Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0333773
Sequence Length
1623 nt
GC Content
0.5108
GAGAAAAGGACAGUUAGUGCCUGGACCAGGACCAUCACACUGGGGACCGGCUUCUCUGCUCUCCCGUUAUGGGGGUCGGGGGAAUGAUGGGUCAAGGGUCUUCCGAAGAAAGCGAGAAAGGAACAGGCGCCUUCAAAAGCCCACUUGGCGAUGGGUUACAGUAAGAGGGCCCCUCCAGGUUCAACGGUCUCCUAACCUGUAGUCACCCACAAGAGCGUGCCCUUUCUGCCCGCCCUUCCUAGCGUUGCUCCCUGCUUGGCUGAGCACUGCGGAGUUUCACGCCUCUAAACCCCGCCUCUUCUUGCAACCUGUGUUGGCCUCAUCUACCCAGCAACUGUCGACGUCACACGACCUGGGCCUCCCUGAAUGGGAGAUAUUUACUAGGCAAUCCCGCCUACUGUUCUGAGGUUUCCCCUCCAGGUGCAGCUUCAGAGCCAGGCGAGCCAGGAAGGACCAGCGGGCGAGGUGUUUCAGAGUGCUGGCCACACCAAAGCAUCAGCCCUGGCUCUAAACUCCGUUACAGUAAGGAAUUACAAAUCCUGUGUUUGUACUCCAGGAAGUCUGCAUUAUCACGAGGAGCUUGGAAAGGAGGUAACACACUCAAGGCAAAUUUCAAGUAACUCAUCCUGGAGGCAGCUGCCUACUCUGCAGCUGUGGUUCUCCACCACAGAGAGAAGAAAAGGGAGGGAGAUGGAGUGCGCAGGUCUGAGAAGGCUUUCAUUCUGGAGCAUCUGCAGGAGCCUGCACCAUGGCCCAGUAGCACCCCUUUUUCUCCAUGAGCUGCUGGUGGGUUCCCCCCUCCCGGAUAGCGCCUCCUUCCAGAAAGAGGAUGUGGUCAGCCUGCUCCACCAGGCUGAGGUGCUGGGUGAUGAGAAGCACUGAGCGGGAGUACCGCUCAGGGCUUUCGUACAGGAGCUGCUCCACCUGAGGAAAGACAUCGGACCGUCAGAGCCGGGGACUACCCUCAGCCCAGGGAGACACCUGUGUUUCCAGGGCUGGGACUGACCUCACAGGAUCACUGCUGGCUCUGCUAACAACCCCAAGGACACCAACGUUUCCCAUUCUGAGUACUUCUCCGCAAACCCUUUGUUUCAUUAAGGACUGUUUUACAUGAAGGGUGCAAAAGUAGGAUAAAAAUGAGAACCCUAGGGUGAAACACGUGACAGAAGAAUAAAGACUAUUGAAUAGUCCUCUUCUCUACCCAUGGACUUGGCAUUUUUAUAUUCGAUUUUAAGGAAAUAUAACUUAGUAGUAAAGAGAUGAGCAUUCAAGUCAGGCAGACCUGAAUUUGGGUCAAGGCUGCGCCACUCAAAAGCUAUAUGACCUCUAUAUGAGCAGCUUAUUCAACCUCUUUUAACCUCCAUUUUGUCAUCUGUAGAAUGAUGAUAAAUGCCUAGCUCAGAAGGAUUCCUAAUGAAUAAAUGAGUGACAGUGCAUGUAAACAGACUAGCUUAAUUAAUAUUAAUAUGAUUAGGAUGGGCUGGGCCCGGUGGCUCAUGCCUAUAAUCCUAGCACUUUGGGAGGUCAAGGAGGGAGGAUCACUUGGGCCCAGGAGUUCAAGGCCAGCCUGGGCAACAUAGCGGGACGCUGUCUGUACAAAAAAUAAUUUUUUUAAAUAAACGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-561.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -590.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 433.63
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.........((((.(((((((((((((..((((((((..((((...)))).(((((((..(((((.....))))).))))))).)))).))))...))))((((...............)))).(((.((((((...((((((........)))))).......)))))).)))(((((((((..((((((((........(((((....(((.(((.((.......)).))).)))(((((.(((.((((((((((((((.((((((..(((.....(((((((.....(((((...(((((....((((.(((.((((......(((((.....((((........))))))))).(((((.....)))))........(((((......)))))..(((((((((((.(((.....)).).))))))))))).)))).))))))))))))...))))).))))))))))..))))))))))...(((..((....))..)))........(((..........)))..(((((((.....)))))))((((((((...............(((..((((((((..(((........)))........))))))))..))).))))))))((((((((.......))))))))(((.....))).....((((((....((((((((((((..(((..(.(((((((.....(((((.((((((((((.((((((....))))..(((.((((((((.(...(((((((((....(((.(((((.((((.........))))..))))).))).....)))))))))......((((((((......))))))))).)))))))).))).(((((.((((((((.....)))))))).)))))........)).)))))))...))))))))...)))))))(.(((((((((((....))((((((((..(((((((....))))))).))))))))..((((((...))).)))...))))))))))............)..)))...)))))))).)))).....)))))).((..(((((((((....................)))))))))))..)))))))........)))))).)))))(((...))))))))((((((.....((((((...)))))).)))))).........((((((((((((((.((((.....(((((.........))))).)))).))))))).....)))))))))).))))))))))))))(((.((((((.(((((((....(((...(((((((...(((((...)))))....(((((((..((((((...((((((((........))))))))((((((.(((((.....((((.....))))...)))))...)).)))).........................(((..((.(((((((((((((((((....)))))).))))...)))))))))..))))))))).))))))))))).)))....)))....))))....))))))))).))).......)))).))))).))))..((((((....))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((((({,,(((((((({((,,{,{{{{{,..||||...)})),{((((({..((((({...|))))).}}))))},|)})|}|})..,||||((({...,...,,..,...}}},,|||}||{{{{...{(((((......,.)))))}.,,,...|||||||}||{{{((({{,..{{|||,||.},}}}|.,.,|||,...,|}|{|,||}|}},}|}|{|||,|}|{({{{.{{(,(((((({(((((({|{{{{{{{(((((({{.(((((((.....(((((...(((((....((((.(((.((((......(((((.....((((........))))))))).(((((.....)))))........(((((......)))))..(((((((((((.({(,....)).).))))))))))).)))).))))))))))))...))))).))))))),},{{||||||{{|,........||..,,)),.}})}},,}}}}}}}}},{{{{,.((({........}}}}..|,}}}}}((((((((.,...,.........(((..((((((((..(((........)))........))))))))..))).)))))))){{((((((.......))))))||(((...,.}}},,.|.((((((...,((({((((((((..(((..{.(((((((.....(((((.((((((((((.{(((((....)))),.(((.((((({{(,({({(((((((((....((({((((({,(((.....,},.}))),.))))}.})).....)))))))))......((((((((......))))))))),)))))))).))).(((((.((((((((.....)))))))).))))),......,}}.)))))))...))})))))...))))))){.((((((((({(....,}((((((((..(((((((....))))))).))))))))..{{{{{{..,||}.}},,},)))))))))}.......,....)}.)))...)))))))).))))...,.)))))),{{,.{{(((({{{.,,,..,||}..,||||,|,}}}}))))}))...,,}}}},......,|,,|}}}}},|||||}.,,,,||{..((((((.....((((((...)))))).)))))),},}|||,}|,{{|{{|||||{{|{,{{{..,.{{{{{,........}}}}}.})},.}}}}}||||,.,}}|}}|||||.,|||||}},}}}))|||.{(((((.((({{{{....(((,..(({{(((...|{{{|..,)))}),,..(((((({..((((((..,((((((((........))))))))|{((({.(((((.....((((.....))))...)))))...)).)))},.......,,...,{{{{{,...,,}||..||.|{(((((((((((((((....)))))).))))},..})))))}}..,}})))))).))))))))))).))}..,})||....}}))....))))))))))))).....,})))),}))))})),,..,{{{{{....}))))}..........
Back