Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr8_0392600

Sequence Length

503 nt

GC Content

0.4891

CUGUCCCUCCAUAUCCGCGGGAGUAUGGUUCCAGGACCCCCCUCAGACACCAAGAUCCGCAGAUGCUCAGGUCCCUCAGUUGACCCUCCAAAUCUGCGAGUUCUGCAUCUGCAGACGUGAAGGGCCGGCUGCAUGUAUUUUUUAAAGAAUAAAAAGGGAAUUAAGCUCUCCAGGUCCACCCUCUAAUAACAUACUUGUUACAGUGAUGCUUCAGGUGUUUCUUGUAGCUGUCCUCCUGGAACAGGGCAUCUGGGUUGCAGCUGGCCAGCCAGUCGGCAUCCUGCACCACCGGCUGUGUGCUCUGGGCUUUCACCUUCUUUCCCUUCCUUCCCCUUGGCACAGGAGCUGACAAACCUAGAAUCACCAUCAUAAUAAUAAUAGAAGCCUUUUACAUUCCAAUUAUAGUGUCAAUGGCAGAGAGCUUAAUGCACGAGGCAGGGAAAUAUGGGGUUUAUGUCACAUCUCUUUAUCAACAGUGUGUCACAAAAGUUCCUGGUGGCUUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-140.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -147.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 86.55

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((((((((...((((.(((((....((((((.(((.....)))..)).))))...))))).))))...)))(((((((((((.((((.((..(((((((........)).)))))..)).)))).))))))....((((((....))))))...)))))(((((((((((.(((.....)))....(((((....)))))..((((((((.((((.....)))).)))((((((........))))))((((((((((((((...(((((.((.((((...))).).)).)))))((((((..(((........................)))..))))))..))))).).)))))))))))))...................(((.((.(((((........))))).)).))).)))))))))))......)))))(((..(((.((((((.((.(((((.............))))).)).)))....))).)))..)))

Thermodynamic Ensemble Prediction

((((((((...((((.(((((....((((((.(((.....)))..)).))))...))))).))))...)))(((((((((((.((((.((..((((((({.......}),)))))..)).)))).))))))....{{{(({....,}}}))...)))))(((((((((((.{((.....))}....{((({....})))}..((((((((.((((.....)))).)))((((({...,...,)))}}}((((((((((((((...(((((.((.((({...})).}.)).)))))((((((..(((........................)))..))))))..))))).)}}}))))))},}})..,................(((.{{.(((((........))))).)).))).)))))))))))......)))))(((..(((.((({((.((,(((({,,.,........}))))).}),),),...))).)))..)))