Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr4_0090800

Sequence Length

770 nt

GC Content

0.4351

GUCCUACUAGUUGGGAUGGUCCAUCUUCCACCAAUAAUCCUUUAUUGCCCUGUCCUAGCCCUCAUAGCAACUACUCCUUGAUACUAGGCCCUACUCCUUCCCACUGGAUGGGUCCGAGGAGGAGAGAGGAGAGAAAGAAACAGAUUUCUCCACCCACCACUCUCACUUUACCCCUGCACUCCUGCCACAACUCUGCCUGCAGGUAUCAAAGGGUAUACAUCAAACCCUCAUCCCCAAUCUUCAGUCUUCUCUCUCCUUUUCAUGGCUUCUCCUCUUUUUCACCCUAGAAGAAUCCUAGCUCCUCUGAGAAGACACACAGGAAAAAUGUAUGACUAUUCAUCUGAGAAUGUAGAUAAAUGUUAUCUCCCAUUAAUGCAAAGUCUCUUUGUCAGCAACCAUGGAAUCUAAGCAAAAGGGAAAGAUGGGAAGUGACGGAGGAGCUUAGCCCCUUCACUCUGUUCCCUCUUAAGUAACUGUGAGGAGCCUCACCACUCUACCAGCUCCCCUAGGCUCAUGGAUAACAGCACCUGCAAAGCCAUAACUAGAUGUUAUACUGUCUUAACUUUCCUAUUUAGGUAAAUCUGAUAUUUGACUUUCAGAUUUAAACUUUCAAAAACAUUUAGGAACACAUUACUUAUACCAGUAGGCCAUGUGAGGAAAUUAAUACAACUGUACUGAAUACACAAUCACUUAAGUACUCAACUUUCAACACGCUGUGAGCUAAGUAUGCUUCUAGGAGCUGGUCUGAGAACCUACCUACCCAUGUUAUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-182.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -195.69

Frequency: 0.0000

Diversity: 165.79

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(........((((((((((............((((((....))))))..))))))))))((((((((..(((.(((((((......(((((...(((........))).))))))))))))(((((.((.((((((........))))))......)).)))))........((((....(((((..((....))...)))))......(((((.........)))))...............((((((((............((((.....((((((.......)))))).....)))).....))))))))...))))........(((((.(((.(((((......))))).)))))))).((((.((..(((..((..(((.((........)).)))..))..))))).))))((((.(((((..((.(((((.((...)).)))))..))..))))))))).)))..))))))))..........(((.(((((((((...((((.(.(((...(((((...((.((((..(((((.....)))))..(((.((((.((((((.......(((((((((..........)))))))))......................(((((..(((((....)))))..))))))))))))))).)))...(((((.................)))))....))))))....)))))...))).)...))))...)))))))))..)))...........)(((...)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(,,,,,,,,{,(((({{((........,,..((((((....))))))....},||||||((((((((..(({.,{{{{{|......(((((...(((........))),)))})}||||||(((((((((((({(({{......}}))}...................,,,,(,({,,..(({((..,.....,}..,)))))......{||||,........,}}},..........,,,...}))))))))))}}}}}}..((((,,,,.((((((.......)))))).....}}}|,,{.{|}},}},,..|,|}},....,|,{((((.(((.{((({......))))).}}}))))),((((.{{..(((..((..(((.((........)).)))..))..))),}.))))((((.(((((..((.(((((.((...)).)))))..))..))))))))).}))..)))))))).}}.......(((.(((((((((...((((.{.(((...(((((...{{.{{{{..(((((.....)))))..(((.((((.((((((....,{.(((((((((..........)))))))))..}}{{{.,,.....,}.}}},(((((..(((((....)))))..))))))))))))))).)))...(((((.................)))))....}}}},,....)))))...))).}...))))...)))))))))..)))...........},,.....,)