Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0319770
Sequence Length
2056 nt
GC Content
0.4377
UGUUGUUAUUGUUGUUUAAAUCUUCCUGGAAGGCAGAAAGAAAGAGAUAAAAAGGAAAAAACAGCAUUUGUCACUUAUAGUGCUCUGGUUAGCACAGUAGCUGGGCCCCUGAACCCUCUACAGGCCUCCCAAGCUGGCACUGAAUAAAAUGUGAGAAAUGAAAGGAACUUUUCCGUGAGUCUGGCAGCGCCGACAGACACUGAGGUGGCAGAGCUGUCUGGUCCCAGUCCACAUGCAGAGGCCUGCAGCUCCUCCUUCCAGCCCGCACCCACCAGAGCUUCUCAGACGGGCCGUGUCCUGAGAAGGUUGUUGCCAAUGUAGAUGUUUGAGAGGCUCACUGAUGAACAAAUCAACAGAGCAGAUUUAAUCUGAAGAGAUCCAAAUAUUGUGCUUCUUUGGACUCAUAGAAAUGGCGAAAGAUUUAACAUCAGGAAGUACUUAAGUCAGCUAAUUUCUAGAGCCUUCUUCCUCCCUGUCACUUGAUUCUAGAUAGGAUCACCAGUUAGACAUCAGAACCAGAUCUUUUUAUCCAGAGAAGUACCAGUUUGUUGUUUUUCCUUCCGAAGCCAAGUCCUCGAGUUUCAGGUAGACUUCAGUUGAUUUCUGCGAGGUCUUUGCUUUCUCUCUGCCAGAAUAAUCACUGCUGAGGAAAGCAAAAAGCCCCGAAGAGCCUGGCUUGGAAUAAAAACAUGCACCAUACAAGAUUUUUAUGAAGAUUAAAUAACUUGGGCUAAAAUAUUCUGGAAGCUGCCAAGGGCUCUACAGAUGAGCUAUACAGAGGCAUUUGCUGAAAACUGGCCUGGAUUGACAAGCGCAAUGCAAACGUGGCUGCGGCAGUUCCAGGCAUCACAUGGUAACAAGAUCACAUCCAGUGAAGAAGGAAUUCUCAUAAGACAGUCAGCAGAUUUUGCAGUCCUGCAAGGUGGAUAUCACUCUCACCUUCAGCGCACAAAGAAAGGAGGUAUACAGAAGACACAGAACUCACCAAAGUCACAGGAACUAGGUGAGGAUGAACCAGGCUGCAUCCAAGCAGCCCAGCUUCAGGGUCUGUAUUCUUUGCCACUACCCAGAACUUUUACCAAUAAGCAAAGCUAUUGUUUGCAAUAACAGGAAGCAAAAAUAGCAAAAAGUUCCCUUUAAGGGGGAGUGUUAUAAUAUACUUAACAAUCAGAAUGGCUGAAGCACUGAUCUGUGAGAGUGGCUACUGGUCAUAGCCUGGAGCUGGUCUUUUAGGUCCUCUUUGGUUACUGGAUCCUGGGAGGAUGGAUGAGGAAGUGGUCUCAGGCAAGGGGUGGAGUUAAGUGGCUGUGGAAGGUACUUUGGAGGCUCAGGCAGCAGCUUUUUUUCCCCUUAAACUUUUGUUUUAAGUUCUAGGGUACACGUGCAGGAUGUGCAGUUUACAUAGGUAAACGUGUGCCGUGGUGGUUUGCUGUACAGAACAAACCAUCACUCAGGUAUUAUUAAGCCCAGCACCCAUUAGCUAUUCUUUCUGAUGCUUUCCCUCUCCCAACUUCCACCCGACAGGCCCCAGUGUGUGUUGUUCCCCUCCCUCUGUUCUCAUUGUUCAGCUCCCACUUAUAAGUGAGAACAUGUGGUGUUUGGUUUUCUGUUCCUGCGUCAGUUUGCUGAGGAUAACAGCUUCCAGCUCCAACUAUGUCCCUGCAAAGGACAUGAUCUGAUUCCUUGUUAUGGCUGCAUAGUAUUCCAUGGUGUAUAUGUAACACAUUUUCUUUAUCCAGUCUAUUGUUGAUGCACAUUUGGGUUGAUUCCAUGCCUUUGCUAUUGUAAAUAGUGUUGCAAUGAACAUACAUCUUUAUAUAUGAAUAUAUGUAUCUUUAUAAUAGAAUGAUCUAUAUUCCUUUGGGUAUAUGCGCAGUAAUAAGAUUGCUGGGUCAAAUGGUAUUUCCGCUUCUAGAUCUUUGAGGAAUCGCCACACUGUCUUUCACCAUGGUUGAACUAAUUUACAUUCCCACCAACAGUGUAAAAACGUUCCUUUUUCUCCACAACUUUGCCAACAUCUGCAGUUUCUUGACUUUUUAAUAAUUGCCAUUCUGAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-604.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -643.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 472.69
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.((..(((((.....((((.(((.....))).))))..((((..((((((((...(((((.((((((((((.(((((.((((....((.(((((((((((..((((.........))))...))).))))...)))).......(((.(((.......((((...)))).....))).))))).....)))))))))))))))))))))))).(((.((((((........((((.(((((((((((.......((((((.........(((((((((((((((((.....(((....))).....)))........)))))))))))))).(((.(((.....))).))).....(((((((((..((((((((((((...(((((((((((((.....(((..(((.....(((.....)))((((((..(((.((...........)).)))....))))))...((((((((((((((....)))))))..)))..))))......)))..))).....)))))))))))))..))))).(((((((..((((.((((((.((.((((........(((((..((....))..)))))..(((.(((((((((.(((.((.((........)))).))))))))))))..))).)).)).)).)))))))))).)))))))............)))))))....)))))))))....))))))..........)).))))))..))).)))).((((((((((.....((((((((((((((...(((((((((((((....((((.(((....))).)).))..))).))))))).((((.(((..............)))))))((((....)))).......))))))))))))((((((....))))))(((((......)).)))((((((((.((...((..(.(((...(((((((((.((((...(((((..(((.(((..((((((.((((((......((((((......))))))((((((((((.(.((.(((....((((((..(((((.(((........)))....((((((.(((((...........)))))))))))........((((....))))((((((......)))))).....((((.....))))........)))).)..))))))....))))).).)))))))))).........))))))))))))..))))))...((((((..(((...((((((((....(((.((((((.((((..((((.(((((...((.(........).))...))))).)))))))).)))))).(((((.......)))))....(((((((.((((.....))))((((((....)))))))))))))(((((((((((.(......).)))))))))))..((((((((..(((...(((........)))...)))..))))))))..)))...)).))))))...(((((.((......)).))))).)))))))))..((((((((((..(.((......)).)..))))))))))..)))))))))))))))))).))).).)).)).))))))))......))))).)))))....(((((((.......))))))))))))....((((((((.((.(((((....((((.((.(((((((((((((..............(((.......)))(((....((((.....))))))).(((((....)))))..))))))))(((((.((((((.((((....))))...)))))).)))))............))))).))..))))..))))))).))))))))...)))))))))...(((..((((.(............).))))..)))(((((((.........((((.(((..........)))..))))))))))).......)))))))))))).)))))..)).)))))...((((((..((((....)))).)))))).........
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((.((..(((((.....((((.(((.....))).))))..((((..((((((((...(((((.((((((((((.(((((.((((.,,.((.(((((((((((..((((.........))))...))),,))),..}))).......(((.(((..,....((({...}))).,...))).))),,}}.,,)))))))))))))))))))))))).{({.{{{(((.{{..{(.((((.(((((((((((....,..((((({.........(((((((((((((((((.....(((....))).....)))........)))))))))))))).(((.(((.....))).))).....(((((((((..((((((({{{{{...((((((((((((((((.((((((((((....(((((({...,.,...|..,})))))).))),,)))))))))....,|,,.,...((((((((((((((....)))))))..)))..))))...|,...},.,,,.....))))))))))))).,))}}|.(((((((..(((({((((((.((,{(((.,......(((((,,((.,..}}..})}))|,|||,(((((((((.(((.({,((........)))).)))))))))))}..))),))}.),}).)))))))))).))))))).,,.........)))))))....)))))))))....})))))..........))}})))))..))).)))).||,.||{|||...,,{{{{|(((((((({..,(((((((((((((.{..((((.{((....})).)),)).,))),})))))).((((.(((..............)))))))((((....)))).......)))))))))))).,((((,...})}||((((({......}}.}}}||((((((.((...({..(.(((...(((((((((.((((...(((({..(((.(((..((((((.((((((......((((((......)))))|((((((((((.{.((.{{{....((((((..(((((.({{........,}}....((((((.(((((...........))))}))))))......,{((((....))))|{((((......}}}}}).....((((.....},},.,}.}}},)))).)..))))))....))})).).))))))))))}.,,.....))))))))))))..)))))}...((((((..(({.,,(({({(((....{((.{(((((.((((..{(((.(((((.,.{({(.{....|,||}}...))))).)))),}}}.))))}}.(((((.......))))}....((((((({({({..,,{||},{{{|||,,..))}})))))))))(((((((((((.(......,.)))))))))))..,((({{{{..{{{,..(((........)))...)))..))))))))..))),..))},)))))...{{(((.((......)).))))).})}))))))..((((((((((..,.((......)).,..))))))))))..)))))))))))))))))).))).).)).)).)))))))).....||||}},)))}}....(((((((.,....,))))))),,,,}...,|||||{|{,||,|||(({(..,(((,(({(,{,,((({{{{{.........,,,{{{{{,,,{({.|{{{{|....|{({,.,..,,}}.}}.{{(((....)}))}..}}}}}))}{{{{|.|{{{{{...{({,,....}}}})))))),}}})),|||||..,.}}})}||.||..,)))}}))}||}|{|||||}},,,,))))}))},..{(((..((((.{............}.))))..)))|{{{{{{....,,,,}|||,.{,|,,,.,,{{{{||...,,,,,}))))),,,....)))))))))))).)))))..)).)))))...((((((..((({....}))).)))))).........
Back