Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
hsa_chr6_0030500
Sequence Length
2527 nt
GC Content
0.4341
GUACUCUUCUAAUUUCUCAUCAAAAAGUAGGCGGCUCCCUAGAGCAGCUUAUUUAGAGGCCAAGGGUGGCCUCGGAUAGUUCUCAUCAUAAAUCAAACAUUACAGCUGCCAGGCCCCUUGAGGCUAAGCAUUCUGCUGAUAUGCUCCAGAUCAGAAAAUUAUUGUUAGGGACCUGUGACACUCACUCAGAAUGUGACAUGGUGGCCAACGGCUGGCCUGUCCUGAAAGCAGGGUCUCAACAUAAGGGGCAGAGGGCUCUGGCAGCACCCCUGCCCACUUCAGAACCAGGCUAGUCUCUGGGGCCCUGGCCUCUCUGCAGGUGGCUGAGGGUGAGGGUGCCGGGACCCUAGACAGGCUUCACUACCAGAUUCUCGGCUGACCCUCUCCAGGGGCUGGUGGGUCUCGCAGUACUGAUGCUGCACUUGACUUUACCCUGGUCUCAGCUCUCCACAACACUCUACAUGUAGAUGCUGUUUUAGUUACUUGAAAAAGAAAAAACAAAACAAAACAAAAAACCAAAGCAUUCCCUCUUCAUUCUCCUGAUCUGUUUUGUGCUGCCUUGCCCUUGUACCUUCUCUGUCCCUUCCUCAGCUGUUUCAGAUUAAAUGAUAAUCUGGUUCUAGGACAUUCUGUAAGACAUUCUGCCUGAAAUUCAACAAACGCUAGAAAAGGAGAAUAAAUGAGAUACCAUGUCUGAAAAGAAUUCAACAUUUUAAAGUUGAAACACAUUGGAGGGUUGCCUUUCUCACUCCCAAAGCAGCUCCCAGGGUCUGUAAAACUGCAAAGGUAAGUAGCUAUUUUGUUAGUCACUUUGCAUGUUUCUCUGAACUCAGAAGUUCUCAGGACCCUAAUGCUGGAAGCACUCUGGAAUUCUCCUAUCCCCCCACCCUUUUACAUCUCGCUCCCCACUCUAGCCCCCAUGCUACUAGUGCCUCUGCAAUGCAUCCCCACACAGGGCAGCAUCCCUUAGGAAGCUUGGAGAGGCAACCCUCCUUCACUGCUACUGGAAAGUUCUUGCAUACAGCACAUUACUAAAGAAUCCAGGAAGUGGCUAGCAUUAUUAUAAAGGAAUAUAGUAAGCAAGUCUGGCUCACUGACAAGCAGACCAUAUGAAUAGAAUACAUACUUAAAAAAAUUACACAUACUUUAAAAAUGAAGAUUAUAAACAUGUAGCAGUUUAGAAAAGGCAAUGUGCUACAGUCUACUAUAACCACAAUUGCACAACAAUUUACAGAUUCAGUAAAAGGCAGGGUGAAAUCAACAGGGCCAUCGCUCAAACAUGGCAACCCAAGCGAGGCAGGAGACGUGUGACAAUACCAAAUGGAACUCUCAUUAUGCUAGGAGCUGUGAUCACCACCAAUAUCACCCCCAGAGGAGUUAUAAAGCCAAGGCGCACAAGGGGGCCCCUGGUGGCCGGUGGUGUGUGCAGGGGGUUGGGUGGCACGUCUGUGUUGGUGCCCACUGUCACGGUGCAAGCAUCAGCAAGAACUCAAGCAGGGAAGUCUGUGCUGAAAUACUAGCCUGUAUUCCUAAGGCCCAUGCAUAAGGUUCCAUUUUUGUACUGUACAUGAUAAAAUAUAUUUAUACAUUUAUAUGCCUAAUGCUUUUUAUGCAAAGAAAAGAGUCUUCAUAUAUCACUUUGGAGAAGUAUGCAUAUACUGUGCUAAUCAGAGCAUCGUUAUACCAAUUUCUUAUGUACCAAAGGUGGUCCCAACUAUUCCGUCUACCAAAGAAGGUAACGAAUAUAAUCACACUUUCCAGGUUAAACAGAAAGCACCUAUACAGCACCAUAACUUUUUGAAAACACAACAAAAUGAAAUCCAUAGAAGCAGAAAAAAAAGUUAAAACUGCCCUAUUUUGUACUUCCAUUGAGUCACUUGUACAAUUACAACCUAAGCUUAUAUUUAAAAAAUCAGUUUGUAUGCUAUUGCCUCUCACUCAUACACUUCUAGCAGAUCAGAUUAUAUAGCAAGGCUGAAAAUAAUCAAGGAUGUGUAUUUAGGAAAACAGUGAAGUUAGAACUGCCUCAGCAUUGACUUGGGUUUUUACUCUUCGCACAUUUCUCACUGCAAGCUUAAUGCUCACCUGUAAGUUCAUUUGUUCUGCAAAGCAAAACAGGACUUUUUUGUUUUUUUUUUUUUUCCUUUUCUUUCUCCUUAAAACUAAACCCUUUAGUGACAUUUGGCAAUGAGUGGAGAGCUGAGCUGAUUUCUUUCCUGAAAAUAUCAAUAUUCUAGUUUCUAACCAGCAGACCAACACUGUUCACAUUAGCUGAGGACACUGACAGGAAAUCACAGGCCCUACUGAUCUGGCACCCGUAGACUUGGUGCUGGGGUCCCGUCCACAGAUCACCCUGACUCAGAACCGGAAACACACUGGGCCGGACGCUGUGCUCCACUCCUUUUGCCUAUGCACGGUUCUGUCCUGGACGGGUGCACAUAGCAAACAAUUGUGCCAUUGUUCAGUUUUUAGAAAAGGAUAAUUUUCUACCAAACAAAAGAAGAAAGAAAAUCCCCCUUUAGUUUAU

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-690.41 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -737.34
Frequency: 0.0000
Diversity: 732.68
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((..............((((((((.((((....)))).))))))))...((((.((((.(((((.((.(((((......................))))))))))))))))..)))).(((((((....)).)))))(((((((((...........(((((.(((((((((.((.((((((((((((.((((((.......((((((((((.......)))))..........(((((((((.(((((.....))).)).)))))).)))....(((((((((((((((((((((((((((.((.....)).)))).)))))(((((((((((((..((.(..((......))..)))..)))))))..)))))))))))))))))).(((((..((((((....))))))....)))))...))))))((((((((((((((((((((((....)))).).))))..........(((((.(((((((.((((.(((((((((((......................(((((...((((((((.(((((((((.(((((......((...((((.(((..((((..((((((((.....))))))((((.(((......(((((..((((..(((((....(((...((((((((.(.............(.(((((...))))).)......((((((........)))))).......((((((((((((((((...........((((....((((((((..(((((((((((...(.((((......)))).)..))))))).))))..).(((((....)))))...)))))))...)))).((((.....(((....)))..............................((((.((((......))))..))))(((..(..((((..(((......)))..))))..)..)))..)))))))))))))))))))).(((((....(((((...(((((((.....))).........)))))))))..)))))...((.((((((((......))))))))))..(((((.((........)))))))..((((.........))))...................(((((....)))))..........).)))).)))).))).)))))))))..)))))....))).))))..(((((.....)))))....))..))))...))).)))).)).....)))))(((((.(......)))))).......))))))))).((((((((.((...(((........((((..........))))(((((..(((((((..(((.((.((....)).)).))).......(((.(((.((((...)))).)))))))))))))..)))))..)))...)).)))))))).(((((((((.(((((...)))))...))))))))).(((((...(((((.(((((.(((((((....(((((((((.((((((((((....(((((.((..(((((((((....((((((((...................(((((((...(((((((((...(((((....................)))))))))))))))))))))..(((((......)))))...............)))))))))))))))))..))...(((((.((.((((......)))))))))))........(((((..(......).)))))..........(((...(((((((((....................................)))))))))....)))......((((((................))))))........((((((.((.........)).)))))))))))....))))..................(((.(((.((((((.((((...))))...))))))...))).)))...)))))).))))....))))).......))))))).)))))((((....))))...(((..........))).(((.....)))..))))).))))).........))))))))...))))).)))))))))))))))))))))).)))))............((((((...))))))..((((....)))).))))))))))))).(((((((......)))...))))................))))).......)))))))))))))..)))))))...))........))))))))))))))))))))).((((.(((.(.....))))))))(((((((((((......))).....(..((((.......))))..)(((((((((((..................)))))))...)))))))))))).(((((...........))))).........((((.(((((((......)))))))..))))...)))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
....{{{{((..............((((((((.((((....)))).)))))))).||((((.((((.(((((.((.(((({......................})))))))))))))))..)))).(((({{(....)}.))))}(((((((((...........(((((.(((((((,,.((.((((({((((((.((((((,{{...,((((({((({((((....))))|.........{((((((((.(((((.....))).)).)))))).))}..,.,{||||||||||((((({(((((((((,((....,}}.)))),)))))((((({(((((((..((.{..{(......))..}))..)))))))..)))))),}}))))}}}|||{((({..((((((....))))))....)))),..,)))))}(((((((((((((..,,.{(((.,{{|}}},|.|||{{{{{,.....(((((.(((((((.((((.(((((((((({....,{,,..............,.,(({{{((({{{(({({(((((({{,(((({.,{{{(({({((((.(((,.((((..((((((((.....))))))|{{{.{{{,.....((((,.,{((({,(((((....,{{......,,{{,,....,..,,,....{.{({{,...})))).,......((((((........)))))).......((((((((((((((({.,,,.{,.,{{((((....(((((((,..(((((((((((...{.((((......)))).}..))))))).)))).,|.(((({....)))))..,)))))))...)))){{,{{.....(((....}}}........................{{....((({.((((......))))..))))|.|..|}.((((..(((......)))..))))..}...)).,)}},)))))))))))))))).,{((({{{,(((({..,((((({{.....}},........,)))))))))..|||||||,((.((((((((......))))))))}}..|{|{|||{..,,....}})))}}..{{{{.........}}},...................(((({....)))))........,.,|}}}}|)}|,.},..}}}}}}}})|,))))}....})}.}}}),.{{{{|.....}}}}|,,,.}}..,,)),..)))}))))}}......})))}(((((.{......,)))))....,.}))))))}))|{|||((((.{{.,,||,.,{{{{.,{,,|},||.,{{,.||,||,(((,,,,{{{{{...,|,||,{{|,},)),}.|}}},.|,|},|||,|||,|(((,,,|}}}.}}))))||}||}|||||}|||||||.,||||}}}}||{{.(((((((((.(((((...)))))...))))))))),||{{({..(((,({{{{{|,{||||{|..,,{,,((((||.||,,,,||||....|||||.((..(((((((((....((((((((.{{{.......,,,.....{((((((...(((((((((...(((((....................})))))))))))))))))))|{.(((((......))))).},........}}}.)))))))))))))))))..))...((((,{((.((((......)))))))))))....,...||||,..|||,...|,|||||........,,||,...,,,|||||||.........,,,.,,{......|{,{..({({...,,..,,,,....)))).,}}},}|||||}},,.,,}}}}...{{{{|....}}}}}..{{((({.,,,,.......,,.})})))}}})),...)))}},....,||,}}|,.,,,|||}|||,((((((.((((...))))...)))))).,}))}|}||,..}}||||.,|}|{{{{|||||,..,{,.|}|}}}}.)}))}||||,,,,}}}),,.||,....,.,...})}.{((.....)))..}})}}.|||||..,((({.{||,,,))).}}))))},)))))))))))})))))))))).))))).........,.}||||||....,}))}.,}}}.}}}...,,.))))))))))))),{({((((......))),..,}},........{.......})))),|,....)})))))))))))..)))))}}...}}...,,...))))))))))))))))))))),((({,{{{.,..,}}})}||||}(((((((((((......)))...((((((((.........{((({.(((.(,.(((,..)}}..,,,,.)}}}}}),.))))))))...)))))))).(((((...........)))))..|||||..(({{.(((((((......)))))))..})))...})))}}..,......,.,,....}},,..
Back