Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr7_0189800

Sequence Length

2210 nt

GC Content

0.5421

GGCAAAGGGCAGAUUUCUUUGGAAAUUCAACUGUGUGAGUUUUUCCAAAGUGCAGCGUCAGACCCCCGGCCACCCUCAUAAGUGUCCCUCCAACCUUCUGCCCACUAGAACCCUCAGAAACCAAAACCAAAAUCAUGUCUUGAGCAGACCUGGGUAAUGUGAGGAGAGAAUUCAACAGCAAACAGAGGUUGGUGGUUGUCUACAGAGGGAGGGAUCUGGCAAGAUCGUUAGAGCAAAACAGCCCAGGGAGCCGGAGGAGAGAGUGGAGCCCCGGGCGAGGCUGAGAGCUCCAGGCUCUCGUGGAGGCGGGAGGGACUGGGGGAUGCCGCCUGGGGCGGGAGACGGCUGCCUGGCGAGGCCAACAGUCCGGAAACCUCUGGCCUCACAAAUGGCGGAACUGGGGACAGAGUGGGGCAGGGGUGAAGGGUGGGGAGUCUCUCUGGGCCUCCGCCCACAAAUUACAACUCAACUACUGCCACAACUCAACUCCCGCCGUCCCCAUCUCCAGACGCACCCGCCGGGCAUCUGUCUCCCAUAUUUCUUUCGAGAUCCACGGACUCUCUCCUAGCUCCUGCUGGCUUCCCUGGCAUCCUUCCGCUAGCAAACAGCCCAGGAAAGACAACGGGCAUUAACAUUUUAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAAAAAAGGCCAGCGUAAACUGUUACAACAGCACAACAGAAGAGCUGAGAUUGUGUCUGACUAGCCUCAGUUUCUUGGAGUACCAGUGGAAGUAAACCCUCACGCCGCGUCUGUCGCUCGGUAAGGCACUAGGAGGGAAGGAUGCAGUGUCAAGACUGCGCCAGCUAGGGUGGCGGCGCCGAGGGCCACGCGGGGAGGGCGGCGCGUGCACACCCACACGUGCUCGCUCACCCGCACACCUGCACCGCCACAUUGGUUACAUGCCUAUGUUAUAUCGCUUUUUUUUGUGCAAUUACAUUGAGGAAUAUUCUAUUGGUAUCAUUGGAGUUGAACACAAGGUAGGAGACAAGGGUGCUGAGUGCUACAUUCUACUAGGGUGUCUGUGACGACCGCUAGCCCUACGCUACGCGACUAGGGGUGGAUUCAAAGAGAAAAUACAUUUUCAGAAAAGAAAAAAACCUAAAGUUUGCAACACACAUUAUUAAUGACAUUUGAGAAACAACGUUGCUUAGGGAUUUAUCCAGAGUGCUCAGAAAAAGAAAACUCGCCCCGCGCCCCCGGGGGCCUUCCAGCAGCCUGGCCGUCCCCCGUCUUUCCUGACUAGGGAGCCCGGACUGGGCUUCGCCAAUCCCACACCAGCUCCAAACAUCAGCCUCCUCAGGCUGCAGCCCGACAUUCUGGAGGGCUGUUGACCCUUUCGAGUUCUGGAAAAAUCCCUAAAUCUUAUGUUCAAUUAAUUAAAAAUCUAUUUGAUUUCCAUAUCAGGUGUCCCUGACAGCAGUCUUCCGUAUCACUUGCUGCCAUAUGAAAAUAAUCUUUGAAAAGUUCAUAAAGUUCUUCAAAAACUGGGGCCCCCCGUUUCUGGAAUCUUCCUGUUGCUCUCUUCUCCUUUCCAGUUUGGCGUAGAAUGGGUUCUUGAGCUGGGUUUUUUGUUAUUGACUUUUUUUUUUUCCUUUUUCUUUUUUAAAAUAAAAACCAUAGAUUUCCCACCCUCUUUAAUCCCUUCCUUUUAAAAAUGUUCUCUUCUCUGCUCUACGUCCUCCCACUUCCCGGUUCAAGUUUCACUGGUGUCCCGACCCGUCCCCCUGCCCUCUGCCCCCCCCCCCCCCCCCGCCCCUGCCCCGUUUGCAUUGUUUGUGUGCGGCAUCUUCAGUAUAAAAGGCCAGCGCCCACGGUCCCAGGAGCGCCUCCCUCCUUCUCUCCCUCCUCCCUCGGGCCAUUCUCUCCCUCCCUCCCUCCCUCCCUCCCCUCCAGUGUUUAUAUGUAAGGGUACUGGUUGACCUUGGCGGGGCUCAGUGGGUAUCCAGUGUAGACGGUGGAGGCUGGCGAGGCGCUGAUGUAGGUCUGGUGGGCAAAUUGGGCUGGAUACUGACUCGGGUGGAUGGUGGGCGAGGGCAGGACCCGGGGGCCCAUGCUCACGGGGACCUGGUGGACGAUGCUGGCUGGGUAGGCAGUGUGCUGCACGGUGUGGCGCGCAGAGCCUUGCGAGGCCACCAGGUGGGCCACGGUGCCGGUGGAGCCCAGGGCCGCCGGCGCAGUGUAGGUGUAGAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-817.30 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -854.91

Frequency: 0.0000

Diversity: 474.35

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((..(((((((...(((((((((...((((.....))))))))))))).................((.(((........))).)).........)))))))...................................(((((((.((..((((..(((((((.((((((...((((......(((((..((.(((((.....((((((.((((((((((......)))))).......((((..((((((...((((((((((((((((((((((..(((......((((((.(((((.((....)).))))).))))))...))))))))))))(((((((((.(((((((((.((......(((((((....))))(((........)))(((..(((((((.(.(((((((((.(((((.((((((((.((((....))))))))))))............)).))).))))............)))))))))))))..))).)))...))))))))))).)))))))))...((((....)))))))....)))))))))).))))))...))))...(((((........)))))......((((............))))......((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((....))))..(((((((((((.....)))...))))).)))....((((((((((.(((((((((((((((((.....(((((..(((....(((.....)))...))).....)))))..((.((((((......))))))))((((((.(((((((.((..(((.....(((((..((((((((((((........))))))).))))).)))))...))))).))))))).)))))).....(((((((.((..(((........)))..)).))))..)))....)))))))))))(((.......)))......(((((....(((((((((.((.((((........((((((((((...))).))).))))((((((((...)))..)))))(((((.(((((.(((.......(((((......)))))((((.....))))(((((........((((......))))........)))))((((((((((.((((((..((((.((((..........(((((.((....)))))))......((((((((((((((((..(((......)))..))))...))).)))))))..))........................((((((....))))))((((((..((...))..)))))).......)))))))))))))).))))))))))........................))).)))))..))))).(((((....))))).)))).))....))))).))))))))).((((((.....((...))....)))))).....))))))))))))))))..(((((((((((((.......................)))))).........))))))).......))))).)))))).........))))))))))).))))))).))))))))))..............)))).)))))).)))))))..)))))......))))...)))))).))).))))...))))..))...)))))))....((.(((......))).)).....))))((((((((...........(((((((((((((.(((.(((((((((..(((((((..(((........)))))).))))(((.((((((.(((((((((((.((((.(((((((((((((((((((.((.(((..(((.....(((..((((((...((((((.(((((((((....(((((((.(((((((((...)))).))))).))))))).))))))))).))))))..)).)))).((((((....))).))))))......)))..)))...)).)))))).))).)).))).))))).))))...))))))....)))).).))))))))).))))))))).))).)))))))..((((((((((...))))))))))...((((....)))).....)))))).(((.((((((((((..(....).)))))))))).)))..)).))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((..(((((((...((((((((({(((......})))),,})))))))......,..........((.(((........))).)).........))))))).,,.({,,,,||,{,..................,,{{{|||{.({..((((..(((((((.((((((...((((......(((((..((.(((((.....((((((.((((((((({......|||||,,.......({({(((((((({{(((((((((((({(((((((((..(((......((((((.(((((.((....)).))))).))))))...))))))))))))(((((((((.(((((((((.((,.....(((((((....})))(((........)))(((..(((((((.(.(((((((((.{(({{.((((((((.((((....))))))))))))............}}.,)}.))))}....,,,....})))),)))))))..))).}}}...)}))))))))).)))))))))...{(((....)))))))},..,))))))))).||,,,,,)))))},))))))|........,))))}.....((((.{..........))))......((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((,(((.,,,|,,,..|||({((((((.....}}}...}}}}).}}}..,,(((((((((({((({{((((((((((((.....{((((,.(({{,{.{{,.,,,.})),.,}||,,..,}}}}}..((.((((((......))))))))((((({.(((((((.((..{((.....(((((..((((((((((((........))))))).))))).)))))...))))).))))))).})))))...,.{{{{(((.,,..(((........)))..,}.)))},,)))..,.)))))))))))}|.,{{{{{{{{{{{{.||{{{,,.,,,|,||||{||}||}|}}},,,,}},.(((({({(((...)))}})).))))((((({{(,,,|||,,|}|||(|({{.,,.,{{{{{.......{((((......)))}}{(((.....)))}(((((........((((......})))........)))))((((((((((.((((((..((((.((((..,......,(({((.{|....}|||||}...,{{(,{{{||||{,|{|||,.(((......)))..)|||||.,||.}||||,|..,,....,,,...,,.}}},,......((((((....))))))((((((..({...})..)))))),......)))))))))))))).)))))))))).,}}},}}}}}}}}},,....{{{{{...,,))))}.....(((((....)))))(((((({..........}}}})))),,.,{{|{,......,,,{||....})))},.,,..}}}}}}}|||}|||,,..|||||}}||||||...,..}}}}},}}}}}}.}}}.})))))},..)}}}}),,})))...,}}.))))).)))))).........))))))))))),})))))))))))))))))..............)))).)))))).)))))))..)))))......))))...)))))).))).))))...))))..))..,))))}))}...{{.(((......))).)}.....))))(((((({(,..........(((((((((((((.(((.(((((((({,.(((((((..{{{........,}}))).))))(((,((((((.(((((((((((.((((.((({((({(((((((((((.((.({(..(((.,,,.{({.,((((((...((((((.(((((((((....(((((((.(((((((({...}))).))))).))))))).))))))))).))))))..)).)))),{{{{{{...,))).)),)))......)))..)))...)).)))))).))).)).))).))))).))))...))))))....)))).).))))))}})}))))))))).))).)))))))..(((({{||||..,}}}|}|}|||,{.{{{|,}}}})))},,..)))))).(((.((((((((((..(,...),)))))))))).)))..)).))))))