Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

HSALNT0291960

Sequence Length

1295 nt

GC Content

0.5120

GCCACUUCCAGGCUGGCCUAUUGGAUUAUGGAAGCAGGACUCUGAGUUGAUGCUAUUGCUCUCCCCAGUCCUCUAAGCCCCUUCUAUUUCAUUCCAAGUCCAGCCUUCAACCCCAGUGCCUGAGCAGGAGGGAGGGACAUUGCUCUGACUCUUGAGUUGCGAGGACUGGAAGACCUUCACUUUAGUUCUUGACCACUUGUCUGGGCACUGCUCCUGUCUCCUGGAGCUCAGGCUGGAUGGAGUCUCUCCCCUAGUUCAGGCUGCAGCCCCAGCCGCCACAGCUACAGCGGUGAGAGCAGGCUGGAUCCCAGAUCUGCAGGCGGGUGAGCAGGUGGAGCCCAGUGAAGAGAUGUUCCUGCUGCAGGCAAUUAUGCAAAGCUCACCAAGAAACAACCACCUCCCGCCUCCACACACCCUGCAAAACUAAUUUGACUGAAAGAUGGCUUACAUCAAUCACACUGAUGAUCAAGAGCGAAGAAAGGACGAGGAUGGGCAGAAACAUCACACACACAUGCAGCACAGAGACAGGGCUGGAAGGCUGAGCAAGAGUCAGAGCUACAGUUGGAAGUAUUGGAAAGCGGCAGCGGAUUCUCGGGGUGAUGGGAAAAGCAAAAUCUGCUUCACUAAAACUCCGUCGGUGAUCAACUUUUUCAGCAGUCCUCCGAUUCCCGACUAGAAGGCAAAAGCCUGGCCCAGGCCACGGGAGGCACUUCACUAAAGAAGAAAAACCUGAGCUCCAGCAAGCUCAGUAACUUCAUCAGUCACCUAAUUGAACGAGAACCCAGAGCAACUCAGUCCAGGCUGCACAAAUUGAGUAGCACUGCUCUGCAGCUCGCUGCACUAAAAGUGGAAGAUAUUUUCCAUUACAGCAAGUGCUCCCACAGAAGGAUCACGAGCCACACACGGAGCCUUACUCUCCAAAUAGGCGCCCAUGGCCCAGUCGUCCCUUAGCCUAAGAACUCAGAGAGCCAGGCUGUAAUAAUGGGGCUGCCGUGUGAGCACAGCAGCCAUCGAGCUGCUCCGGUUCAUUUCCCAGAGGUUGAGCUGCAGUGUGUCCAGUAUUUAAAAGUAUGGAACUUGUUUCAGGGCUGACCCAUUCUUGCCCAAUUCAUCUUCCCCGUGUGAAGUUAUUUAGCAAACAGCCAAGUUCAGCUGGAAAUCGUUUUUCAUCCCCUCCAACUUCUAGUCACAUGGGCAGCUGGCCAGCUACAUGUUAACAAGCGCCUCAGAACUCCUAAGACACCACCGGCCUCUGUUCCCUUCAGUGCAUUCUUGUAAAUAAAUAAAUAAUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-412.10 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -434.72

Frequency: 0.0000

Diversity: 263.96

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.........(((((((....(((((..(((((((.((((((..((((..........)))).....))))))........))))))).....)))))..)))))))........(((((((((((((((((.((((.((.(((((.(((....((((.((((((((((((..........))))))))))).).))))))).))))).)).)))).)))))))((((..(((((((.(((.((((.......(((((((((.(((((.(((((.(((.((....(((.((((...(((((((((...)))).)))))(((((((.....((((((....(((.(((......)))))).((((........))))..................))))))))))))).....)))))))...........((((((.(((.(((((........((((((.(..((...(((..(((....((.(((((((((((((..........(((((.((((((.((.......((((((((((((((((....((..(((((..((((((....((((((..((.((((..((((((((((((..(((...(((((.....)))))..)))..))))))..)).))))..))......)).))..))))))..))))))...((((....))))(((....))).((((.....((((......)))).....)))))))))..))..)))))))..))))..)))))((((....(((...(((((..(((((.(((.((...((((((.......(((((....)))))(((((....))))).....((((((((....))))))))...((..(((.(((.......))).)))..))..((((((((((((((...........((.(((...)))))..........((((((.....(((...)))..))))))......))))))).)))))))......)))))))).))).))))).)))))..)))....)))))).)))))))))))((((.((((....)))))))).((((...)))).))).))))))))))))...))).)))))..)))))))........)))...((((........))))((((.....))))........)).))).))))))..))))).)))))...)))............))))))..)))))....)))).))))))))))..))))..))))).)))))........................

Thermodynamic Ensemble Prediction

.........(((((((.,,.{((((..(((((((,((((((..(,(..{{.((....))))..,..))))))....,,..})))))).....)))))}.)))))))...,....((((((((({{((((((.((((.((.(((((.(((....((((.((((((((((((,(.......}))))))))))).).))))))).))))).)).)))).))))))|((((..(((((((.(((.((((.......(((((((((.({(((.(((((.(((.{{,...(((.((((...(((((((((...)))).)))))(((((((.....((((((.{{.(((,(((......)))}})}||{,,||.....})),..,}|,.....,......))))))))))))).....))))))).........,.{{((((.{{({(({,,..}|||..(({,,,,|},||,.,{{{,,(({....((.(((((((((((((.........{(((((.((((((.({.......((((((((((((((((....((..(((((.,((((((..,.{(((((..({.({((,.((({{,((((((..(((,..{((((.....)))))..)))..))))))..}}.}}))..))...,,.)).}),,))))))|,)))))}...((((....))))(((....))).{{|{.....((((......)))).....)))))))))..))..)))))))..))))..)))))((((....(({.,.(((((..(((((.(((,(,.{{((((((.,.....|,|||}}.}))},)}||||,...)))),.....{(((((({....}))))))|,{{((..({({(({,......|||,,||..|(({.....((,((((..,,,,,....,||||.}}..||||...}).))},,,{,|||}}.,...,..),)))},,,)))}},....,||((((((.(((....))).)))))).,,))).))))).))))).,)))....))))}).)))))))))))|(((.((({....})))))),.{{{|...)}}}.))).))))))))))}),..})).))))}.,,}|}|}},{{,..,,,||...((((........))))((({.....))))........,,.}}}.})))))..))))).)))))...)))....,.......))))))..)))))....)))).))))))))))..)))),.})))).)))))...},...................