Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr5_0544000
Sequence Length
2339 nt
GC Content
0.3779
AUUACAGGUGUGAGCCAUCGCACCUGGCCUACAAUGCAUUUUUUUUUUUUCAGUUCUGAAAAACCUCAUUCUUUGAGCAAAGAUAUUCCUGCUAAAAUUGUUUCACACUCAAUUUUUAAACUUUCGUGGGACAUGCCAACCUCAAUAAAUAAUCACAUUUGUAGUAUAUUUAUCAAGAUAAGUGCUAUAUAUUCAUAAAAGCAAAUUAACAAAAAAGAAACAGCAUGAAGUAGUAUUUACAGCACUAUGAAACAAAUCAAACUAAAAUGUUACAAUGUUCAUCAUUUUCAUUAAACUGAAUCCUCAAAUUUGAUGUACUCAGGUCCACAUGUAACCAAAACUGGACUGGCAAGACUGUCUUACAUGGAACAAAGGGCUCUCUCACUUUCUAAUACAGUAUAGUACUCUCACCUGUUACUCUCAUCUCUUGCACAACAUACUUUCCCAAGAGUCAAUGCAUAGACUAAAAAGACUAAUUUUCACCAAUUCCUACGUGUUUUUCAAGCACAGGACACAACCUCUGAAACCGGAGUUGCAGCUCAGCUCUUUUUUCCUUCUCCUCUCCCCCACAGAUUAUUUUCAAAAUGUAUUACUCUCGAGAACAAUCUGGGGGUGAGAGGAGAACAAUCUAGGUGGGGGGUAAAUUAUAUGCGCUUUUAAUAUAUCGUCUCAAUCAAAGACAAGCUGAUUCCCUCCACACAUCAUUAUUACCCAACUGUCAGUCAGCAAACUAAACCCAACUGAUGUGUUCUUUGGUCACCACAGUUUUAAAAGGGGUAGCGGGUAGGAGAGUAGAGAGUGUAGGGGAGUAACGAGUGUAGGGAAACCAACAUUCUGAAAUCAGUAAGUUUUACAUUUUAAAAAAGAAUCCAGGUCUAUAAUGUUUGGGGGAGGGGGGUCUAAUUUCAUGCAUAGGCACAAAAGAAUGUCGAAAUUAAUGUUCUACAAUCCCCCACAGCCUAAACAUUCCUAGCUUAUAUGCAAUAUGAGAUGUGUUGGCUUAUGAAUGUGCCACCUCUGCUUUAUAUCAAAGGACUGACAACCAAAAACUAUUCCCAGAUAAUCCAUGUCUUAAUAUCAGUAAGCUUCUAGUUUCAAAACAACAAAGAAAAAAUUCACUUGGGUGGGUUAAGUAGAACUAUCAAGAAAAACUUAGCAAAUAAUUGAUAUCAAAUCUCCCCACAAUGUUUGUACUACAUUUUUUUUAAAGCAUAAUAAAUCCCAGUUGAAUUUUCCCAAGGUAGAGUAUUGUGACUUGGACGACCACUGUAGUUUUCAGGAAACAGAAAUGUAGCAACAUGGAUCCCUUAGACCUAAACAACAGUGGCUCAAGCCCUGGAUUCCUUGAGUUAGGGGGUACCACUCCAGCUAUACAACCCUCCCCAUGAAGCAAGGAGUCUAUUGCGCCAAGAGGACUUGUCUAACUGGAGCACAUUUUCUCCCCUAAUGCUACAUCAUUCUAUGGGUAUGCAGAACCUAAAAUAUCUGCCCAAACAGCCCUCAACAAGCUUCCAAAGCCUCUUUCACCAGAUCAGUACUCCAGAAGGAAAACUAUACCAACUAGACUGUGUAUCCUUAGGCUUGAAGGGUACCAAGAGUCAACUGUAUGCAGAGGAUGUGAACAUGUUGCUUGGGAUGUCUAUACAGGUCUGCCCAAAUACUCUUAAUUGUAGUAACGAGCAGUGGAGAAAGCAGAAGCAGAGAGGGCUGUGGACCAGAAGCCAGAUGGUAACUUUGUACCACCACAGUCUGAUACAAGAAACUCCAACAAGUCUGAAAAUACUAAAUUCUAACCUGGCCUCCCAGGGUCUUAUUAUGGUAUACUUACGAAGGAAGGAGGACGAAACUUUUUUUUUGGCAAGUUCUUUUUUAAGAUUGAUUUAUAACUUUUAAAUUAGACGUACGGUAUGUGACACUCCAUUUGUACUCUUGUUCCUAGACCCACAAAAGUUAAGCGCAAGCAUGUCUGAAAGGCUUAUUUCUCCAAAUCAUCUCAAUCUAAAUAAAGCAUUUGGAUAAGAUCCUUUAAGCUAAUAGUAUUCACUAAACUGUAAACCACAAGUUCUAUGAGUUUCAAAUUAAGACAAAUUAAUAUACAAGGUAUCUGUAAAGUCAAGAAGCAUAAAAAAUUUUAAAGUAUGCUAGCUACAUAUUCAUAUAAUAUGCUCAUUAUGUUUUUCUUCUAUUUCCAUAUACCUUUUCAGGGAAAGUAUCUCAAAGUUUAAACAGUAAGUCCAAUUGUUAAUCUAGAAAAAAAAAAAGUAUAACAAAUACACAAGCCAGGAGCAGGGGCGCCAACCCAUGGUCUCAUUAUAAUCACAGCUACUUGGCAGGCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-540.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -585.70
Frequency: 0.0000
Diversity: 676.34
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((((((....)))))))))((.......))..((((((((((((.....(((......)))..(((((((........((((((.......((((((((...................))))))))(((((..((..(((((((((.((....)).)).)))))))..)).((((((((((...(((((....((....................))))))))))))))))).......(((((.((.....(((......)))....)))))))......(((((((.(((....)))..))))))).......(((((..(........)..))))))))))....(((((((((((((((..((((((.........(((((.....(((((((((((.((((((((((((.....(((((((....((((((((....((((........))))......................((((..((((((...))))))))))..........((((..(((((((.....)))))))..)))).((((((((((((((.((((((.(((((................))))).)))))))))).))))))))))........((((((((..(((((.....((((..........((((.......)))))))))))))))))))))..........(((((..(((.....)))....(((..((((((((..(((.........)))..)))))......))).))).)))))))))))))....)))))))))))))))((((((.((....)).))))))((((((.((.(((((((((((((((.......((..(((.(((.((((((((((...(((((((.......(((.....((((........)))).......))).......)))))))....))))))))))..))))))..))......))))))))).((((..........))))(((.((........)).)))(((((...........((((...(((((.....))))).))))))))))))))))).)))))).............((((((((.(((((((((...((......((((((..................))))))......)).))))).((((((.................))))))........)))).))))))))....)))))))))))))))..))))).(((((((((.((((..(((....((..((.((......)).))..))....))))))).))))))).)).))))))((((((((((..(((.((((.......................)))).)))..)))))))))).....((..(((((((((((((((..((((........)))).....(((((((.........(((((((((((.(((..........((((...(((....((((.(.(((((...(((((.....(((...(((..(((....)))..)))..........((((.(((((((((.......))))))))..).))))..))).....))))).)).)))).)))))))))))..........))))))))....)))))).....)))))))..(((...((((((((((.....((((.(((((((.((((.(((...(((((((......((((((...((.(((((((..((((..........((((((((((((((((((.....(((((....))))).....))).))))))((((.(.((((((((((.......)))))))))).).))))....)))).)))))..........))))..)))))))))..)))))).......)))))))...))).)))).))).)))...........((....)).).))))....)))...)))))))......)))................))))))))).))))))..))..(((((.........))))).........))))))))..........)))))))...........(((((((.((.(((...(((((((((((..........(((......))).((((((.....))))))....))))))..)))))...))).)).)))))))..))))))......)))))))....((((((.......))))))......))))))))))))((((.....))))........(((.(((((.......))).)).))).....))))(.(((((........))))).)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((((((....))))))))){{.......||.,((((((((((((.{,,.,{{.....,||{..,,,||||...{((((((((((..(((((((.........))))))}..((((((.(((((,{.(((({..{{..{{{{{{{...{{..,,||,||,|||}}}}..}|,{,{((((({{,,.{{{{{....{{....................}}})|||,||||||||.,||.|||,(({,,,,..,,.{((......))}....|||},|||,,...(({{{{{.(((....}}}..}})))))...,|.|(((((,.{{,..,,,....}))}}}|}}}.,.,,|}}}....,(({{({,.,,(((((((((((((((,..........||{(((((((((((((((((...,{(((({{......{{{{,..,,})|||,..,,,..,|}||...,{(({{,......,,....{{{{..((((({...})))))}}}}..,....,..((({..(((((((.....)))))))..)))).((((((((((((((.((((((.(((((.....,..........))))).)))))))))).)))))))))).......,((((((((..{((((.....((((..........((((.......))))))))))))})))))))).,...............,,({{{{{,,|..........,..||}}}}}}},,,.}}))}},,...)))),.....))))))))))))..)))))))))))))).,)))))))..,((((((.((....)).)))))){{{{{{.,{,({|||}|||(((((({{{{{{{,{.,((({{,,.((((((((((.,.(((((((.,...,.{.{{{...,|||....,{,{|||,.......)))}}},...})))))).,..)))))))))}..,,|{||,,,,,,..,,|}||||}||.{((|.,........|||,.(((((((({....,...||{{{{{...........{{{{...(((({.....))))).}}}}}}})),,||||||,|||,,...........|,.{(((((((.(((((((((...{(..,...((((((..................)))))),,....}}.))))).((((((.....,,,.........}}}}}}.......,)))).)))))))).,||||}}|}}},,,}}}},)))))..({(((((((.((((..{((....{{..(({(,...,,,)}.,},,}}....}}})))).))))))),}}..{{,.(((((((((((..((({((((......................,)))).}))..))))))))))}.,)).,||.|,||{,||||.,,.}}}}||,....{((((((,{{..(((((((..,,,.,,.(((((((((({,(({.......,,,{(({,.{((({{,{,{{{.(,(({,,..,{{(((..,..{{{...(((..(((....)))..)))..........((((.{((((((((.......))))))))..}.))))..}})..,,.})))).}},)}}}.})))),)))))..,.......))))))))....))))))..,,,))))))}...}}.}).))))))}|..))))),}}),|)))|||||}}|,|,.,,{.,.{|||,.,,,}}}}})},,,,}}}}),.,...,|...,,,},,,,)))))}.,,||||||,,|,,...(((((....))))).,,,,}}}.})))))||{|,|,|{((((((((.......))))))))))}),),))|||}}}}}))))}(((((((.......)))))))|,.((((((.(((.({...}))))))))))}}}}}}}}}..,.))))).))))))..((....)).{{{{{.{{{(({(({,.,.,{{{{{,.,,{{..,{,,,,,,...,.)))))))}.))},,,}})}}|||..,{{.{{{{{...(((({{.....}}.})))..,))))).....,{{{|,,,,..,,,,,....(((((((.((.(((...(((((((((((..........{(({{{...,,..|||||{..,,,}}))}}....)))))),.}))))...))).)).)))))))..)))))}..,}}))),,,||.,|,((((((.......)))))),,.}}.))))))))))))||{{.....,,,,....,...(((.(({((,......))).)).))).....))))(.(((((........))))).)
Back