Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0204055
Sequence Length
824 nt
GC Content
0.3847
GAAGGGAACACCCAUCCUCAGAUAAGGUGAUCCACCCUACCACAUAUUGUCUCCUAAUGGCCGUCCAGUUUAUCCUGGAGCCCUUGCAUGACACAGGCCUAUCGAAGCAUAGGAGAUGCCAAUAUUUUACCUCUUGGGUACUUUCUGUGUAGAAGAUUCAUAACAAGAACAAUACUUAUUCUGCAAUUCUUUAUAUAAAGCUAAAAGAAAAUGCAUUCUGCCAACAACUAAUGAGCUUGGAAGAGAACUCCAAACCCCAGAAGAGGCCUGUCACAUUGGCUAACACCUUGAUUUCCACCCACUGAGACCUUGAGCAGAGACUUCAGUUACACCCCACCCAGACUUCUGACCUGCAAAACUGUGAGCUAAUACAUGGAUGGUGUUUCAAGCUUCUGUUUGUAAAAUAUUGUUCCCCAGCAAUAGAAAAGUAAUACAUUUAUCUAAAAUCCUAUUGUUGAUAAAUGAGAGUCCAAGAUCUCCUAAGACUUAAAACAAGUCUUUUAUCUCCUGCUAGAGACAGAGAUAACAAACAGUGAUUUAAGAAUGCAUUUGAUCAAGCACCAAGGUAUAUAAUCAAGGUAUAGAUGCCCAUUGGGUGAGGAACACCCAAACUACUAUUCUUUAAUCAAUAAGAGAAGGUAAAAACUGAGAUUUAUAAUUGGUCAAACAUUAAUUCUGAAUAAAAGAAAACUAUUUCAGAGAAAGUGGAAUGUAUCUCCCACUAAAUUGCAUGGCUAGGAGUUAAAAAAAAAGGAAGCUACUCCUCCAACAUUUUAGCCUUUCAAAUCUGGUGGUACCAGCUAGAAACUAACAGGGGAUAUUUG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-182.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -200.55
Frequency: 0.0000
Diversity: 218.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((.((((.(((....)))..)))).))).((((((((..(((.(((((.(((.(((..(((((......)))))))).))).(((..((((((((.((...(((((((((.((((................)))).)))))))))...............................((((.((((((...........))))))..))))....((((........)).))(((((.......)))))......))..))))))))..))).(((....(((((((((...(((.((((((..(((.....)))..))))))...........(((....)))..........(((((........))))).(((((((((((((((((.....((((.(((((((...(((((((((.........................)))))))))......((((........))))..(((((((.....)))))))(((((((.((.......)))))))))..))))))).)))))))).))..))))...))))))).)))....)))))))))......)))..(((((((.....)))))))..((((.((((((........))))))))))......)))))..)))..))))...........((((((..............))))))...(((((..........)))))...(((...(((((((((((........((((......))))..))).))))))))...))).((((((.......)))))).......))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{(({.((((.(((....))}..)))).}}).}},,.,,......{(((((((...(((,,(((((......))))||||..|{.,((,.((((((((.((...(((((((((.((((..............,.)))).))))))))).,,.,.,,,......,||,.........,,,|(((.((((((.........,,))))))..)))}.,,,{(((........}}.)}{((({.,....,))))}......}}..)))))))),,)),.||||...(((((((((...(((.,{(({(..(((,,.,,||}..||||||.,,........(((....)))...,{{,...,|||{,,,.....||}}}.{{||||{{{{|||,,{{|||||{....{{(((({...,|||||||{..........,,{{||{{.......,,}))}}})}}}}}}|{((,.......})))..(((((((.....))))))),((((({,((,....,.)))))))))}}}))))}||||.,,},,.},.})))}}}}))}}))).)))....)))))))))...,,,||}..(((((((.....))))))}..((((.((((((........))))))))))......|,|||,.,....}))),...,,,...{((((((...........,..)))))),..{|||{...,,,,,,.)))}),.,|||.,.(({{(((((({........{(((......))))..,,}.}))))))).,,|,,.,(((((...,,}})}}})).......}))))))}....
Back