Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0320031
Sequence Length
1424 nt
GC Content
0.4235
UACGCGUCACCCUUGCUCUACAGCCAAACAUGCAGGACUCUAGUAACCCGCGAAAUGAUGGGAUAGCGUUGCAAAUCCUUAAAAGAGUCUUAACGGAGAAGGGAAAAUGUUACAUUGUCAAAGUCCCAAAGCCUUUCAGCCUGAAGCCAGGAACAAUUGUUCAAAGUUUCUUUGGAACAUCAAGGAAGGAAAUCCAGAUUUUACUUUAAGUGCAAUGGGGAGUCAUUAAGGAUUUUGUGUAGCAAAAAGACAACAAUCUUCAAGCCACAAUGGCCCUCACCAGAACCCAGCCAUGUGGUCAGCCUGAUCUCGGACUUCACAGCCAGCAGAACUGUUUGUCAAAGAUCAGAUGGUUUCCUUAAGCUGAUAAGCAACUUCAACAAAGUCUCAGGAUACAAAAUCAAUGUGCAAAAAUCAUAAGCAUUCUUAUACACCAAUAACAGACAAACAGCCAAAUCAUGAGUGAACUUCCAUUCAUAAUUGCACAAAGAGAAUCAAAUACCUAGGAAUCCAGCUUACAAGGGAUGUGAAGGACCUCUUCAAGGAGAACUACAAACCACUGCUCAAUGAAAUAAAAGGGGACACAAACAAAUGGAAGAACAUUCCAUGCUCAUGGUUAGGAAGAAUCAAUAUCGUGAAAAUGGCCAUACUGCCCAAGAUAAUUUAUAGAUUCAAUGCCAUCCCCAUCAAGCUACCAAUGACUUUCUUCACAGAAUUGGAAGAAACUACGUUAAAGUUCAUAUGGAACCAGAAAAGAGCCUGCACUGCCAAGACAACCCUAAGCAAAAAGAACAAAGCUGGAGGCAUCAUGCCACCUGACUUCAAACUAUACUACAAGGCUACAGUAACCAAAGCAGCAUGGUACUGGUACCAAAACAGAGAUAUAGACCAACGGAACAGAACAGAGGCCUCAGAAAUAACACCACGCAUCUACAGUCUAUGGUAUUUUACUAUGGAAGCCCACCCUAAGAUUUCAAUUUAGCUUCCAUGUAGUUCCCUGGUGCUUGGCAAUCUCCUGACUCACUACCUUGUCACAUGGUCUAUCCCAAGUCAGUCCUUCUCCUCUUCCCAUAUCCCCCUACUCCAAUAUUCACCCAUAUGUGGCCAAGUCUUCCUCCACCUGAGCUCCUUGCAGAGGAAUGAACAAUUGUUUGAACAUUAAUGAAUAUUAAAGUAAGUAAAGAAGAGACAAAUCUCCACUUGUUUUGAUAGUAGGGUGAUCUUUGGUGAGCUUAGGAAAAGUUUCAACCAAGUAGUCAUAGCAUGAUCCAAGUUAACAUGCAUUGAGCCAGGCGUGAUGGUUCAUGCCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCUCAUGGGGGCAGAUCACUUGUGGUCAGGAGUUCACGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCUCGUCUAUACUAAAAGUACAAAAAUUAGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-335.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -367.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 302.50
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((((.(((....((((.....((((((.((((..............(((((((((.((((((..((((..((((...(((((.........((((...((.........))...))))...((...(((((..(((((((.((((....)))).....(((((((......)))))))((....))(((((..........(((.(((.((((((......)))))).))).)))..........)))))....((((((.((((...............))))))))))....(((((((..(((...((((.........))))..)))..))))))).))))))).....)))))...))..(((((......(((.(((........((..(((((((.....(((((....)))))............................(((((((......)))))))..)))))))..))..........))).)))((((..........)))).)))))..((((((((..(((...............)))..)))......)))))..........((((((.....))))))..(((((((...((....))...)))))))....(((......))).)))))..))))..)))))))))).)).))))))).........(((((((((((.((....)))))))))....))))..((((.....))))......)))))))))).(((..((......))..))).........((((.((.((((...)))).)).).)))...............)))).(((((.(((........))))))))....((((((((((((((((((((..(..((((....(((...((((........(((.((((...(((.....((....((((.((((((((.....................))))))))))))..))))))))).))).......)))))))......))))..).)))))))).........((((((((...((.............((((..((((((((.....((((...(((...(((.....(((..((.....))..)))...)))...))).....))))...))))))))..))))))...))))).)))..)))))....)))))))..))))))))))).((((((((((((.....))))))..))))))........(((((...........)))))...(((((((((((((....))))))))....((((((....)))))))))))((((((.....(((((((((((((((.(((...)))...))))))).))).)))))..))))))...((((...)))).........))
Thermodynamic Ensemble Prediction
...{,{{{,{{,{{((({{..((((.....((((((.((((........{{....(((((((((.((((((..((((..((((,..(((((...({{{..,((...,{{{,.{{{(({....(((((......(((((...((,,(,|{{((((....)))).....{((((((,.....))))))}((,..,||,((((,{.(({{..{(((,(((,((((((.....,||||||{|}|.}}}..,|||....}}))),...(((((,,((((..,,....,......))))))))))....(((((((..(((...((((.........))))..)))..))))))).}}|||||||{,,((({...}}}.,{{{.....,}}|{{.{{(|{......{{..((((({,.....{{{{{....}}}}}............................(((((((......)))))))..))))))),,)),,,,,.....}}}.}},,{{|,}}}},...||,,||{|,||,..{{||,,,.}}}}..,,,,,..,,.})))))}.))))}......)))))....}}},|||,,,..,,,))||||..(((((((...((....))...)))))))..}}|||}...}},)).)))))..))))..)))))))))).)))))))))).}}....{{(({,(((((((.((....)))))))))...,}}}...((((.....))))......)))))))))).|{{.{(((..((((((..,....((((({({(.((((((({...})))..(((((((...............((.,.((((,,(((........))))))))...))........{..((((((((..{,.((((....(((,..((((........(((.(((((..,,......((....{(((.((((((((.....................))))))))))))..}},}))))).))).......))))}}).,,...)))),.,.))))))))..,)))))))....,,,.{(((({...,.......((((..((((((((.....{{(({{.,{,{{{((((((..,.,,.{,..,..),.)))))}.}},|....}}}},.})))...))))))))..)))).)...,)))))),......)))))))))))).....))))))..)))|((((((((((.....)))))}}.,)))}},.,{{{..(((((...........)))))..}||,|(((((((((....)))))))))...((((({....}))))))))),,.,)))))}}.(((({((((((((((.(({...}))...)))))))},)).)))))...,.}}}...,,{,...,}},...........
Back