Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0320033
Sequence Length
2640 nt
GC Content
0.4318
GCUGUGGUGCAGGUGGCCGAAGGGGGCGUUACUGUUGCGACUGGCAUCCGCAUCCGGCAGAUGUAGAUGGAACCAAAGUCCAGAAGUUACGCGUCACCCUUGCUCUACAGCCAAACAUGCAGGACUCUAGUAACCCGCGAAAUGAUGGGAUAGCGUUGCAAAUCCUUAAAAGAGUCUUAACGGAGAAGGGAAAAUGUUACAUUGUCAAAGUCCCAAAGCCUUUCAGCCUGAAGCCAGGAACAAUUGUUCAAAGUUUCUUUGGAACAUCAAGGAAGGAAAUCCAGAUUUUACUUUAAGUGCAAUGGGGAGUCAUUAAGGAUUUUGUGUAGAUACAGCAAAAAGACAACAAUCUUCAAGCCACAAUGGCCCUCACCAGAACCCAGCCAUGUGGUCAGCCUGAUCUCGGACUUCACAGCCAGCAGAACUGUUUGUCAAAGAUCAGAUGGUUUCCUUAAGCUGAUAAGCAACUUCAACAAAGUCUCAGGAUACAAAAUCAAUGUGCAAAAAUCAUAAGCAUUCUUAUACACCAAUAACAGACAAACAGCCAAAUCAUGAGUGAACUUCCAUUCAUAAUUGCACAAAGAGAAUCAAAUACCUAGGAAUCCAGCUUACAAGGGAUGUGAAGGACCUCUUCAAGGAGAACUACAAACCACUGCUCAAUGAAAUAAAAGGGGACACAAACAAAUGGAAGAACAUUCCAUGCUCAUGGUUAGGAAGAAUCAAUAUCGUGAAAAUGGCCAUACUGCCCAAGAUAAUUUAUAGAUUCAAUGCCAUCCCCAUCAAGCUACCAAUGACUUUCUUCACAGAAUUGGAAGAAACUACGUUAAAGUUCAUAUGGAACCAGAAAAGAGCCUGCACUGCCAAGACAACCCUAAGCAAAAAGAACAAAGCUGGAGGCAUCAUGCCACCUGACUUCAAACUAUACUACAAGGCUACAGUAACCAAAGCAGCAUGGUACUGGUACCAAAACAGAGAUAUAGACCAACGGAACAGAACAGAGGCCUCAGAAAUAACACCACGCAUCUACAGUCUAUGGUAUUUUACUAUGGAAGCCCACCCUAAGAUUUCAAUUUAGCUUCCAUGUAGUUCCCUGGUGCUUGGCAAUCUCCUGACUCACUACCUUGUCACAUGGUCUAUCCCAAGUCAGUCCUUCUCCUCUUCCCAUAUCCCCCUACUCCAAUAUUCACCCAUAUGUGGCCAAGUCUUCCUCCACCUGAGCUCCUUGCAGAGGAAUGAACAAUUGUUUGAACAUUAAUGAAUAUUAAACUCUUGGGUUGAUAGCUUAUGGCAGUGAUAGUCAAGUGUAUCACGCCGUGAAGUCAACUGUUUGAAAAUUAACCUGAGAAGUAAUGGCAAGCCCUCCUGCUAUCACCCCCCUUGAGCCCACCUGUCCUACAGAGGUGUCCAUGCCAGCUGACUCCACCAAGACUGACCCUCUGCCAUCCUCUCCUGAGUGCUGAGUAAGAAGGAAUUCAGCUUUAGUACGACUAUCCCAGAGAGACUACUAAACAAGUUCACUACAGUGCACGAAAAUCCAGCUUUGGAGAAACUUCUGACCAGCAAGUCAGAAGUUUCAAAGAAAACUUCUUUGGUUUCAAAGAAAAAUCUAGGAAAAGAUACUGAGGAGUCUGUGAAUAGAUGGAGUGGAGUGAGCUAGUAGAUGGUGAAGGCGCUGCUCACGAAAGAAACAGAGGUGGUGCCCAGGUCUUCAGAAUCUGAGUGACGACACUGGACACAAACUACUCACUGACUGGGGAGCAGCUGAGAAGCCUAGCAAAUCCUGGCUUAUCCCCCGAGAAUGUUCCAGCAGAGGAAAAGAAGUGCAGAAAGGAAGAACUGGGAAGUGAUGUUGGCCCAGGCAGAUUCUAACCCUCUAAGUUCCACAGUCUACAAGCAAGAGUGCAUUAAGGCCCACAUAGACUGCAUUCUCUGUGAUUCCAGUGAUAACUUAAGGAAAGCUUCCUGCUGACUCAAAAGGAUUUUUCUUCUUCUGAACUCCUAUUAUGGGAAUGGAUGAAAUCACUUACAGAGCCACAGAAGGAAACAAAGCAAAGCCAGGAUCAUGAGUUGGAUUAUCUGGAGGCCUAGGCCAAUGGGGAGUUAUUGCUUGCAGUCACUGAUCAAGCAAAUAAACUUUUCCUUCUUUCUUAUGAAAUUUAUUUAAGAAGCUGAAAUUACUUAAAUGAUAAUGAGUUGUGAGAAAAGAAUUGUAGUAGAUAUUUGUUCUCUAUCCAAAUUGCACUGAGUGGGGAGGUGUACCCAUACCCCAGCUUCGAGAAUUGACUGAUAACAGUUCACACCUGCACUUCUCCAGAGAAUUGUCCUUGUCUGACCUGAGCACCUUGUUUAGUAAUGUCUGGUAGGCUAUGCUCCACCUUCCCUGGGCAGAUCCACUGGUCUAAGACAAACAACCCAACCCUCUAAUUUCUGGGAAGAAUCACCUCCGUGAUUAAUCUAAGCUCCAGAUCUCCCAGAGAAAUCAUGCUGAGGCUACAUUUGUGAAACUACAUUUUUAUCUAGCUUCUUCCUUUGCCCUUUCCUGCUGUCCUCACUUCCUUAUGAAUUUUUUUCUGAAAGAUCUUGAUUAAUAAAUUAUUUAAUCAAGAUCCCCCAGUCAUAAGUUCUGUGUUUUGGAAUAUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-694.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -749.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 713.85
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((.(((((((((..((((((((((.(((.(((.((((((((((.(((((.....))))).))))...))..))))))).))).))))....(((((.((((...((.......))((((((((.....((((........))))...((...))...........))))))))...)))))))))..((((((.(((((((((..................((((....)))).(((((((((((...((((((((.((..((((((((((....(((.((..........(((.((((.(((((.....(((..(((((((....))).))))((((......))))...((((((.((((...............))))))))))....(((((((..(((...((((.........))))..)))..))))))).(((.(((((...(((....))).((((.....))))...(((........((..(((((((.....(((((....)))))............................(((((((......)))))))..)))))))..))..........)))))))).)))........((((((((((((((.......(((.((((((((.......(((.((((((((...((((...........((((((.....))))))(((.((((...((..(((((.(((..........(((......)))..........))).)))))....))....))))..)))......(((((((((((.((....)))))))))....))))..((((...(((...(((........)))...(((..((......))..))).........((((.((.((((...)))).)).).)))....(((((((....((...(((((.(((........))))))))...)).......)).))))).)))...)))).....(((.((.................)).)))....(((((((((...)))))))))......))))...))))).))).))).....)))))))))))...((((((......((((((..........))))...))......))))))..)))))))..........)))))))))))))))..)))))))....)).))).....))))))).....))).....)).)))))))))))))))))))))))....)))))))))))....((((((((((((...(((((((.((((((........)))))))))))))..((((....))))..)))))))))))).((.((((((........)))))).)).))))))..).)))))))).))))))..((((((..((.((((.(((((((.........((.((((.(((...(((((.((((((((((........)))))))(((((((.(.((.((...)).)).))))))))...((.(((....))).)).....((((....))))((((((((((((......)))))))))))).........(((((((....)))))))..((((......))))))).)))))...)))..)))).)).))))))).)))).))((((..(((((((.(((..(((................)))..))))))))))..)))).((((....))))))))))...........((((((((((((((..((((((((.((......)))))))...................(((((((((.((((((((((....((((..(((((.((((..(((((((.((((..........(((.((((((.(((((((.(((.(..(((((((((((.(.....).)))..))))))))))))))))...)))..)))))))))...(((((((.(((.(((..((((((((((((..((((.(..........).)))).))).)))))).)))...)))...))).)))).....)))....((((((((........))))..))))..)))).)))))))((((((((.((((((((((...)))..)))))))...)))))))).(((((((((((((...(((((((((((.......)).))))))))).......))))))).))))))..((((.(((.......)))))))........))))..(((((........)))))..)))))))))..((((((........))))))....)))))))))).((((.((......)).))))..(((((((...)))))))...(((((..((((((((((.(((.......)))))).......))))))))))))..................(((((((((..((((((....)))))).((((.......)))).))))))))).........(((((((.((..(((......)))....)).)))))))))))))))).)))..)))))................(((.....))).....((((((((((((........)))))))))))))))))))))...((((((.....))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,(((((({(((((((((..((((((((((.(((.{((.((((((((((.(((((.....))))).))))...)),.})))))}.))).,,))}}}.}}}||(({({.{{((......{(((((.((((..,.....{{....{((((((((.((((((..,{((..{{{{|..{((({...{|||,,|{|..,{(({,.{{((({....((({{......{{(({.,,((..{.||||(((...,||||....,(((((((,,...,}}}||}}((....}}.((((((.(({,..{{({{(({((((({{,{{,{{((((((((({....,,,,},,,{(({......)))}...(((((,,((((..,,....,......)))))))))).,..(((((((..(((...((((.........))))..)))..))))))).||{,,||||...(((....))).,{{{.....,}}|,,.,||||......||..{((((,......,{,,|,,,.}}}}}............,.............,.{{(((((......))))))}.,)))))))}}))}}}}}.....|||.||,,{||..,,,....|||||{{,{|||,,{{||,,.,||}|,,||,,,.....,}}}}}}.}))}}.....,)))}}....,,,,{{({{{...,,))||||..(((((((...({....})...)))))))..,,|||,...,,})).}})))..})))..)))))))))).))}}}})))}.}}....{{(({,(((((((.((....)))))))))...,}}}...|{{{...,,)}}}......}))))))))}.(((..((......))..)))...........)))),,|||,....)))}))}).,.........}}}}}}..||}..((((,{(((........)))))))),,.||{{{{{{.{({.{(((((((..{,.{(({....{{{{..((((........(((.((({{......,,,,((,,..,|||,{(((((((.....................))))))))))))..})}}))))).))).......)))}|,}.,,...}}))}.,.)))))))}..,,||,{{|{{{{{{.{{{{{.,.....{{.,.{{{{{(((.(((((((..,.,,{||{{{{{{|||{|||{..,.,|,{,..,,,}},)))))},}},|,,.,|||||,..,,|,,,.,,,,)),,||((((((((((((.,{(((((((.((((((........))))))))))))),}|(({....})),..)))))))))))).||.((((((........)))))).}}.,,,)))}.))))))}))}.,,,|||{{(,(((,..,,.{({(,,,,,||,,..,.,,}}||}||||..,,...(((((.((((((((((........))))))){((((((.{.({.{(...)).}).}))))))}...((.(((....))).)).....((((....))))((((((((((((......)))))))))))).........(((((((....)))))))..{(((......))))))).)))))...)))}}))..}))})))),),}),,,.},)}}.}}.}}}||,}|||||{,,..........|,|||,|||.{{{{(((|(((,...}}}}||}}.}}).)))),)))..,,,.||...(((((((((,,,,,,{({.(((((.{{......}}))))}.}}....,,|..,|,},{{(((({(((,..{,{(.(((,.{(((((((((((((,{{,((((({((((..((((((((,,...(((.((((((.(((((((.{(,.(..(((((((({(,.{.....}.}}}..))))))))}))))))}...)))..)))))))))...,.(((((.(((.(((..((((((({{{{{{{{{{{,,..{{{{,...}))))..))).)))))).)))...)))...))).))))}{{.((((((.((((((.(((.((...((((..(((((((({.,,,|},...((((((((,((((((((((...)))..))))))).,.))))))))}{((((((((((((...(((((((((,(.......}).))))))))).......))))))))))}))}.{((((,,((.,.....},}}))},...}}|||,,.((((((((.,({{....))).))))},))),}.{{{{((,..,....))))))...,}))},..}))))))).....))))...))))))))).))...)))))).}}..,{||||,{{{|||,|||,|,|,,,.,.{{|||.{{{{,...|||,||.|||,......,,,...........,,,||||...((((((....))))))..|||.}}..}})))))))))))))))))).))))..)))))}}},.,,,.....}))}},,,.})))).)))))))))))).)))))))}))),..,},.,..,{{,.(({.....}}},|,..((((((((((((........)))))))))))))))))))))..}},}}),)))))))).,,...
Back