Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

HSALNT0249693

Sequence Length

1618 nt

GC Content

0.4376

GCAAGGUCUCGCUCUGUCACCCAGGCUACAGUUCAGUGGUCUGAUCACAGCUCACUGCAGCCUCAACCUCCUGGGCCCAAGCAAUCCUUCCACCCCAGCCUCCUGAGGAGCUGAGACCACAGGGAACAGAAAUGAACUGAAAUCAAGAAACAGAAGGGCCAAGGAAAGAAGUCCAUUUGAAUGUAUCAACAUGCAGGGGGCAACCACUGAAAGGAGUGACUACCCACCCAUCAAGAGCUGGCAAUUCGCUGCUAUUAACCGUGACUGUGAUUCCCAGUCCGCCUGGCAGUUCCUGAGAAAGGCCUGCAAUGUCUCAUAUGCAGUAAAAGCUGUAAGAUGCACCCUGGCCAGCACACUCGACCUGAUGGAUGUACAAUCCUCAGGAACAGUAAUGGAUUGAGCACACUUGCGAUUGAAGCAGGGAGAGGAGGCCCAGACCCCUACAAAGGGCCUGCUGAUUUAACAGUCGCUUUACAUGUAAUUGAACUUUUCAUGUACCUGAAAGGCUCAAGGUGAUGGUGGAAGAAACGGAACAACAAUGAUUGAAGGAAAAAAGUCAAUAAAUACAAAAGGAUUCCUCUUAGUGAUGAUCACAAGCCCACGGCGUGGCUCUGAAUCUAUGAUUACAUAUUCAGCUCGUUCUGAUUCAAGAAUGCUUGGCGAAGUAUGCCCUUGUGGAGAAGCAUUGUUUGUUGGUUAAGAACCUAACAUUCGGAGAGUUAACUUAAUACAGUUAAUGACAUCUCCAUGUGGAAGGAAGGGAACAAGAGAAUUCCUUUGAUGAAACUCUGGUGCCAUUGAAUGCAUUAUUAUGCCUCAGUGGGAAAAAUACCUUCUGGAGAAUUGUCCAUAGUAGACACUCAUAGAUAGAGGGAGCUGUACUUACAGAGGAAUGAGUAAUGUGAUGGCAGCUUGCAGUGUUAAUUUUGCCACUCUGUGGAUAUAGUUGAGCCAAAAGGAAAACAAACAAACCCAAACUCUGAAUUUGAAGUACCUUCAAACAGUACCCAUAUGCUUUAUAGACUAGUAGUUGGCAAAUAGAAUACAACAGCAAAGAGCCCCCAUACUUGGAGGAUUUCAGUGAUUGGGGUGUUUUUGCAAGAGGGGUUAAGAAAAAUCAGUGCAGUCUGUACCUUUCUUUCACUUGGAAAACAUACAUACAUAAUUCACAUGCUAUAUAAUCUCCUAGAUGCAUGGCCACAGAGCUGAUAUAUGACCAUUUUUUUCUUAUUGUAGUUUUUAGCCCAAAUAACCACUCUGUGUGUGUAAGAGAAGUCAAGAUGAAAACAAAUACUCUUUUUAGGUUGCUGCAAAUGACCAUGUGUAGACAGACCUGUUCAACUGGAAGUCACGAUUCUGUGACUGUCCUAACAUCACUCGUCCACAUGCCGCCAGACUGCAGUUGGGGGUAGAUCAGUAUCAACAGGAUAGACACAGAGGAAAGAACUCAUGGAAGUGGCGGUUGUGACAAAAGCAACAUAAUUAAAUAUAUUUUAGUAUAUAAACAAAUUAACUGCUUAAAACAUGUAUUUAAUGGGGCCCGGCGUGGUGGCUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCAAAGCAGGUGGAUCACCUGAGGUCAGAAGUUCG

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-460.00 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -491.28

Frequency: 0.0000

Diversity: 281.61

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

((........))((((..(((((((((((......))))))))......((.....))((((...(((.(((((((((.......((((((((..((((.(((...)))))))...((((((((..(((.......))).((((((((......(((((((.........((((.((((.((((....)))).))))))))...((((((.((((((..((..(((((((((..((((.......((.(((((.((((.(((((.((((.....(((((((....((.(((((((((...((((((((...(((....((((((....)))))))))))))....)))).(((..(((.....)).)..)))......))))))))).))..)))))))..)))).))))).))))))))).)).((.((((((.............)))))).))((((....)))).((((.((.(((..((((...))))..))).))))))))))..))))..))))).................(((((..........)))))...........)).)))))).))))))..........(((...))).)))))))...))).))))).((((((..(((((((((......))))))...)))..)))))).)))))))).........(..((((((((...)))).))))..)((((((((((((......)))))))....)))))..))))))))(((((((........)))))))...........(.(((((((....((((((((...((((.(((((.......((((((((((...((((.......))))))).....))))))).......))))).))))....))))))))))))))).)((((..(((((...((((((((((((((((.(((((((((.(((((((...................(((..(((((((...))))))))))...(((..((((.........))))..)))................(((((((..(((((((((.(((....)))))))..)))))..))))))).((((((((..(((.............)))..))))))))(((((((((......((((((((((.....(((((.................)))))((...(((((((..(((.((.........)).)))..)))))))..))..............)))))))))).......))))).)))).........)))))))(((((((((((.((....)).))))).)).)))))))))))))...)))....(((((((.(((((((......(((.(((....((((.((((.......)))).))))))).)))......))))))).))))))).........))))).))))))))...)))))...))))....((((((((((((((((((..(((.....)))..))).))))..))))))))))).)))))))).).)))))))..(((.((......)))))((((((....))))))((((((...)))))).)))))))......

Thermodynamic Ensemble Prediction

,,........||((((..{{{((((((((......))))))))....|||,..,}}),|{((,..(((.(((((((((......{((((((((,.(((,,(((...))))))).,.((((((((..(((,,,(((.((((((((((((..{{,.,{(((({.,,,.....{|||.,(((.,(((....)))},|}}}||||...(((({{.{{{|||,.,,..(((((((((..((((,,,,..,((.(((((.((((.(((((.((((.,,,.(((((((....((.(((((((((...(((({({..,{({(,...((((((....))))))}))})))....)))).{,{..,{(.....}}.}|.}}}......))))))))).))..))))))).})))).))))).))))))))).)),((.((((((.............)))))).)){{{,....}))),|||{,((,(,{..{{{...,}})),,))}.))}}})))))..}})),,))))).......,.........{((((..........}})))............,.}))))).))}})|.....,,}..|||,..})).)))))))}..))).))))}.....|)))).)))))))).....,|.||{{{{,,,.}))))),,)))))))).........(..(((((((,...,))).))))..)((((((((((((......))))))).,,.)))))..))))))))|((((((........)))))),........,,.(.(((((((....(((((((({,.((((.(((((.......((((((((((...((((.......))))})).....))))))).......))))).)))).,},))))))))))))))).){(((..(((((...((((((((((((((...(((((((((.,{{{(({............,,.....(({..(((((((...)))))))}}}...(((..((((.........))))..)))................(((((((..((((({(({{(((....)))))))..)))))..))))))).{(((((((..(((.............}))..))))))))|((((((((....,.((((((((((.....{((((......,,,....},,,))))|((...(((((((..(((.((.........}).)))..)))))))..)),.............)))))))))).,.....))))).)))}.........}}}))}}(((((((((((.{{....,}.))))).)}})))))))))))))...|||....(((((((.(((((((......(((.(((....((((.((((,{....})))).))))))).)))......))))))).)))))))....,..,}))))),})))))))...)))))...))))....((((((((((((((((((..(({.....}))..)))}.))),.})))))))))).)))))))).).)))|||,...||}{{...{{(({|..,,||||}},,)},,,,((((((...)))))).))))))}.,,...