Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr6_0247500

Sequence Length

2373 nt

GC Content

0.3666

AAGCCAGCGUGGAGAGAUGCCUGGCAGAAGUAGACUUCCAAGUCCAGAUUUCCCGAUAAUGUCUUGGUGAAACGACUGACAAUUCUGCUAUUCAGAUCUACCUAAAUACGUAAGUCAAUAUCAAGAUAAUAAAAUGUUCCAGGAUCUGCAGGACUGGUGUGCACAUUACUAGGCAGUAUCCAUACAUAAAAGCACAGAAACGUGCUGUCAGGAAAAUGAAUUAAAAUAUGAAGAGCUAUAUUUUUCUACAUAGCCCAGGAAGUUAUAUUCUGAAUUUACUAGAAUAUCAGUGACCAACUCAGAUUGUCAUUACCAAAGGUUCUUUGACCAGCAGGAAAACACAAGGCACAGGAAAGGAUGGACCAUUUUCCUUAGUUUUAUAAGAGCCAGGGUUAUUGCUUUUCUUUUAAGUAAUUUACGAGUUAAAGGAAAGGUUGAGAAAAUGGUACAAAAUAUUCCCAUAUACUUUUACCUACAUUCCCCAAAUGCUAACAUUUUAUCACACUUGCUUUAUUAUCCUGUCAUCUAUCUAUCUAUGAACUUAUCUAUUUUUUUUUCUGAGAUGUUUGAGAGUAAGUUGCAUAUAGCAGCAUGUAUUUCCAAAAACAACAUCUUAUGUUUUAACUUAACCCCAGUGCUUUGAUCAAAGUCAGGAAAUUCACAUAGGUACAGUAUUAUUUUCAAAUCUAUUGACCUUAUUCAAAUUUUGCCAAUUGUCUUACUAAUGCCCAUUUUCUGACCCAAGACCCAAUUCAGGAUUAUACUUGCAUUGAGGCAUCCUGUCUCUUUUAGCCUCCUUUGGUCUGGAACUGUUCAUGACCUUGACAAUUUUGAAGAGUUCUAGCCAGCUAUUUUGUGGAAUGCCCCUCAAUUGGGGAUUUUGUGAUGCUUCUUUCAGGUUAUGGAUUUUUGGCAGGAACAUCACAAGAAUGAGGUUGUUUCUCCUUUGUGUAUCAUAUCAGAAGCACAUGAUGUUAAUGUGUCCCACUACUGAUGUCACCUUUGAUCACUUGGAUAUGGUAGUGUCUGCCAGAUUUCUUCUUCUCUGUAAAGUUACUAUUUUCCCUUUGCAAUUAAUAAGUAUCCUAUGUGGAGGUACUUGGAGACUUUAAAAAUAUCCUGUUUCUGGUCCUGUUUUCCCUCACGAAUUUUAGCAUCCACUGGUGAUUCUUGCUUCAAAUAAUUAUUGCUCCACAUUCCCCAUACCUUACCUUUUUCCUGGACACACAGCUGAAGUACAGUGCCUAGUCCCCUCAUAUCUAGGAGGAAUGAUAUAACUAAUUCUAGCGCAUAGAGCUAUAAUUGUAAGGGGUAUAUGCCCCUUCUAGGUUUGCUCUCCCCACCCAACAAAUGUCUCCUAUUAUUCUGCAGGUUCUUUGCUUGUCAGUCAAUUGGAUGCAUAAGAUCCAGCAGAGAACACUAAGAAGGCUUUGGUAGUUGUGGAGCCACUAGACCUUAGCAUCUGUACCAUUCAGGAAGUCCUAUGAACUUGGGUUAAGAAAAUCUUUCUUUUAACUGGAAUUUGACAUCUCCCUUUGUGAAUACAGAUGGCAGCUAUAAUAGUGUUAGCAAUACCAAUGUCUUUGUCACCAAGAUAAAUCAUAUAUAUUACCUAUCACGCUGUAUUCAGUGCAGACAUCUUGAAAUAUAUUUACCUAUCACUAAUUUGAAAUUAACUUUGAAUUUUAAUUAUUAGAUCUGUCACUAUAUCUUUUUUUUCUUUUAUCACAUUUAGAAACUGUCCUGAGAGGAGAUUUAUUGGCUUCACCAGACUGCCAAAGGGGUCUAAGACCUAAAAUAGGUUAAGACAGAAAGAGGAGUUCCCUGAGUCACUGCAUUUUGAGGACAACCUAGGGAAGGAGGUGGGGAAUAUCUGCAAUAGAAUUUGCAUGAGAGAAAAAUAAACUUUUACUCUCUUAAGCUGAGAUAUAUGCUGUUAUUUGUUCAGCAAUUAUCUUAUCCUGAGUAAUCAAGAGAAUAAAGUUGUAAAUGUGGAAAUUAUAUGCAAGGGAAGAUGGUUGAGGCCAUGGGAUUGGAUGUGAUUGUUAAGAAGAGAGACAAGUACUGAAUUUGGGGCAAUUGCUACAUUUUGGAAAAGAAGACAAAAGAAACAGAUGAAAGAAUGAUCUGAAUAGAAGAAAGAGAACCAGAAAUACGUGGUGUAAAAGAUUCUAUGAACCUGAAACCAUAUUUUCAUUUCUCAGAUGUCUUCAUAUAGAAUAAGUCCUUAUCUGUUGUCUGGAAAGAUAAGAAGCUAAACCAUUUCAGUAGAUUUGCUCAACUAUAUCUGUCAUUUACGAGAUGACAGGUAUUGUACUUCUCUAAGUCUAGGUUUCCUUGUCUAUGAAAAAAUUGCAAUGCAGAUUACAGAAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-588.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -633.62

Frequency: 0.0000

Diversity: 566.30

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((((((......))).))))).((((....))))...(((.((.((((((((.......)))).))))...)))))..((((.(((((((((((.....(((((.((((((..(((...(((((.....((((....((((((((....((((((.......)))))))))).))))..))))...(((((......)))))(.(((((.((((((..((((((((......)))))))).....(((((((.((.(((.(((.(((((..(((((........))))).....))))).))).))).))...(((((((.....((((((((((.....((..((........))..)).)))))))..)))....))))))).))))))).(((((((((((((.(........).)))))))))))))...(((...((((.(((.(((......))).)))))))....)))...(((((....)))))............)))))).))))).)...)))))...)))..)))))).)))))((((((((((((((((((.(((((.(((((.....)))))...))))).)).....))))))))).............((.((((((..(((((...((((((((((...(((.((((.((.((.(((..((((....((((......))))..))))..))).)))))))).)))...))))))))))................))))).....)))))).))......((((((....((((((.((((.((((((((.((((...............)))).))))))))))))((((...))))....((((......)))).((((((((((.((((((((((.........))))).)))))))))))))))..((((........)))).(((.((((((((((.(((((((.......))))).....)).)))))).......)))))))..(((((((((((...)))))(((........))).(((((((............)))))))........)))))).....))))))....))))))............((((((((.....(((((((..((.((((...(((((((((..((((..((((.((((.(((((((((...((((...((((....(((((((((((((((((((.....((((.....)))).....))))((((........))))...........(((((.((((.......)))).)))))..((((((....))))))((((.((((((..((((((((..........(((((....((((((((((((((((((............((((.......)))))))))))))).)).(((...((((((((((((((((((((.((((......((((((((...((((.((((....(((((.((.((((((((.........)))))))).)).))...)))....)))).))))))))))))(((((.......(((.(((.((((...(((..((((((.....)))))).)))...))))..))).))))))))....((((((((.........................(((((((((((((.......))))))))..))))).)))).)))).........((((((((((..(((.........)))..)))))))))))))).)))))))))..)))))))))))...)))..((((((...))))))..).)))))..)))))(((((((.(((.((........)))))....)))))))...)))))))).....(((((......))))).(((((((((......)))).)))))......(((((((..(((((.........)))))..)))))))((.(((....))).))..........)))))).))))...........)))))))).)).)))))....)))).)))).)))))))))..)))).))))....)))).....)))).....)))))...))))))...)))))))..))))))))..))))))).))))))))))).)))).(((((...((((...(((((.....((.(((...))).))...)))))..))))..))))).(((...(((.....)))...)))....(((((.(((((.(.((((((((((((............((((((((....((.(((((((((((((...))))))))))))).)).......))))))))))))).)))))))...............).))))).)))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

,.((((((((......)))}})))).((((...,|}}}..,{({,{(.((((((((......,}})).)))}.,}))}}}..{(((.(((((((((((.....{((((.((((((..{{{...(((((.....((((....((((((((....((((((.......)))))))))).))))..))))...(((((......)))))(.(((((.((((((..{({{{{((.,,,..}}}})))},,...(((((((.((.(((.(((.(((((..(((((.{|...},))))}.....))))).))).))).))...(((((((.,,..,{{(((((({.....((..((........))..)).)))))))..}}},,..))))))).))))))}.(((((((((((((.(........).))))))))))))).{.{{{...((((.{({.(((......))}.))}))))....}}}...{{(((....))))}.........,,.)))))).))))).)...)))))...))),.)))))).))))}{{{{{{{(((((((((((.(((((.(((((.....)))))...))))).))}....})))))))}.|{,.........,,,{{(((({{{{{{{...((((((((((...(((.((((.((.{{.(((..((((....((((......))))..))))..))).}})))))).)))...))))))))))....,.,{{,,,.{{||,.....,}}),)))),|||,....{{{{{{....((((({.,(((.((((((((.((((...............)))).)))))))))))}{|{,...}}}||{,.((((......)))).{|{{({((((.((((,{((((....,,,..|||||,||}}}}}}|}}}}}}..((((.....,,,)}}}|(((,,((,,,,,,|,.|||||(,,,,,,.}}}}},..||||,||}|||||.....,,,,,,,..|||||||||||,,.)))))}||..}},...,}}.(((((((............))))))}......||}}}}}|.....)))))),,..))}))}.........,,.((((((((.{{{.({(((((,.,,.{(((...((((({({,.,{{{|..((((.((((.(((((((((,,,((((...(((({{,.(((((((,(((((((((((.....((((.....)))).....))))((((........)))).....,,{,{{{{(((,(({{.,...,,||}}.}}|||.{((((((....))))))|{{||{{{{||||((((((((,.......,.(((((.,,.(((({.{{((((((((({,,.....,...{((((.......)))))))))))))).}}.|||...((((((((((((((((((((.((({...,..((((((({..{((((.((((....,{({{.((.(((((((({,...,})})},))))).)).}},..},,....)))).))))))))))))(((((.......(((.(((.{(((...(((..((((((.....)))))).)))...)))}..))).})))))))....((((((({.....,{,..............,,.{((({((((((((.......))))))))..}}})),)))).)))).........{(((((((((..(((.......,.)))..)))))))))}}))).)))))))))..)))))))))))..,|||..((((({...)))))).,),))}}}..)))))(((((((.(((.((........)))))....})))))).,.)))))))).....{((({......))))},(((((({((,.....}))).})))),,,.|,(((((((..(((((.........)))))..))))))),{.{({....))}.)},,....,,}|))},||{||,....}}},},,,}))))))).))},))))..}})))).)))).)))))})))..)))).)))).,,.)))),....))))|,...))))).,.)))))}},,})}))),..)))))))),.}}}})},.))))))))))).}))}.(((((...((((,..{((((.....((.(((...))).))...))))),})))}..))))).{{{,,,|||.....)}}...}}}.}|.(((((.{((((.{.((((((((((((............((((((((....((.(((((((((((({...})))))))))))).)).......})))))))))))),}))))))............,..,.))))).))))).,