Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr6_0030400
Sequence Length
2290 nt
GC Content
0.4245
CGUGAGCCACUGCGCCCGGUCUUCAAGUUUAAAAUUAUACAUACUAUGCACCUUUAAAACUUGAUGAGGCUGUCUUCUUUUGACAAAUGAGAAACCUAAUAUUCUACAAGAUUGAGUGAUGUGGCAGAGACAAGAAGUGAACCACCCCUCCCCUCUCCAUCUGGGCUUUUGCUGGUGGAUGCUUCCCAGUCUUUAUGUAAAGUACUUUAAACUAAAUAUUGGGCUGCUCCCUAAUGGUGUCUCCAAAUGUCAAAAGAUGAAGAUGAAUGAAAGUUUGUGAAUGCAGGCAUCUUUGAUAUCAAAUUAAGGUGAGACUGAAGCUGGUUUCCCUCAGAGAGGACACAUGUCGAACUCAAGAAGGCUUACCGGAAGCUCGAGCUUGCAGCACCACACCAGCUCAUGACCAUCUCUGCCACCAACUGUAAGCACAUGCACCAAGCUUUAUGAACACCUGAGAGAACACAGUGCCCUUCACGACCCAGCAGCCAGCCCUCCAAAAAAGUAUGGCUAUUUUUUCUUUUCCAGAUAGACCUAAGGGUCAAAGAAUUCUACACGUGGUCUAAAAUGAAUGACGUGUGAAACACCCAGCCCGCCAGAGAAGCAUCUUGCUGCAGCUCCCCAGCAAGACUGCCUGUCAACUGAGCAGACCGCUCCAUUAACACAAGGCGGCUCAGAUUCAGCAUCACAUGACCUUCUUCUGUGAGCAAGCCAGGAAUUCAGUCUGGAGAAACACUAAGAAGUUAAACCAAGAAAGUUAUUAGAGAGCAACUCUUGGGAAGCUGGGACAGUUAAUUUGAGAGAAGCAGGGUGUCAGAGUCUGACCUCAGCCUCGUUCUGUGAAUUUAGGAGAGUCUUCAAUGAAGUGACAGUCACAGUUAAGUUUUAAAGUAAAAAAUACACUUCAGGUUGCAUGUGCUCCUGGCUGCUGAAAGAACAAUGGAUUCUAAGCAAAAAUGGAAAUCCUAAACCAGAAACUAGAUCCCCUCACAGCCCCCACUGUCCUUUGGAUGGUUCUUUAAAUGCUCUGUGGUCAUACUGAGCUAGUCUACUUUCAGGAAAAUUUGGUGACUUUUCAUUUUUAGCUGAAGAAGUUAUCUUCUCAAAACAACCUCCCCCAAAAUAUUCUGAGGCGAAGAUGACCCUAAAGCUUCAUUAGGAUAUAACAAUGAAAUGCAUUAUCCUCAAUGCAGUCAUUUAUUAUCAUCACCAAAAUCAGAGUUCACCAGAUAAACUUUAAAAAUCUAAGUAUUUAGAUCUCCCUUAAUUUUCUGUACAAUCCUUUAGAAUUACACAUAUACGAGAAAGAUCUGCUGUUCAACCAAAAGGGAAACCAACACUUGAAAAAUCAGACAAAAACUGAUACUACAUUGUCUUCUGAACACAUAUUUUCCAACGAACUAGAAAGUGGCCUCCUUACAAUUACACUCAAAUUAAAACUUACUUGUGUCUUUAAAAGCCUAUUUUUAAAGGAAGACAAACCAUUUAUUCUUUUAAAAGCCAAACAUCUACAUUUCUAAAGACAAAUCUUCCAUAUUCUUCUCCUUAAAGGAAGACAAACUAGUCUUCUAAAGGCCAAAUAUCUACAUUUCUGAAGUCAAAUCUCCACUAGCCCAAGUUCUGGUAUGGAACUGAGCUGGCUGGCAUGGAAGUACUACCACCCUACUUAGCUUCCAUUACAGUCUUUUCACCAUCUCAAGGGCUAUUAAAUGACUGAAAUCAGAUAUCUGAGUUCCAUUAGGGGUCUCUUAGGCCUGAGAAAGUUGAGAGGCUUUAGCAUCACAACACUCUUAACAUUCCCCUUUCUGCAACCACCCGUGAGCUGGAGUGAGCUCACCAUAGGAGACCCUUGUUAAGUCCUUCAUCAUGGCAGAGGGUUAAACAAGGCUCAAGUUUUUACAGCUUUGAAUUCCCUUGCUUUUUACACCACUUAAAGAAGCCUGUAAGUAGCUUGCUGAGACUAAAACAAAACAAAGCAAAAGGGCUGGGGCACGGAACAGAACCUGUUAACAUCGAGGUGGCUAGGGGUGCAAACCUGUUGGUAGAAGAUCCCAGUGUUCAUCUUACUUCUUGAGGAGGAGAGUUUUUAGGGAAAGCUUGUCUAUCAUCUGCUACUUUGACUCCAGUUCAGGGCACUUCCCUCCCCUCCCCGCUUUUUUUCUAACCAGCUAGAGAGAAUAAGGAAGAACUACUAUGGGGGUUCAAGCCAUUUAAGAAAUGAAUCUAGGCCGGGCACGGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUGAGGCGGGCGGAUCACAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-614.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -654.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 680.64
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((((((((.(((((((((...................(((.((((((((((((((((((((..(((((((.((((((((((...((((.(((......(((((.((...((((...((((.((((...((..(((...)))..))...))))))))....))))...)).))))).((..((((((.((((.((............)))))).))))))..))........))).))))....))))))))))(((((((......(((((((.(((((.((((..((((....(((((((((.(((((...(..((((..(((.(((((....(((....)))....(((..(((((((...((..((..(.((((((((........(((.............))).......)))))))).)..)).))))))))).)))....))))).)))..))))..).)))))..(((((((((((................)))))........((((((((((.((((....))))...(((((((((((((.(((......).)).)))))).........((((.(((.((.(.(((((((((((........)))))))).))).).))....((((.....))))...........)))))))........((.(((((.((......)))))))))......))))))).))))))))))..(((....)))....((((((..(((.......)))...))))))...))))))....)))))))))..))))..(((.(((((...)))))))).)))))))))..)))))))......))))))).......)))))))...)))))))))))).(((.....))).....))).))))))))....(((((..((((((((.(((((.((((.(((((((((((((((((((((((.((((.(((((...............(((((((...))))))).........((((.(((....))).))))..))))).)))).))....))))).)).))))))))))).)))..))))(((((((((.........((((..............)))).)))))))))(((((.......))))).......(((((..((((((......)))))).)))))...................((((((.........))))))...............(((((((..(((.......((((...((.....))..)))).......)))..)))))))...(((((......((....)).....)))))..(((((.......)))))......((((((((........(((((((..........)))))))..............((((..................))))((((((((......)))))))))))))))).)))))..))))))))..)))))........(((((((..((((((...((((..((((((((((((((.(((((((......)))))))...((((.............((((...((......((.(((((((.((((((.....))))))(((..(((((..((((((((................))))))))..)))))..))).((((...(((((((...........(((.((((....)))).)))...(((((((((((((((....(((((((((((((.................)))))))).......)))))....))....(((((((......)))))))..)))))))))))))...)))))))....))))..(((((.....(((((((...((....)))))))))....)))))(((.((((((...(((....)))..)))))).)))(((((..................)))))..)))))))))....)).))))((((..........)))))))).(((((....(((....))).....)))))((((.......))))..))))))))))))))......))))...))))))...........(((.(((((((((((((((.....)))).......((...(((((((((......)))))))))...))..)))))......)))))).))).......))))))).....))))))))).))))))))))))(.(((.((((...(.((((((....)))))).)...)))).))).)
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((((((((.(((((((((,,,,{({{.........,.....|||...{({((((((((({(,.(((((((.,({{{{|||{...((((.,((....,||{,,{..{{.,((({...(((({(((({..{(..(((...}}}..,,...|,,|||||..,||{....|}|||||||.((..((((((.((((.{(,{{....,}},.}})))).))))))..))|||||,..||}.||||{...|}||||||||{((((((,.,{..,,{{{{{,{{{((,((((.,|{{({,,..}}}}...{(((((({(({,.{((|{{{{{|{{{,({(,,(((....)))...|||..,,,(({{{...||}}||,.,,||||||||,,,,.,||{|{|........,|||||}||||...}|||}|||,|.,||,||,,}||||.,{,...,|||}}.,..,,}}))},,.}},|,..(((((((((((....,........}..)))))........((((((((((.((((....))))...(((((((((((((.(((......),}).)))))){{,......(({{{(((.((.(.(((((((((((........)))))))).))).).))....((((.....))))...........)))))))..,.,}}.((.(((((.((......)))))))))......))))))).)))))))))}...,,....}}}....((((((..(((.......}},,,,))))))...)))))).}.,},..,}}}}|.|},||.{|{,{{{{{...))}))))}.)))))))))}}))))))),}}...})))))}..,|,|.))))))).,.})))))))))))}}.......,,|.|..{|||||}}}||||||,{(((((,{({{,,((,.,,,(({(((({,,,,,,,,|||||||||,,,,{{.{,,,.{,{,{{{.{{{.{{{{{{..(((((((...)))))))........,(((,,(({,,..}}|{}|||.,|,|||{||,|{||....|||||{||.||||||}}}},.|}}|||||,({{{{{{{{.........{{{{...........,.,}|}}.}}}}}}}}}{{(({.,,,.,.}}}}|{{{....(((((..((((((......)))))).)))))..,}})}.)),}}}},.||||||{{{{..{{{{,,{{{{......,,,||}}...|{(((((..(((.....,,((({...,,.....)}..}}}}.......)))..))))))}.,,{{{,,......||,...}}.....,}},,..(((((.......)))))......||||||,,}}}}}.......{{{....,,,.{{||,,,{({{{{..........,{{{..................))}|((((({(({....||||||||||||||,,..,,,,}..))))))))}})),,,..........|||,|}|||},...,|||,,..,...,,,,,,,,...(((((((......)))))))..)))}|}..,.|||,.,,,||||,{((((.........((((((.{(,,(({..,{||||||(((..(((((..((((((({..............,,))))))))..)))))..}}}.,,,,.....)))))).....}))})|||.|{||,...)))}.})}...{((((((((((((((...{(((({((((((((.................)))))))).,,,..,}}))}.,..,,....(((((((......)))))))..))))))))))))}{{{{({,,........||{,{((((.....(((((((...{{....}})))))))....)))))|||.,,,,,,..}|||},..,,,}})),)))})))|,|||.}}..,........,},.)))),..)))))))))...|||{{{{...}))},....||,,}))))),))))))),,,}))}).||||,{,,,.{{{{,,,||||.||||.|,|,,,|,|||||}|},...,,,||||..,}}}|}}}..,..}})))}},,}|},,..}},,}||||,..}}))))}}))}}}||...(((((((((......)))))))))..,)),,))},.,,,.,))))}}},..},}.,|,.,}},,)),.,..))))))))).))))))))))))(.(((.((((,..(.((((((....)))))).).,.)))).))).)
Back