Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

HSALNT0353757

Sequence Length

1294 nt

GC Content

0.4119

CCCACUCGACCCAGGAAGUCCAGCUGGCUUCGCCUCUCACUGGAAUUACAGUUACAGAGGCUGAGAAGUCCAAGAUCAAGGGACCACAUCCAGUGAGAGCCUUCUUGCUGAUGGUGGAUUGGAAACAGUGUCAGCAUGACUCUCCCACUUGGAAAGACAAAAUGGGCUUAAUUAUUAGAUAAGGAUACGUUUCCAACUGAAGGUGGCAACGUUAUGCUGGAAGAACAUGUCAGGAAGACCACAAAAUUUCAUGACUGUACUUGCUACACUUUCAGCAGAAGAGUUAUACAUAUUUUCAAUUCAACAAAGAUUAAGCCAAAAAGAAUUCUUAGAACAUUCCCACUCUUCUUUGGCACAUCAAAAGGCAACAAAUGUCAUUUUCUCCCAUGUUUUUAUGUGCAGUUUAGAACAAAGACCAAUUAUCUAUGCAGCUGUCCACAGUGGAUAAAACAAAAAGCAUACAUUUGGUCCAGAGUUAAGUCACCUGGGUUGGGCCCAUCCAAGGAAGUUUGAUGUUUCUACUCUCAUGAAAAGUACCAAUGGCACUGCACAGUGAUUAUCUUAGAUAUUAAGGAUAAACACAAAUUUCUCCUUAAAUUUCCAUUUAUUGGAAAUGAUUGGAGGGAGGGAACUUCUCCCUCACCUCCACACUGCCUCUUUUCCAACUCUUCUUCCAACACAAAAUAGUUUAAACAGCAAGCACUUAGAGAGCUUUUAGCCUUGCUUGUUGAUUACAAGGCCCAAGUUAGUGUAUGGUUUGCCCAUCGGAGGAAAGCUAAAACAUGGGCCUUCAUGGGUAUUAAAAUUGAAGAAACCUUUUCCAGCAUUUUUUCUAUUUUCUUUAAAGUAACAACCUAUGGACUUCCCCAUCUGACAUUUUCGAGUGAUCCCACUGUGUGAAUGAAGGACUACUUCAGGGUUUGAGGGCAAAGCUGAAAUCUUAGCAACUUACCAGUGAGCAAAGGUAGAACCCAGAGCCCAUCUCUCCUUUUCCAGGCUGCUGAGUAAAGUCUGGCUCAAUCAACCUAUCAAUGAAGCAGUGCUUACAACAUUCUCCAAGACCACCCAAAACCCAAACUGGAAAUGAAUCAUGACUAAUCUGACUCAUUUUGGCUCACACAGUGCCCUUCCAAUUUGUAUUUACCUUUACCACCCAGGACCUGACCUUGGACAUGUGUACCAGGAUGUAAGGCAAUAAACCUAUUCACAAUUCCAAAAGGGCCUGGUCCUCUAUGAAGAUUUCCUGAAGGCUACUUACUUUCUCUACUCAUUAAAAUUUUUGCUUAACUUCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-332.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -356.86

Frequency: 0.0000

Diversity: 300.49

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..............(((((..((((((((((((((((.((((......))))...))))))...)))).)))........(((.....)))(((((((((((((.((((((((.((.........)).)))))))).........((((((((((......(((((................(((......)))..((((((((((((......))).(.(((.(((.((((((((..........)))).))))))).))).)..))))))))).(((((((((.......................(((...((((((((((...................)))).))))))..)))...(((((.(((((((...........((((((((.(((((.((.((((..............)))).)).))((((((...))))))..)))))))))))))))))).(((((.((......)))))))((((......))))(((((((((.((((.......((((....(((.((...)).))).....)))).((((((........)))))))))))))))))))......(((((((.....)))))))...((((((((((((.....)))))).))))))...))))).......)))))))))...(((........)))(((.(((((((((.....((.(((...)))))))))))))).))).((((((((.(((......((((((..((......)).)))))).))).))))))))(((((((.......(((((((((......................))))))))).......)))))))......)))))......))))))))))....((((((((((.(((((.....)))))((((((..(((....(((((....))))).........(((((((..(((((.....((((.....))))......(((((((.........)))))))..........)))))..........))))))).................))).))))))....(.(((((((.(((.((....))))).))))))).).))))))))))............(((........)))...(((((.(((....(((((..((((....(((.(((......)))..)))...))))..)))))..))))))))...(((....)))......))))))).))))))......................)))..)))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

...........,{{((((({.{{{{((((((((((((.((((......))))...))))))...)))).))}......,(((,{,,,.|,|(((((((,,,,||}|||||||{||||{{{({{,.,|{,(((|,,.,}}}.},..((((((((((......(((((,,.........,....(((......)))..((((((((((({......))),(,(((.(((.(((({(((,.........}))).))))))).))).),.))))))))).(((((((((...............,.......||,...(((({{{(((.......{,..........,})),))))))..||..,,(((((....,,||...........,||||||,.{{{(({((.,,,,.....((((((...,.(((((...((((({...})))))...,.....))))).},)))))).{(,{{...,,,|||||{{(,{,},,}},})}}|||||,,|}}}||,,.,},,,|||||,..,,,.,|..,)}.}))},,}}|||.,((((,,.,,..,{{||||,|||,,,...}}}.}}}}}},(((((((.....)))))))...((((((((((((.....)))))).))))))...))))}.,,....)))))))))...,,,........}},,{{.(((((((((....,((.(((...)))))))))))))).}},.,(((((((.{{{.,{,,.((((({.(({....,.)).}))))).,)),)))))))|(((((((.......(((((((((......................))))))))).......)))))))}.....))))).,....))))))))))....((((((((((.(((((.....)))))((((((..(((....(((((....))))).........((((((({{((.{({....,((,.....})))}}}},.,{{{|||,,,,.},..}}}}}}||||,.............}}},}},,,))))}).....,,,...,},...))).))))))....(.(((((((.(((.((....))))).))))))).).))))))))))...}}},,,,..{{{........}}}.,.,,((({((,,.{{(((((..((((....(((.({{......,},..)))...))))..)))),.,))},},)))))}...,}..)}}}}}}})}||}},.}}},}}......................)}}..,,,,}...