Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

HSALNT0288891

Sequence Length

825 nt

GC Content

0.4800

GGCUCACCGCAACCUCCACCGUCCUGAGUUAAAGUGAUUCUCCUGUCUCAGCCCCCUGAGUAGCUAGGAUUACAGGCGUGCGCCACCACACCCAGCUAAUUUUUGUACUUUUAGUAGAGAUGGGAUUUCACCCUGUUGGUCAGGCUGGUCUUGAACUCCUGACCUAGUGAUCUGCCCACCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACCACGCCUGGCUAGGGGAAGAGUGUUUUAAGAGCUCUGAGUAGAAGGGUCUAAGUGCAGACAUCUUGGCUGUUGCUGAAGAAUGUGACUCUCACCGCCUCCCUCUGACACUGUACCAUCUCUUUUACCCCCAUCCUUAGUCCACUCACGGAGGAGGCUGCCUUGAUGGAUUUGACUGCAGCUUCAAACACUUUCUUGGGCAAACGAAGGUUGGUGGUGCCACUGUCCACAAUGCUCUUGUCAUAGUUGUACUAAGAGGGAAAAGAGAGAGUUAAAAGAGUCAAAAGGUUUUUGAUGCUGGGCUCUGGGCAGUAGGGGGUUACUGCUGGGGCCCCAGCUGGGUUGGCAUCUUGGCUUUGGCACCUCCUAAGUGUACCUGCUUGGACAAGUUAACCUCUGUGCCUCAGUUCCUUCAUCUCUAAAGUGAGGAUAAAAAUAGCACCUACCUCAAAGGGUUAUUGUAAGGAUUAAAUAAAUCAGCAAUGUAAAGCACUUAGAAUCGUGCCCAGCAGAGAGAAGGCACUUGGUAAAUGUUUAUUCUUGUUAAUCUUGGGUGGGCAGGUAGUCUCCAAACUUGAAAAUAAAAAUACCUUGUUUAGUGCUUUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-255.50 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -273.00

Frequency: 0.0000

Diversity: 198.96

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

(((.(((.((...(((.........))).....((((((((.(((.(((((....))))))))..))))))))..))))).)))..........((((.(((((((.((((...((((((((((...((((......(((((((..(((.....))))))))))..))))....))).(((((((((((((......)))))....(((((((......)))))))))))))))..(((((.........))))).....((((((.((..((((((((((((((((....))).))).))))(((((((......(((((((((((..((((((((.(((((...((((.......(((......))).((((((((.((((.....))))..))))))))...........)))).....)))))..))))))))...)))).(((((((....))....)))))....))))))).....)))))))......(((((((...)))))))((((((.(((.((((((((....)))))))).))).)))))).((((((((.(((.(((....((((.......))))....))).)))...))))))))))))))...)).)))))))))))))....)))))))))))))))((((........))))((((((...((((.....)))).)))))).((((((((.(((..(.((((((.(.((((...((((...(((((....)))))..))))..)))).).)))))).)...)))..........((((((.......))))))))))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

(((,((,,((...,,,....,,..})))},...((((((((.(((.(((((....))))))))..)))))))).{|}|||.}}}..,.,,||,.(((,,(((((((.(((....((((((((((...((((......(((((((..(,{.....})}))))))).,))))....))),(((((((,(((((......)))))...{(((((((......)))))))))))))))..(((((.........))))).....((((({.((.{((((((((((((((((....))).)))},))|(((((((..,...(((((((((((.,((((((((.((((,...((((.,,..,{({{......})),((((((((.,({(.....}),}..)))))))).....,,....)))).....)))))..)))))))}.}.)))).(((({,,....)}..,,}},}}.,..)))))))...}.))))))),.....(((((({...}))))))(((((({(((.((((((((....)))))))).)))})))))).{(((((((.(((.(((....((((.......))))....))).)))...)))))))))))))).}.)).})))))}))))))....)))}))))))))))),{{{..,.....)))){(((((...((((.....)))).)))))).,{((((({.{{,..{.{(((((.(.{(((...((((...{((({....})))}..)))}..)))).).)))))),},,.}},........,.,,,{,,...,,..,,}))})))))))),..