Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr5_0544800
Sequence Length
895 nt
GC Content
0.3788
GUGUGAACCACCAUACCCAGCCCCGUUCCUCUUUUGAGAGAUAAUUCAGGCACUGCAGGCAUUUCCUCCUCUGAGAAAUUUGCCUUUACAUCCCUUGGUUAUCUUCCCCAUCUUUGAUCCUAAAGCUUAGUCCUAUUAAGUCUUUUAACCACAUUGUAUUAAAGUAACUUUCUAAAUAUUGUUCCCACCUUAAAUUGCCUGGCACAAAGCAGUUGUUCAAUAAAUGGUUCCUGAGAAUCACAAAAUGGAUGAGGGAAUAAAUUAAUAAAUAAUUGUUCUGCUCAUGCCUUCAGCAGCUCAUGAAAAUUAUAUUACUGCAUGUACUGUUCUACAUAGCUGAGCAAUUUAUUUUCAUAAACAUUAAAUAGUAGAACAAUUUACUUUUAUAAUUCACAACCAAACCUCUGUAUACCUUCUCCUCUACAUGUCAUUCUUUCAUAGCAAAAUUAUUGCUUCAUAUGGUAAGGGUAAGGGAAAUUUUCUAGGUAUAUCUGAUUUGUUUUACUCAAUAUUCUGUCAAACUUUGAAGAACAAAGACUCCUACCAUACAAUUUUUGUUUUAAACCAAGUGGAGAGUGAGAAUAGAAUGAGAGAACACUAUAAAUAUGAAGAAACCGUAGCAGAUACUUGGUUAAUUUCAUUAAAAUGAACCAUCUGGUAUAAUUUGCUGGCAUUAAUUUAUCCACAGAAGUGCUACUGCAGGCCAGGCAUGGUGGUUAACACCUGUAGUCCCGGCACUGUGGGAGGCUGAAGCAGGGGGAUGGCUUGAGUCCAGGAGUUCAAGACCAGCCUGGGCAAUAUCAUGAGAUCUUGUCGCUACUAAAAACGUUAAAAAAAAAAAUUUAGCUGGGCAUGGUGACAUGUACCUGUGGUCCCAGCUACUUGGGAAGCUGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-210.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -231.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 273.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((......)))))(((((((((...(((....)))((((((((.(((......((((((((((......).))))..))))).......))).)))))))).......(((((((...((((((((((...)))))).))))............)))))))...............((((.(((((......((((((((.(...(((((.((.(......((((((....))))))...((((..((.((((((((((...........(((((.(((.(((.....(((((..((((...............))))..)))))...)))))).))))))))))))))).))..))))....((((((....))))))............((((((...(((((.(((((((..........((..(((((((((.......(((((.((((((.((((..((((((((.(((((...((....))...))))).)))))))).........((((...))))((((((((((..............))))))))))..)))).))))))))))).......))))))))).)).........)))).....))))))))...))))))....((((....))))(((....)))....((((.(((.((......))))))))).).)).))))).))))))))).)))))..))))(((((((((((.((...)).)).))))...)))))(((.(((((((((........)))))).))).))).(((((.(((....))).)))))............................(((((((((((((((.....)))).)))..))))))))..))))..)))).)
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((......)))))((((((((,...(((....))){{{{{(((,(((,..,{.((((({((,(((....)))}))..)))))...||,,||}.|}}}}}}}....,,....||.....{{{(((((((...)))))).}}}|,|,{,,....{{{,,,|{{...,,,,....,,,,{(((.(((((......((((((((.,...(((((,(({{,.....((((((....}}}}}}.....,|}||{,||||||{{,{{{...,,||||||||{|(((,{{(|....{((((..{(((...,..........,)|}|,,}}}}}..,))),)),)))))}}||}}}},,,,......{{{{.{(((({....)))))),}},,,,.....{(((({...(((((.{{{.((({{,,,,...,{{..(((((((((.......(((((.((((((.((((..((((((((.(((((...,{{......,,))))).)))))))).........{({,...})))|{{(((((({..............})))))))}}..)))).))))))))))).......)))))))))..........,,),})},...))}}))))...}))))}...{({{{....))))|||....)}}|....|||}|||,{|,..,,,,,}},,,,,,}})),}}})),})))))))).)))))..}}},(((((((((((.((...)).)).))))...)))))|||,|||{{{{{({{,,,|.,}}}}}).)}}.)))}|((((.(((....))).)))))............,,,.............(((((((((({((((.....)))).}}},.))))))))..})))..)))).)
Back