Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr4_0183200

Sequence Length

705 nt

GC Content

0.3957

CAUUAGCUACUAAUUGUCUCCCAUUGUCUAUUUACCUCCUUCUUCCUUUUAGCAAUAGACCCAUCCUCCCUUGCAGUUUUAGGAAGCCCAGCUUGAUACCGCACUUCCCAAACUCCCAUAUGGCUAGGAGUCACCAGGUGAUGACAUUUUAGAAAGCAGAAUGUGAGCAAAAAUGAUGUGCCCAACUUCCUAGUCACAUUCUUUUAAAAAGCAACUGUGUGUCCUCUACUUACUGUUGCCUCUUUCCAAAGGGCUAAAAUGUGGAUAUACGGGGUGACUGCAAAAGAACAGCAAACCCUGAAUGAUGAUGAAACCAGACAGAAGGAACCCGGGUCCUUUGAUGACAUCAUGGAUUCAAUUUGCUCUAAUUCCUUGGAUUGCCUACCAGUUCAGACUUUUACUUCAGGAAGAAACUUUCCAUGUCCAUUUAACCACUACUUUUUGGUCUGUAUGAAAGAUGUAAACCUUAAAACUGGCUUUUAUAUAAAAAGAUUUAUUUUGGGAGAAACAGAGUAUGUGGGCAUAGUCUAAAAAAGGCAAUAUGAUCAGAUGGAAGCCCUAAAAGAUCAAUUACACUCAAACAUGAGAAGCAUUUCUUAGGGUGAGACAGAAAGAUGACUGGAGAACAUAUUUGAUUCAACAAACUGUUACUAGAUUCCUACUUAGGCCAGACACUAUGUCAUAUACGUGACAGGAACUAGGUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-150.90 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -165.61

Frequency: 0.0000

Diversity: 181.85

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((...)))))(((((((..((((((.(((..(((...((((((....((((..((.......))..))))......)))))).(((..(((((.(((((.(((.....((((((...(((..(.(((((((..(((.(.(((((((((.....(((((((((........((.((.....)).))....)))))))))........(((((.(((.((.....)).))).)))))(((((....)))))))))))))).)...)))..))))))).)........((((((...(((((.((((((....((....((((((.......))))))..)).))))))..))))).))))))((((....))))...)))..((((((..((..(((((.((.(((((....))))).....(((.((((((........)))).)).)))...)).)))))..))..))))))(((((.....)))))........)))))).....)))..))))).((((((((.....))))..))))))))).)))..((((((..(((.........((((....)))).......))))))))))))..))).))))))..)))).)))..((((......))))..)(((((((.(((((...(((........))).(((((....))))))))))))).))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

(({{{{...}}}},(((((((..((((((.(((..(((...((((({....(({{..{{.......}|..}}}}..,,,.|||}}|.(({,{,,,{{.{{||,|{{{,.,,.{{{(({...{{{,.(.(((((((..(((.(.(((((((((...,.(((((((((.,......{,.{{.....}}.}}....))))))))),},.....(((((.(((.((.....)).))).)))))(((((....}))))))))))))).).,.)))..))))))).)........{(((((...(((((.((((((....((....((((((.{....,)))))),.)).)))))).,})))).)))))),{,,....|||||{{|}}..{|||||.,{{..{{{{{.{{.(((({....})))).....{{{...((((........)))).||.||},,,}}.}}}}}.,,,..}}}}))|||||,,,,.}}}}}.....,,,}))))).....)))},,))))}||{,{|||.,...}))),,,,})}}},),)))..((((((,.(((,...,....((((....}))).,..,}})}))))))))))..))).))))))..))))},)}..,{{{......))},.})(((((((.(((((...(((........))),(((((....)))))))))))))}})))