Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr9_0337000

Sequence Length

529 nt

GC Content

0.4178

GAAAAUGCUUUUGUCUUUUUUCUCCUCUAUCACCAUUCUUCUUGAGAUUAGUAGCUUCGCCAAAGACUGCAUCUUCAACUGGAUCUUGAGUAGAAAACAGCACAUUUGAUAUACUACCAGUGCUACUUUUCCUGCUGUUGACAUCAAAUAUACCAGACGGAACUUUCACAAUACUGCUGCCCCAUGCAGGAGGUUCAGUAGGACUGUGAGGCUCUGGACUAGGUUGUGAAUGUUUUGCCACAAUAGCAGAGGCAUCACACACCUCUUCUGUUUGCAUUUUUGUUUUAGUUAUCAAUUCUCUUGCUGCCUGUUCUUCAGGCACAUGAAUUUCUGCAUCAUCCUUUAUAAGUUCAUCCUUAGACCCGUAUCCUUGGUCAGACUGACCACCUGAUGUGGUUAACAUUCAAGGGUAGAAUUAAUGCACACGUGUAUCCAUAGCUUCACGUCAUAUAAGUCUGUCUGUGCUAGAGUGAUUAUCAAUGGACUCAAGCCUGAUUAAAUCUCUGACGAAGACUGUGUGCUCCCCAUU

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-126.80 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -137.72

Frequency: 0.0000

Diversity: 105.36

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((((.((....))...)))))........(((((.(((((..((((((.(((((((.....))).))))((((......))))(((((((.(((((.(((((................)))))..)))))...(((((((.((((....(((((((((((.(((........((((((((((.....)).))..))))))(((.((((((((.((((..(((((((((.((((((((.......))))).)))))))).))))....(((.((((((.........((....(((((...((.((((((.....)))))))).)))))...)).............(((((((((((.((.(((((((..((((((...))))))...))))))).......)))))))).))))))))))).)))....)))).)))))))))))....))))))))))).).))...))))..))))))))))))))........))))))....))))).)).))).........

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((((.((....)).,,)))}}........(((((.(((((,,((((((.(((((((.....))).)))){{{{......}}}}(((((((.(((((.(((((....,...........)))))..)))))...(((((((.((((....,,{((((((({,(((........((((((((((.....)).)),.))))))(((.((((((((.((((..((((((((,,((((((((.......)))))}}))))))).))))....,{{.(((((,..,{{.,,,{,....,{,,{.,.((.((((((.....)))))))},|||||,.,|.............||||||||.|||.{{,{,,{{{{,,((({{,...||||||{...,,))))))}....}}))))))})))),))}))).)}},,..)))).)))))))))))....))))))))))).}.},...))))..)))))))))))))),.......)))))).,,.))))).)).))).........