Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr4_0090400

Sequence Length

1545 nt

GC Content

0.3074

GUUAUUCUACUGCCUUGCUUCUGCUUACUCAUGUGCCAGGAGCCAUGAUUUACUGGGAGUCAUUAAUGUAAUAAUUUACCACAGGAUGUUCUGUGGAGAAAGAUCAGUUAAUGUCAGACAUUUUGGUCGGGACAAUUCCUUCUGAAAACACGUCACAACAACAAUUAUAAACAACAAAAGCUUGAUAUACAGUGAGCCUCAACAUUUAACAUUCAUAUCCAAGCAUAUCCCCUUAUAUCAGGGACUACAAAGCAUCCAAAUAAGAUGAGAAAUAUUUUAAUUGAUGAAACACACCCCGUCAGAUAAGCACUUCCUUGUCAGCAAGAAAGAAGGUCAUAUUUGGACCAGUUCCAUGAACAUACCUAAUUUGAUUAAGAAAACAAAUCCACUUCUCCUGGAGUCUCUAACGAUAGCAAGACUAAAGAGAAUAUGAAAAUCAGGCUUUUUUUCAGAGAUGUUAACAUACCCUACUAUUCAGAUACCAUGAAGGCCAAAAGACACUCAGAUCUUCAAGAUUUGUGUUCUUUAUCAUUUCUGGCUGCUCAGGCUCCCUUUAUCAAUCACAUUGGGGCACUUCUAAUUAAUGCUCUCCUUUUGGGGCUUAUCUAAUUUGCAAUAGUACUCAUGUCUGACCAACAUGAUCCUGUAUUAUAAAAUGCCUUUAAUUUUAUAAUAUUUCACUACUGUUCUUUUGCUCAGAGAACCAGUAUUCAAAAAUUAUCUCAAAGAAUAAUUACAUGAAUAAUUACAUGAAUAAAAAUUACAUAAAUACAUGAAUUACAUAAAAAAAUUAAUGUAAUAUUCUCAAAGAAUAUUACAUUGAAUAUUACAUUAAUAUUAUUUUUCAAAGAUGUAAACUUGUUUUUCAUCUCAUAGGAUGUCAUUUUACCUUUUUCUUCCCCCAAAAUAUCAGCUGAAGUUAGCCAUAAUGCAUAAAUGACAAAUUUCGGUUUCUUAAUCUUCUCAGAGUAUUUCUUCCUUUUCUUUUAAUGUGUCUAAAAAAGGAAAGAUGUAUUCAGAUUCAUAUGUAAACACUUGAAUUAAUUUGUGGUUUUUGAUGUAAUUACAUUAUUUUAAUAGCCAGUUUUUAUUACUUAUGGCAAAUUUCAUUUUGAUAUGAGCUAUAUCACUUAAAAUGUGAUUAAUAUAGUAAGGUUAUUCCCUCUUUUGAAUAUUUGAAUACUAUUAUUUAAUUUUGUUAAUAAGGAGGUAGGUAGCUGAAGGUUUAUAAAAUCAAAGUUAUUGAUUAGAUUAAGUUUUAAGAUAAGAGCUGGAUAUAGUUCAAACAUAAUAAAAAAUACCUGAUAGUCUAGGUACUGAUAAAAUAUCUUCUUUUGAUGUUUUAGUUAAAAGAAUAGGUAUCAUUAAUAAAGUAUUAUGUGUUAAAUUGGUAAGUACAGUGCUUAAGGACUUUCAAAAAUAUUCCCAAAUGAAAUGCUUCUAUCACUAUAGUUAUGUCAUGAUAUACAAAUUAAAAUGUUAUCAAUUUGGCUCAUGACUAUUUUGCUUCAGGGUGUAAGCUGGAAUGCUGCGGAGUGGUGGGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-328.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -358.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 398.88

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

....(((((((((((.(((((((((((((((((.((.....))))))).....((((((((.((((.(((...((((((((..(((((((.(((((.....((((((..(((((...)))))))))))((((....)))).......................................(((((((((..((((...............)))).)))).))))).....((((......)))).))))).)))))))...(((((((.....)))))))..(((((..........)))))((((((......)))))).....(((((((((((.....((((.....))))............(((((..........)))))....(((((.(..((((((((....)))..)))))..))))))...........))))))))))).......((((((((...(((((((..((((((.(((.((((((((((.((.(((((((...))))))).)))))))........)))))..))).((.(((...............))))).............(((((..(((((((((((((((((((....(((((((((((((.......))))))....)))))))..((((.((((.(((((((((..(((((((((((((((((.....)))))))...((((((..((((((.(((.............)))))))))...))))))(((((.((((......(((((..(((........(((((((((((((((...)))))))))))))))...(((((((................)))))))...)))..)))))........)))).)))))(((((..............(((((((.(((((((.(((((((...(((((.(((.......((((....))))......((((((.((((((((((................)))))).)))).)))))).((((((..((....))..))))))......(((((.((((.(((((...))))).)))).)))))))))))))...))))))).)))))))..)))))))..((((((((((.......))))....))))))))))).....(((((((..((((.(((((((....)))))))...))))...)))))))..))))).)))))..))))))))).)))).))))))))))).))))))))))))..)))))(((((...)))))..............((((((......))))))..((((...))))((((((((((......))))))))))..))))))...)))..))))...))))))))..))))))))....))))))).))))))))........(((...((((..((..........(((((((((((((((((.(((........))))))))...))))..))))))))...))))))))).)))))).)))).))...)).))))))))).

Thermodynamic Ensemble Prediction

....((((((((({(,((((((((((((,{..(((..((((({,{{.,{{,..(((((((.{(((((((((({.{{{.(((((({....})))))).}},.(((((({{..,((({((({{,,,||,,((((....}))|{{{{{{{....,,.......................,,,((((((({,..,(((...............,,||,|||}..}}}}.....(({{......}))),,,.....,(((({...,,{((({,,,,.||,|||,.,(((((..........}))}}|{||{{..,{,.||||,,..}}}|,|||,|((((.....|||},,.((((...))))....,..{{{{(,{,.....,.}}}}}....{((({,(..((((((((....)))..)))))..})))))..|||,.}}}})))))})))))}}}|{{{....,,,....((((((((((((.,,.{((.((((((((((.((.(((((((...))))))).)))))))........)))))..})}||{.(({...............))))}.........,,,.({{({,,....)))))}}}....))))).))))))).,,|)))))))).})).)))}}..((((((((((((.......)))))))))))).....(((((((((((.....))))))},)))),{{,..(((((({{...,},}))))).,,||},{{{{{.||||.............,.....}))))))),..........(((((((((((((((...))))))))))))))).}}}}}}}}))))..,...,,....{|||{,||{..,},}}},}}}}}....}))}}.......,,,,,,.............{((((((.(((((((.(((((({...{{{{{.|{{.,,,,..{{{{....}}}}......((((((.((((((((({..,,,,........},))))))}}})).)))))).((((((..((....))..))))))..,,,,|((({.{(((.{(({{...))))}.)))}.})))}|}|}}}}}...))))))).}))))))..)))))))||((((((((((.......)))},..,}))}}}..{((((((.(((((((,,({{{.(((((((....)))))))...}}))...)))))))..))))))}|||||{{,,,..{(((({.....)))))),.}},,||||||,.,,..}||||||},,,))))))...................(((.(((((((((((((.,...{((((((((((((((......))))))))),.}))))}{{{{{(({...,,,,,}.}}}}},..}},,,.,,.)))))))),.})))).))).....)))))))..,,}.}}))))))..))}.(((((((((((((((((.(((........))))))))...)))}.,))))))))...|,...,,}),)))))).)))).}}.,,)).))))))))).