Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr3_0377400
Sequence Length
1736 nt
GC Content
0.3566
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-356.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -395.56
Frequency: 0.0000
Diversity: 477.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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