Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr8_0288200

Sequence Length

656 nt

GC Content

0.3537

GUGACAAGGGUUAGACUUCGUCUCAAAACAACAACAAAAAAAAGGUCCUUCUCCACAUAAACCUUGUAAGUUCAGCUUCACCAGUCAACAGUGUGUUGCCUAUAAUUGGUGGAAGCUGCCACUAGGUGAACCUCCAUGGAGGCUAUGCAGAUUUUCUAAAGGCACUGAACAGAAAGACACAAAUGAUUUUCCUUUACAAUGAUUUCAAACAAAAAUAAAUAAACUAUAAUUAUUAAAAAUCAUCUGGACUAAAUAUCCUGGAAGGAGACUUUUCUCCUUUGCCAGUGGUUUCUUCCUAGCAAGACAUAACUAAUAUCAAAUUAAACAGAGUCAGGGUGCUUAACUGUAGUCUUAAGACUAACAGCAAUUUUCUACAGUCUCAGAAUUGCUCUAAAACUUUAAGGCUGAAGCUAGAAAAAAACAUUGCUGAGUAAAAUCCCCAUGAGUCUCUCUUCCCAAAUCAGAAAGCUUCUCAGCCACUUGAUGCUGUAUAAACACUCAGCCUUCUCAUACACAUUUGACUAUAAUGUUUAAGUUAGCAAUUAACAUUUUUCUGAGCACUUUUAUUUCAAAAUUUUACUAUCUAGCUUUUGAUACAGGUUUCUUUUUUAUUUUAUUUUUUUUUGAGAUGGAGUCUCACUCUGUCACCAGGCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-137.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -153.95

Frequency: 0.0000

Diversity: 212.57

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((.((((.((((((((((((((((.........((((((((.(((.(((((.....((((....(((.((((((((((((((((((...)))))......)))))).)))))))..))))))).........)))))((...))(((((((.((((((...((..((((((((..((.((((((((.......(((((((.......................))))))).)))))))).))...........(((((((((((....)))))))..))))(((((((((......))))...)))))........(((((((.((((((((((.....((((((((....)))).))))...(((((((((((((.(((.((.......)).))).))))))....))))))).......(((((((...........(((.((.(((.........))).)))))..((((........)))).......))))))).........))).)))))))....)))))))((((.....)))).))))))))..))))))))....)))))))...((((........)))).)))..))))))))...........)))))))))))))))).))))))))))((...)).

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((,,((((.((((((((((((((((.,,....,,((((((((.{{,.,,,,,.....((((.{{.,{{.((((((((((((((((({...}))))......))))))}}))))))..))}}|}},..,{{...||||||{{{{{.{{{,,,|||,,,{||..{{..{{({{((,,.,..,{(((({{...,...,((((((,..........,...........,,}}}}}.,))))))).||{{.......,{(((((((((((....)))))))..)))),|||||,,|,}.,,..,||.....,|,.,......,,,...,|||||{{{{|||||..{{{(((((....)))),.|||{{{((((((,,{((,(.{{|,|||,.....,..}}),))))))..|,)))})},....||||||||||,,,.,.....,|||,}},|,,......,{{{|,.,{{|...,}))...,,}},{||{..........))))....,,,...,,.,,}}},...,}}))}},,{||||...,}}}}.}}}}}}))}}}}}}}}.,..|{||||.,,.....,,.}}.}}}}))}}.))),,)))))))).,,,.....,.)))))))))))))))).))))))))))(,...,).