAAUAUUCCCUUUGACAAUCCACAGUGAUCAAAUAAAUUGAACAACUGCCAAGUUUUCAGUUUGCUGUUUGGUGUGUAGACAGUCCAAAGAUACUCAUAUCCAUUCACUAAUUAUUGCCCUGAAGAAUAAAUAUGAAUGAUUUCUAAAGUGAUUUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-486.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -527.00
Frequency: 0.0000
Diversity: 469.03
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((......)))(((.............((((((...(((.((((((((((.............))))))))))...)))...)))))).........((((((..(((((((((((((..........((..(((......(((((((((((((((..(((...)))))))))....)))...))))))......))))).........)))).)))))))(((((((.........((((((((((..(((((((((...........((((((((((..........((........))(.((((((((.((((((..((((...((((...))))...))))....)))))).)))))))).)((((((((((((....((((.(((.....))))))))))))))))))).((((((((.((......))...............(((..((((((.((..(((((.....((((.....))))..)))))..)).))))))..))).....(((((((.....)))))))(((((((((((((((((((.....((((((((((((.((((.....))))))))))))))))(((((((((..(((....((((((....((((......((((...((((........))))))))((((((((((((((((.............((.(((((((((((.......((((....))))((((......))))....(((((((....(((((((....))))))).....((((((((....(((((((...))))))).......)))...)))))....))))))).)))))))))))))...)))))..)))).)))))))..))))...))))))....((((....(((((..(((.........))))))))..)))).....(((((((.((((((((((((((.(......).)))))).)))))...(((((((...(((...((((((((((.(((((.....((((((((...(((((.........)))))..)))))))).............((.(((((.....)))))..))))))).)))))))))).))).)))))))....((((.....(((((((((.((((.......))))...(((.....)))...((((...))))(((((((((((.(..((...))..).)))))))).)))..))))))))).....)))).))).)))))))..))).)))))).)))...(((((((((((.((((((((...((((.(((.((..(((.(((....))).))).((((((........))))))..((((((.(((......))).))))))........(((...))).....((((((.(.(((((((.(((((.....)))))......((((((.((((((...((................))...))))))..)))))).((((((...((((((((.....))))))))..((((((..(((...))).)))))).))))))(((..(((((((((....)))))).)))))).))))))).).)))))).........)).)))))))......))))))))))))))))))).......((((........))))))))).))))))))))))))............((((((.((((...(((((((.((((((.....((((((((.((....)))))))))).....)))))))))))))...)))).)))))).))))))))....))))))))))..((((((....)).))))..))))))))).......(((((((((.(........).))))))))).....((..(((....)))))...........)))))))))).......))))))).((((((((.((((....))))))))))))((((((((.....)))))))).....))..))))))..((((((.((.(((((.........))))).))))))))...((......)).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
,,,......|||({{..,,,.,..{((,((((((.,.,{{.((((((((((.............))))))))))...,,,...}}}}}|,.,,,..,.{{{{{{,,{.(((((((((((....,,....,,.,(((,||...(((((((((((((((,.({{...}))))))))....}}}.,,))))))......}}},}.........)))).})))))).{{{|{|||||{||,,{{(((({{{{||{(,||||{{{{{....}}},|{{{||||||}}},,,,.............||({((((((((.((((((..((((...((((...))))...))))....)))))).)))))))}.)}||(((((((((....(((,{(((.....))))))))))))))))))}|||||||||,|,.....,)}.............,.(((..((((((.{,..(((((.....((((.....))))..)))))..}}.))))))..))).,...(((((((.....)))))))(((((((((((((((((((.....((((((((((((.((((.....)))))))))))))))){((((((((.{(((....((((((,{{({{(({{,,,.((((...((((........))))}}}}(({{{{{((({{((((...........|.((.(((((((((({.......((((....})))((((......))))....(((((((....(((((((....))))))).{{,,{{{((((,..,.(((((((...))))))),,}}}}}))},,|,,,}}.,,.))))))).}))))))))))))...))))},})))),,})))}}..,,,,...))))))....{{{({{{,(((((.,(((.........)))))))).})))).....(((((((.(({{((((((((((.(......).)))))).)))))...(((((((...{((...((((((((((.(((((.....((((((((...{((((,.......,}}}}}..))))))))............,((.(((((.....)))))..))))))).)))))))))).}}}.)))))))....(({,.....{((((((((.((((,.....,))))...{({.....))}.,,,,,{{{.,||,{{{((((((((.{..{,...,}..}.)))))))).,}}..))))))))).....}}}}.))).)))))))..)))}))))))}|}}...(((((((((((.((((((({,.,{{{{.{{{.||,.,,|.(((....))).}}}.((((((,,...,}.))))))..((((({.(((......))).})))))........(({...))).....((((((.(.(((((((.(((((.....)))))......((((((.((((((...((....,...........))...))))))..)))))).((((((...((((((((.....))))))))..((((((..(({...})).)))))).))))))(((..(((((((((....)))))).)))))).))))))).).)))))).........,,.,,,})))}|,..,})))))))))))))))))).,.....((((........))))))))).))))))))))))))............((((((.((((...(((((((.((((((.....((((((({,((....)))))))))).....)))))))))))))...)))).)))))),|||}}}},.,},}))}}}}}||..((((((....)).)))}.,,,,,.,,,,.......{((((((((.{........}.))))))))},,...((,.({{....))))),{{{.,,,...||||{{{,.{,.{{{.||||||||{((((((((.((((....))))))))))))},||||||,},}}},)),,)),.}},)}},.}}})}..((((((.{{.(((((.........))))).)))))))),,,,,},.})}},}))).
Back