Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr3_0499300
Sequence Length
2322 nt
GC Content
0.4673
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Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-896.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -937.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 484.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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