Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0320035
Sequence Length
1437 nt
GC Content
0.4760
GGGUGUGGCCGCAUGGCGUGCUGUGGUGCAGGUGGCCGAAGGGGGCGUUACUGUUGCGACUGGCAUCCGCAUCCGGCAGAUGUAGAUGGAACCAAAGUCCAGAAGUUACGCGUCACCCUUGCUCUACAGCCAAACAUGCAGGACUCUAGUAACCCGCGAAAUGAUGGGAUAGCGUUGCAAAUCCUUAAAAGAGUCUUAACGAAAUCCUGGCUGACAUUGACUUCUCCACUGCAACCAUCGAGUUCAUUGUCUCCUAAACCUUGCCAUGGAGGCCUGUGGCACCUGAGCCAGCCAUUAUCAUCACCAGCACUUCCAUGAGCUACAAGCUGGACCCACUGCAGUCCUCCUGACACACUGAAAUCAGAGCCUGCACACAGAGCAGCAGAUGCUUCAAUGUAAAGGUCAUUUCCAGCUAUGUGUUCCAAGAUUACUGAAGCAGGAUUCUGGCCUUCCUGAUAAGAACAUGACCAGAUCCAGCUGGUUUGCAACAAGAUGAACUUCAGUGCUGAGCUUUCACCAAGUUUUUCUCACUACAAUCUCAUUGUAAUACUAAAAUCUCCACCCAAGAUGGAGGUUAUCUGCCAUUUUCUGUACAUGUGUUACCAGAAAGGGGUCCUGAUCCAGACCCCAAAAGAGGGUUCUUGGAUCUCACGCAACAAAGAGUUCGGGGCGAGUCCAUAGAGUAAAGUGAAAGCAAGUUCAUCAAGAAAGCAAAGGAAUAAAGAAUGCCUACUCCAUAGGCAGAGCAGUGGCUUUGGCUGCUCAGCUGCUUGUACUUGUUACUUCUUGAGUAUAUGCUAAACAAGGGAUUGAUUACUCCUUGUUUAGCAGUUUUCUGGGAAAGGAGUGGGCAAUUCCCAGAACUGAGGGUUCCUCCCCUUUUUAGACCAUAUAGGGUGACUUCCUGAUGUUGCCAUGGCAUUUGUAAACUGUCAUGGCGCUAGUGGGAGUGUCUUUUAGCAUGCUAAUGCAUGAGCAGUGAGGAUGACCCGAGGUCAUUUUUGUUACCAUCUUGGUUUUGGUGGGUUUUGGCUGGUUUUGGCCGGCUUCUUUACCACUUCUUUUUAUCAGCAAGGUCUUUGUGACCUGUACUUAGUGCCGACUUCCUGUCUCAUCCUGUGAGUAAGAAUGCCUAAUCUCUCAGGAAUGCAGCCCAGUAGGUCUCAACCUUAUUUUACCCAGCCCCCAUUCAAGAUGGAGUGACUCUGGUUCAAAUGCCUCUGACACAUGUGCCUCAUGUUUGGGCAUGAGACCUCACUGUGUAGGUGCAGAGAAGACCCUGCCUAAACAUUGCCUACACGUUGCUCCUUUUUCCUGCCUCAACUUCCUUAAAAUGACAAGAGCAGAGCCCUUUUGGGAGCUAACAUCAGGACUCCUUUUCUGUACUCUGCUCCGUUGUGCUGCUAGAGCCACAAGCCUAUUAAACUUUGCCUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-463.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -490.76
Frequency: 0.0000
Diversity: 330.12
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((..(((((.(((((((((((..((((((.(((((((((((.(((.(((.((((((((((.(((((.....))))).))))...))..))))))).)))...))))).)))))((((....(((......(((((.(((((.......((((......(((((..(((((....((.......))....)))))..)))))((..((((.(((...(((.............))).))).)))).))......))))..))))).))))))))....))))).))))))..))))).))))))..)))))((((...))))((((........))))..((((..........))))(((..((((((.(((((((((((((......)))(((((((..(((.(((..(((.((...)).)))...))).)))...))))))).(((.(((..(((((..((((....((((((((((((..((((.......((((..((((((.....))))))....))))...))))..)))))).)))).((((((((.......))))))))....)).....))))..))))).))).)))((((((((((((((..((..((((((((.(((((((((....(((.........(((((.((((((.(......((((((.(((((......))))).......................((((((.....))))))(((((((.......))))))).((((((((((((((........))))))))(((((((((((((.........)))))))))))))...(((((((((..(......)..)))))))))..(((((......))))).....(((......)))((((((((..((.((((((((((.........)))))))))).))..))))).)))......(((((....)))))))))))((((((((((...))))))))))....(((((((((...(((.(((((..(((((((....))))))).........................(((((.....)))))((((...)))).(((((.(((.(((((((((.(((..((.....))...))).)))).))).))..))).))))).................)))))))).)))))))))(((((....((((...((((((.....(((((.....)))))..))))))..)))))))))((((((((((((........)))).........)))))))).))))))......).)))))))))))........))))))))))....))))))))))..))...))))))))))))))))))....)))))).).))))).)))...)))))..))))..................
Thermodynamic Ensemble Prediction
(({((((((,.(((((.(((((((((((..((((((.,((((((((((.(((.{((.((((((((((.(((((.....))))).))))...)),.})))))}.)))...))))).)))))((((..,,(((,.....{((((,((((,,{,.,,,{{........|((((..(({{{....{{.,....,)),,,,)}}))..}}}})||,,((((.(((..,({{....,........))).})).)))).},......}}))..})))).})))))))....))))}.))))))..)))))}})))))..)))))((((...))))((((........))))..((({.....,,...})))(((..((((((.((((((,((,(((......))}(((((((..(((.(((..(((.((...)).)))...))).)))...))))))).{(,.,,|,.(((((..((((....{|{({{((((((..((((.......((((..((((((.....))))))....))))...))))..)))))}.,},,.((((((((.....,.))))))))....)).....))))..))))).,}}.|||((((((((((((((..((..(((({,,(((((((((,{..(((,...,,...,,(((((.((((((.{......((((((.(((.,.((({{{{,.,..,{{{{{...{(({{{...{{,(((((({{{{{|||||{(((((((.{.....))))))}..|)}}}}||,,,,,....{{{{||||,|,.(((((((((((((.........}))))))))))))...|||,|||||.}}}}}}}})},)))||,,,,.,{{|||,,,}}.||))},,,..{((.....,))}((((((((,.{(.((((((((((.......,.)))))))))).}}..))))).)))......(((((....))))),||{|{(((({(((((...})))|||},,....(((((((({...{((,((({,..(((((((....)))))))..........,...........{{,{((((.....)))))||{{...}}}}.((({{.{{|,|{(((((((.(((..{{.....}}...))).))))},)).))..|||,|||||.,.............,,|}}}}}}|.}))))))))}}})},,,,||,|,..((((({..,,.(((((.....))))),,)))))),,)}))))))))|{{{({|{({{.,..,.,,))))...,}}.}})),},))).))))))......}.))))))))))}.,,,....}}...})).)))))))))))))))..))...))))))))))))))))))..},)))))).),})))).))).,.))))),.,))}..................
Back