Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

BLAST PRIMER

Symbol

hsa_chr9_0607600

Sequence Length

855 nt

GC Content

0.4596

UUCAAGAAACACAACUAAAGGCUUUUGUCAUAACCAGUUUAAACUUUAUGUGUACUUCAUUUUAAGUGCGGGAGUCAAAUGCUCUUCAUUUUCUUUCUCUUUUUUGUUUUAUUGUAGCAUUUUGACUACAACUGGUUAAAACUAAAAAUGUGUUGUUUAAAUCUCUGAUAUCAAAGAGGGAUCUGAAUUUCCAAAGUCCUCAUUUUUCUCUUACGGAAAGGACAAAAUGUACAUAACUGCAGGCUCUCUUUCUCUCCAGAUAUUCCUAAAUCCUUACCCUUCCAGCAUCCUUCACCCUCUAUAAAAAAUAAGUUUACUCUUCUUUAUUUAAGACAGCUGCCUCCAGAGCAGCUUCUCUGCGGCAAGCGCUGUCUGUACUUAGUGCAUUUAAAUGAGGAUUUGUAUUGCACGUUUUAGAGUCAUUAUUCAAGGCACUUUCAGAGUGGCUGGGGGCCCUGGCGUCACCCGUGCUCCCGUUCAUCUGGGGAGCCGGCUUCUCCUCGGCCAUCACUCCGUUUUCAGCCAGGGACCCGUCUGAAGACAUAGCAGAGGACUUCGAUUCCCCAGAUUUUGACUUAAGUUCUUUGGCCACUUCUUCUGCUGAAGCAGCAUAAGGAGGUCUGCCCUGAAUUGCUGCCUGGUUUUUGUAACCUCUGCCAUAGUACCUUCCACCUCUUCCAAAUGUUCUAAUCACUGGGGUGGAAAUAACUCCUCUUGGACGCCCUCUAGCUGGUCCUCCGACAGAAACCACCUGCAGGGGGAAAGGCCCCCGGCCCCCACGGCCCCGCCUGCUCCCAGCCCAAUGGCCAACCACAGUGCCAGCUAUUUCUAGUUUGCCUCCCUGAGAAGGUAUAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-233.20 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -249.88

Frequency: 0.0000

Diversity: 206.76

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((..........))(((..(((....))).(((((((((.........(.(((((((......))))))).)((((((((((((.............................).)))).)))))))..)))))))))..(((.(((((((((.((.((((((.((.((......((((((((((..........(((((....((((......))))))))).....(((......)))(((...(((........)))....)))...............))).)))))))............(((((((..........))))))).(((((((((((..(((((......))))).))))...)))))))((((...))))......)).)))))))).)).)))))))))..)))..........((((((.(((..(.((((((((((...((((....(((((.(((((((.((((((((((.(((....(((((.((.((......((((((((...((...))..)))))))))).)).)))))..))).))))))))))...)))...(((((...(((..((((((.(((((...))))).))))))....)))..))))).((((.((((((((((.......((((.......(((((((((....................))))))))).....(((....))).((......))))))......))))))))))...)))).))))..((((...))))..)))))...)))).)))))))))))..)))........))))))(((((....)))))(((((........))))))))

Thermodynamic Ensemble Prediction

({..........}}{{{..(((....))).(((((((((...........|((((((......))))))},,(((((((((((,..,,........................,).)))))))))))).,)))))))))..,{,.(((((((((.{{.,,,,,((((........||||(({{,{{....,,,.,,((((({{{{({{{,.....}}}}}}}},..,,{(({,.,,,.||||{{,..,||,,.....,))}......................,,|....................{{{,{((......,,|,|}}|}}},(((((((((((..(((((......))))).))))...)))))))|||{...))))},,,}}))))))))))}.}..))))))))),||||..........((((((..,,..{.((((((((((...((((....(((((.,{(({{{.((((((((((.(((....(((((.((.{{......((((((((.,.((...))}.))))))))}}.)).)))))..))).)))))))))}...}}}...(((((...(((.,((((((.(((((...))))).}))))),,..)))..))))).{{({.((((((((((.......{{{,.,{{...(((((((((....................)))))))))...,,{{(....))}.{{......}}}))}...,,.))))))))))...))))||||,..{{||,},))||..)))))...)))).))))))))))}..|||....,,,.)))))){((((....))))}{((((......}.)))))}))