Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0353750
Sequence Length
1398 nt
GC Content
0.3934
ACUGAUUGGUGUGUUUUACAAUCCUCUUGUAAGACAGAAAAGUUCUCCAAGUCCCCACUCGACCCAGGAAGUCCAGCUGGCUUCGCCUCUCACUGGAAUUACAGAUGGUGGAUUGGAAACAGUGUCAGCAUGACUCUCCCACUUGGAAAGACAAAAUGGGCUUAAUUAUUAGAUAAGGAUACGUUUCCAACUGAAGGUGGCAACGUUAUGCUGGAAGAACAUGUCAGGAAGACCACAAAAUUUCAUGACUGUACUUGCUACACUUUCAGCAGAAGAGUUAUACAUAUUUUCAAUUCAACAAAGAUUAAGCCAAAAAGAAUUCUUAGAACAUUCCCACUCUUCUUUGGCACAUCAAAAGGCAACAAAUGUCAUUUUCUCCCAUGUUUUUAUGUGCAGUUUAGAACAAAGACCAAUUAUCUAUGCAGCUGUCCACAGUGGAUAAAACAAAAAGCAUACAUUUGGUCCAGAGUUAAGUCACCUGGGUUGGGCCCAUCCAAGGAAGUUUGAUGUUUCUACUCUCAUGAAAAGUACCAAUGGCACUGCACAGUGAUUAUCUUAGAUAUUAAGGAUAAACACAAAUUUCUCCUUAAAUUUCCAUUUAUUGGAAAUGAUUGGAGGGAGGGAACUUCUCCCUCACCUCCACACUGCCUCUUUUCCAACUCUUCUUCCAACACAAAAUAGUUUAAACAGCAAGCACUUAGAGAGCUUUUAGCCUUGCUUGUUGAUUACAAGGCCCAAGUUAGUGUAUGGUUUGCCCAUCGGAGGAAAGCUAAAACAUGGGCCUUCAUGGGUAUUAAAAUUGAAGAAACCUUUUCCAGCAUUUUUUCUAUUUUCUUUAAAGUAACAACCUAUGGACUUCCCCAUCUGACAUUUUCGAGUGAUCCCACUGUGUGAAUGAAGGACUACUUCAGGGUUUGAGGGCAAAGCUGAAAUCUUAGCAACUUACCAGUGAGCAAAGGUAGAACCCAGAGCCCAUCUCUCCUUUUCCAGGCUGCUGAGUAAAGUCUGGCUCAAUCAACCUAUCAAUGAAGCAGUGCUUACAACAUUCUCCAAGACCACCCAAAACCCAAACUGGAAAUGAAUCAUGACUAAUCUGACUCAUUUUGGCUCACACAGUGCCCUUCCAAUUUGUAUUUACCUUUACCACCCAGGACCUGACCUUGGACAUGUGUACCAGGAUGUAAGGCAAUAAACCUAUUCACAAUUCCAAAAGGGCCUGGUCCUCUAUGAAGAUUUCCUGAAGGCUACUUACUUUCUCUACUCAUUAAAAUUUUUGCUUAACUUCAAAUUUCUGAAAUAUACCAUAUGUGAAAAAUUUAAAUGUUAAUCUGUGCCUACUGUACUACUUGAACAGAGAAAAUUAACUGAUAAACUGUAAAUACAAAAUGUCAAAAUUAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-336.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -365.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 342.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((..(.((((((((((.....)))))))))).)............(((.......))).(((((((((.....(((...)))..(((((.(((...(((((((.(((((((((((.(((((...........((((.(((......)))..))))((((.........)))))))))))))))))((((((((((((......))).(.(((.(((.((((((((..........)))).))))))).))).)..))))))))).(((((((((.......................(((...((((((((((...................)))).))))))..)))...(((((.(((((((...........((((((((.(((((.((.((((..............)))).)).))((((((...))))))..)))))))))))))))))).(((((.((......)))))))((((......))))(((((((((.((((.......((((....(((.((...)).))).....)))).((((((........)))))))))))))))))))......(((((((.....)))))))...((((((((((((.....)))))).))))))...))))).......)))))))))...(((........)))(((.(((((((((.....((.(((...)))))))))))))).))).((((((((.(((......((((((..((......)).)))))).))).))))))))(((((((.......(((((((((......................))))))))).......)))))))....)))))))))).....))).)))))...((((((((((.(((((.....)))))((((((..(((....(((((....))))).........(((((((..(((((.....((((.....))))......(((((((.........)))))))..........)))))..........))))))).................))).))))))....(.(((((((.(((.((....))))).))))))).).))))))))))............(((........)))...(((((.(((....(((((..((((....(((.(((......)))..)))...))))..)))))..))))))))...........)))))))))(((....)))..(((((((..((((((((.(((((((..............................))))))).)))))..........((((.....))))....)))..)))))))......(((((...(((....)))...))))).))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,(((((({.((((((((((.....)))))))))).}........,,..{{{..,,,,,||,.,,{(((({(.....|||}}},}}..{{{{{,|({...(((((((.((({(((((((,(((((,,,,{,{,...((((.(((......}}}..}}}}(({,.{,....}.,,,}}}}}}))))))),((((((((((({......))),(,(((.(((.(((({(((,.........}))).))))))).))).),.))))))))).{((((((({...............,.......||,...(((({{{(((.......{,..........}})),))))))..||..,,{((((.....|||,....,,....||||||||.{(((({((....,.....((((((...,.(((((...((((({...}))))).........))))).},)))))).{(,{{...,,||||||{{{{{,},}}},})}}||,||,,}}}}|,,,,.},},,,,{,...,,,.,,..})},))))}}}}{{|.,(((({,.,,..,{{||||,||,,,}...,}}.}}}}}},(((((((.....)))))))...((((((((((((.....)))))).)))))),,})),,,..,,,,,))}}}}}}}...,,,........}},,{{.(((((((((....,((.(((...)))))))))))))).}},.,(((((((.{{{.,{,,.((((({.(({....,.)).}))))).,)),)))))))|(((((((.......(((((((((......................))))))))).......))))))),...)))))))))).....})),))))}...((((((((((.(((((.....)))))((((((..(((....(((((....))))).........((((((({{((.{({....,((,.....})))}}}},.,{{{|||,,,,.},..}}}}}}||||,.............}}},}},,,))))}).....,,,...,},...))).))))))....(.(((((((.(((.((....))))).))))))).).))))))))))......|,.{((((((((((.{{{{.,,.,,((({((,,.{{(((((..((((....(((.({{......,},..)))...))))..)))),.,))},},))}}}}....|,|},..,,,,|{((,...}}}..{((((((..{(({{,{{.{{{{{{{.,,,.{({(......}}},,{,,....}},))}))))}))),},.}|||,...((((.....))))....}))..))))))}......,}.}},,..))))))))))}.})}},.......
Back