Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0319319
Sequence Length
1472 nt
GC Content
0.3893
AAUCUGGUGGUUGUGGAGACGGGAUUUGUUGGUGGGUGUUCCUUGAGUGUAUGGAGCAGUCCUUUUGAUGGAGUCUUUAAUUUUGGGCGAAGUUUCUGGAAACCCAUCCUUUCACCAUCCCAAUUACUCUAAAGCUCGAGUCUCUGAAGCAUUUGAGAAAAAGCACAAAUUCAACAGGUAUAUAUUUAAUACGAAUGAAUGUAAAUGUGUGCCCCCCGCCCCAAAUCUCUCAGCAGUUUGCGUUUAACCUUAGACAAUUCCUCCUCCAUGUUAAGUCAGACCAGUACCGAGGUUCGUUUUUAAGUGACUACCUAGAAUAAAACAGAAUCUGGUAGAUAACAGAUACUGCAUUAGGAAUGCUGAUGUAAUGUGACUCCCGCGGAAGAAAUGGUUGGUCCUGGGAGAGCAGUAGAAAGCUGGGGGAUGUGAGGGUAAUACAAGACACAAAGAAGGCAGGCGAUUGGAGACUUGAGAAAACAGAUCCAGGGAAAAGAUGGGUAUGAUUUUGAGCGAGAGGCUGUAAAAGGAAAAGCAUUUUUAAAAGAAUGGGAAGCUUUGAAAAAUAAAAUGUCUGAGUUCACCGCAGAAUACUCCCAAUGAAGAAGAAAGGGAAUGGCAACCAAGGAAACCACUGUUCUCUAAUGAUCUCAGGUGAUCUCUAAUGAUCUCUAGUCAAAAGAUGGAGAGAGAAAGCAUUUGCUGAAGAAUGAAUUUUAAAAGGGACCAAAAUCUAUAAGAAUUGUGCCAGGAAAGCUAAGCUGCAGAACAAAGUGGGCUUGCAGAAAUACUUAGGUAGCGAAGGAAGCAAGAAGGUUGAGUAUUUUUUAAAAAUAGGCACCGAAGAGAAUAAUGAUGAUGGUAAAAGAAUAGACCUUCUAUUUAGGAAGUUGAGGUUAACAGAUGACAGAGGGAAGGGAGGGAAUCAACAUUUUUUGAGUUAUUGUUUUUGGGGAUCCUUUGCAUGUGUCUCUCAUUUAAUCCUUAGAGGAGCCGUGAAGAGACUCAUAUUAGUGCAAUUUUACAGAUCAGAAUCCCAGGCCUAGAGAAGUUAAUUUGCUUACGGUCACAAUUGAAAAGUAAAACUGAGAAGUAAACCCUGCUAAACUGGGCUCCAAGAGCCCAUUCUUUAUCUAAGAUUCCACAACAUUCUACUUCUAUUUUCUUUCCAUUUUUGCCAUUAGAAAAUGACCUUCACACACAAAAAUGAGAGAGAAAAAAAUUAGUAAGAGGAGCUUAAUGGGUGAAUCUUAUGGUAUGUAAAUUUUCCCUCAAUAAGGUUGUUAAAGAAAAAAAGAGGUGAAGGUCAAGACAAGUGACUAGGUUAUAUUGAAUGAGUUCUUGCCUUUAGACAAAGACAAAUUACAUUUCCAAUUUACUUCAUUUAUUCAUUCACUCAACAAAUAUUAAGAACCUACUGUGUGCUGGGUGCCGAGCUUGGAAAGUUUGGAAUUAGGCAUACAAAGAUGAACACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-361.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -392.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 462.30
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.((((((((((((((..(((.(((((.(.((((((((((.(((.....))).))((((....))))(((((....(((((...((((((((...(((((((.(((.....((((......(((....(((((((((((((.(((((((.(......).)))))......((((((((((((.............))))))))))))....((((((.((((((((((..(((((((((..((...(((....((((.(((.((...(((((.(.........((((..(((.......))).)))).........(((.(((((........))))).)))((((((.....))))))...).)))))..)).))).))...))...)))..))..)))).)))))..)))))))))).)).)))).......................))..))))))))))))).....)))....)))))))))))))).......(((((...((((..........(((((.((((((......)))))))))))............))))..)))))...))))).))))))))....))))).)))))))).).))))).)))....))).))))).))))))))))))((((......))))((((((..((((((((((((((((..(((((......)))))..........((((.....((((...((((((((((......(.(((((((((((..((...))..).))))).....))))).).((((((((..(........((..((((((...))))))..))(((((((.((((((((((.((((...........((((((..(((....((((....))))...))).))))))..........)))).))))......)))))).))))))))..))))))))(((.(((((((((....((((...))))...))).)))))).)))....))))))))))..)))).....)))).((((.....((((......))))..))))....................(((((((.............(((((((...))))))).((((.....)))).............))))))).))))))))))))))))...))))))...((((((((((((((.....((((.(((((........((((((...((((...))))...))))))..........))))).)))).....).)))...............))))))))))......(((..(((((((((((...(((((...((....((((..(((..(((((........))))).)))..))))..))...)))))...)))))....)))))).((((((((.(((.((((((((...)))))))).))).))))))))........))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{((((,(((((((((((((({.(((.(((((.(.((((((((((.(((.....))}.}}({{{....}}}}(((((....(((((.,,((((((((...(((((((.(((.....((((......({{....(((((((((((((.((,{(((.,......}.,,,,}......((((((((((({.{,,.......}}))))))))))))....((((((.((((((((((..(((((((((..{{.,,||{....,,{{.{{(.((...{((({,{,,..,,,,.{||{{{{{({{...,,|.,.,|,,,,...,,,,}.|,|||||}}}.....},,}}..{(((((((.....)))))))}.|{|}}||,,||.|||.}}...}},}.,)),,))},)})).)))))..)))))))))).)).)))).......................))..))))))))))))).....})}....))))))})))))))....,,,(((((...{,||}.,,,,....{{{{(.(((({,....,,))))))))))),...........,}}},,}))}},}.))))).})}))))},,,,)},,,.}))))))).).))))).))).}}.}})}})))),.}||}||}||||(,(({{,...,,||((({{({.,,,||||||||||{{,,{(,{{{|,|,,.{{{{{,,{,,,....((((.....((((.{,{{{{((((((......,.(((((((((((..(,...}),.)))))))...,,|}}}}.}.((((((({..{..,..,.|||,,||||||,..,,,,,,.,)}{((((((.((((((||,{{|{||....,,.,.,.((((({.{{{.,..,{(({.,.,|,.},},},,}}}|,}}}}}}.,,,,..,,..}}}},,|,..)))))).)))))}}|..})))))))(((.(((((((((....((((...))))...))),}))))).))}....)))))))))},.}))}.....)))).((((..{,{{(({....|||)))..)))).....,....|||...}}},,||||||,....,,}}....(((((((...))))))).,,|,{{,,{||||{{,,,{..||||||.{{{{{.||||||||||||||||{..,,,,||...,,,,{|||,,...|}}}}}||,|}|||||},.....,|{||||}},|{{..,})}))}}})))))}}},}......}}}}}|||},.....,}}}}............},})})))||}||,,.,,,{{{{{{,,|{|||,,||,,|{|||},}||,}}}|,,,..|||..,,,||.,,,,,,,},})),)))},,,,}}})))))}}})).,,}}}.,....,,}}},.((((((((.,({.((((((((...)))))))).}),.)))))))).,,,....},}.
Back