Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr5_0543800

Sequence Length

1557 nt

GC Content

0.3982

GUCAAGUUAGAAACAAAAAAAUCUACCAUUGUAAACUACAUUAGCCUACCCUCACAUAUAAUUUAUCUUCCCUGAGCGUUUUGUAUAUUUUACCCUUCUCUUUUUAUUAUUUAAAUAGAAAAAAAACCAGCUGGAUGCAGUCGCUCACACCUUUAAAGCCCAGCACUUUGGGAUGCUGCAGCAGGAGAAUCAUUUGAGCUCAAGAGUUCAAGACCAGCCUGGGAAAUACAGUGAGACCUUAUCUCUACUUAAAAAAAAAAAAAAUUAGCCAGUCAUUGUAGCCCGCACUUGUAGUCCCAGCUACUUGGGAGGCUGAGGCGGGAAGAUUGCUUGAGCCUGGGAUGCCCAGGCUGCAGUGAUCAACCCACUGCACUCCAGCCUGGGACACAGAGCAACAUCCUGGGACACAGAGCAACAUCCUGUCUCAAAAAAAACAAAAACAAACAAACAAAAAAGAACUCAUGAAAAAGAUCUUGACAGCUAUAGAAUACGUGCUGUAAAAUCGUUCUCAACAACACUGUCCAUUCAUUAUUCAAUAGCUCUUACAUAAACAAUGUGCACAUUAGAAAUUAUUUAAGAUUUUUUUUUUUUUUUUGAAAUGCAGUUUCACUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGGAAUGGUGGCAUUAUCACGGCUCACUGCAACCUCCGCCUCCGAGGUUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCUGAGUAGCUGGGAUUACAGGCACCUGCCACCAUGCCUGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGAUGGGGUUUUGUCAUGUUGGCCAGGUUGGUUUCAAACUCCUGACCUCACGUGAUCUGCCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGUGUGAGCCACCACAUCCAGCUUAUUUAAGAUUUAAUGCAAGAAAAAUAUUUGUCUCUUCUGGAGAAUUCGUGACAUAUUUCUUCAUUUAGGGUAAUGAAAACUCUGGCUCCCAGGAAGCUUAGCUAAAUUUGAUGUUUUAUCACAGCAAUUAUGUUAAAUUACUUAAAAGUAAUGUAUUUCUUCACUUCUUUCCUUGGAUCUGAUUUUCUACUUCUAUUAACUAUGUAUUGACAUCCUAUUAAGUGUCACCUCAAAUCUCAUCUGUAAGGAGAAAUGUUAAAAAUAAUAAUCAAUGAAGCUGAACAUACAGGGAUCCUAUUUUAAAUGAUUCUACUGAAAAUACAAAAAUUAUCCAGGCGUGGUGGCAUGUGCCUGUAGUCCCAGCUACUCAGGAGACGGAGGCAGGAGAAUCUCUUGAACCAGGAAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCCAAGAUGGCACCACUGCACUCCAGCCUGGAUGACAGAGGCUCCAUCUCAAAAAAAAUGGAUCACAGAGGGAAAUGCAAAACUAUAAAACUUUCAGAAAAAUGCAUAAGGGAAAUUUUUCAGGAUACAAAAAUAGCCAAAAAGUCCUGGACUUCACAACAGAAGCACAAUCCAUAAAAGAAUAAUAAAUGGGAUUUCAUCAAAAUUAAAAGCUUUUGUUCUGCAAAAGAUGCUGUUAGAAUUAAAAGAUAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-528.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -555.49

Frequency: 0.0000

Diversity: 299.72

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((.((..(((..((((............))))...)))..)).))((....................((((((..(((((((((((...((.(((((...((((((((.....)))))))).....((((((((.((((((.................(((((....)))))..)))))).............(((((((....)))))))..)))).)))).......(((((((.....)))).))).................((((..(((..(((((..(.(((...))).)..))))).)))..))))(((((((((.(.((((((...(((((((((((((((((((((((.......)))))).....))))))))...........))))))))).....))))))).))))))))).....................................((((((((((((((.((((((.(((((.(((..........(((......)))..........)))))))).))))))..(((((.....)))))...............))))))))))))))((((((((((.(((.((((((.....(((((.(((((((((((((.(.(((((.((((.....(((((((((((((((((((((((..((((((((.((((((((((((((.(.(((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((.....((...((....)).)).....))).)))).))))(((((......))))).....((((((......))))))((((((..((..((((............(((((((.((.((((..((((.((.(((((((.....((((((......))))))...(((((...)))))....(((((.....(((.(((......))).)))....)))))((((((....))))))(((.....(((..(((......)))..))).....)))...........((((....))))........)))))))...)).))))....).))))).))))))).........))))))..)))))))))))))).)))))))))).........)))))))))))))))))))))).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))).).)))))))))))))).)))))))).)).)))))))))))))))))))))..)))).))))).).))))))))))))).))))))))))).))).))))))))))((.....))))))))))))))))))....................))...))))))....((((((((.................))))))))((((......))))...(((((..................)))))................(((((((((((((........)).))))).))))))...))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((.{(,.(((..((({............})))...}))..}}.))((....................((((((..(((((((((({..,{{.(((((,{,(((((({{.....))})))}}.....((((((((.{(({{{.,|,,...........,({(({....,)))).,))))}}.,.,,.......,(((((((....))))))),.))))}})))....,,,((((({{.....}}}}.,,}.................|{{{..|||,,||{((,,,,({,.,,|||.,..))))).))),.)))|(((((((((.(.((((((..{(((((((((((((((((((((((.......))))))}....})))))))...........))))))))).}...))))))).))))))))),............................,,......{(((((((((((((.((((((.(((((.(((.{({......,,.....}}).)}}.|......,},))))).))))))..{((((.....)))))...............))))))))))))))|{((((((((.(((.((({{{.{{{,(((({.(((((((((((((.(.(((((.((((.,...(((((((((((((((((((((((..((((((((.((((((((((((((.{.(((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((.(((.....{{...{{....}}.)),....))).)))).))))(((((......))))).....((((((......))))))((((((..(,..((({..,,,.,,,,..,{({{{{.(({((,,.,{{||.,,.{{{{{{{..,,,||||{{,,{{{,|,,|||,{.{({((.{{|,|||,{{,{{{{{,.,,.{{(,(({......)}}.}}},,..)))}}((((((....)))))),,,.....,,{..,,{|||||.))),,})}||},,}}}............,||..,{||||........))))))}...}}.))}}.,,.,.})))),)}}}))}........,))))})..))))))))))))))))))))))))).........)))))))))))))))))))))).))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))).}.)))))))))))))).)))))))).)),}))))))))))))))))))))..)))).))))).).))))))))))))).})))))))))).))).))))))))})||,....,})))))))))))))}}}.........,......,,,,))...)))))}....((((((((.................))))))))((((......))))....,,(({{.............})))||||................(((((((((((((........)),,)))),,)))))...))