Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0361035
Sequence Length
2838 nt
GC Content
0.6237
AGAGGCACUUUACCGCCCGGCGGGAGCGCCUCUCCUCCGCGUCCCUCGCCCCAGCCCCCUGCCCGCCCCACUUUGGGACCCUCCAGCCGCUUUCCCCACAAAUGAGAUCUUUGCAAUGAGCAAACGAAAGUGGCGCGGAUUUCGGGGCGCCCAGCAGGAGCGAGCGCAGCCGCCAGCCGCAAGUCCGCAGCCGUGUCCCGCGCCCCACGCCGGCCUCCCCGGCGGCAGCCGGAGACGAGCGCCAGCACCGGCGGGACAGCAGCAGAUGCGGGCCGAGAGCCGGUCAGGGGCGCAGAGGCGGAGGGGAUCGGCGCGGCGGGGAGCUCACCGCGAAGCUGGAGGCUGCGUCCGCGGGCGCACCAGGAGCUCAGGCAGCGAGCGAUCGAACGCUCUGUGGCAGGCGGUGGACGCUGCUGAAGCUCUGGCUCUGAGCUCACCGCUCCGCCGUCCGUGGGACCAAGCCCAGCAUUUUACAAACCCAGCUCCUUUCUCCAAGGGUCCUCAGAGCGCCCCUCCGUCACCCCCUGCAGGGCGCCGCAGACGAGGCGCUGACCUUGCGCUCACUCCCCUCGCUGGGGAAGGACACACUCGCUGGCGUCAGCCCGGCCGGCCUGGGAAGUAGGACUAAGGACCCGAACUGCAACCCUCCACACCAGACAGCACAGACCACCCCAAGGCUGCUCAAUCUGCCCAAAGCCAAAAGUACGUGGGGGAUAUGGGUCCAGGUUGGGGUGCUUGGGAGAGGGCCCUGGGAGAGGGGUUCAGACGGUGCACACUCCAAAGGACUGAGGCGGCGCCACUGUGUUACCAUUUUAUUGAGUGUCUAAGGUAAAGACACCUUUGAAAGAACACUCCCGGCUUCUAUCUGGGAUGGGCAAAUCAGCCUGAAGAGUCACCUGCUGGAUCCCUCCCUGCAGGCCCUGUCGUGGGGCAGGUACAGGGACUCCAAUCCAUGUGCCUCCAGCUCCAACGCUCCCCAAGUCCUGGAGCCUCCCCUGUCACCCCAGUGCCUGACCAGUGAAUGGGUGCUGCCCCCACUACAGAGCUCCCUCUGGCUGAGGCAGAGGCCACUGGCUGGGCCUUUCUAGCCACCUUUCACCCCUCUUGCACACGGGAAGCCCCGCAGGCUCCUGACCACAAUGGGAUCCUGACGCCGGAGCCCCUUAGGCCCUUUGCUCAGAAGGCCUCUGGUUAUUACCUCAAUUCUGAACAGCCAGGAGGCCUGAGACUGUCACCCACUUUGAUAAAUACAGACCGACAGAAAGGUCAGGCCAUUGGUGCAAGACCCCAUGGCCAGCAGCCUGGGGCGGGGAGAACCCGGGGGUCUCACAGCCCCCAGCAGAGCCCAGCUUUCCUUGGGUUUUUAGGUUCUUCCCCAAUGAUAUUUUCCCUUUUUCCCUCUCUACCCACUUUCUGCCCCCCAUCUUCUCCCCUUUGGCUGCCCGCUCUCUCCCUGCCCCUCUCCCCUUCUUUGCCCUCUUUCGUCUCCCAGGAGCUCCCCUGCCAGGACCUCGGUGCCGUGGAGACUGCGGGGAACCUGCUCUGCCCACACCUGCUCUGGCCCCUAGACGGAAGCACCUGGAGCCAACCACGGAACUCCAGAUCCCAGCUGUGUGACUGAAUCCACGCCAGCCUCUCUGAGCCAAAGCUGCUUGCAGAAGGGGGAGAUCCCAGUUCGAAGACUCCCGCGCAGAGCCUGUGGCCCUCUCUGCCAGGCCUCAGGGUGCCUGAGACACUCACCUCUCUGCCUCGCAGUUGGGGCUGAGGCUGGGGCUGGCUGCCAGCCUCAGUUCUGGGAGCGCUGGGGUCGCCUGGGCCACAGGCCACAGCAGCUCACCUCAGGACUGGGCUCUCUGGCCUGCUGGGGCUCAGGCUGUGGGGCAGGCUGGGCAGGGGGCUGAGCUGGCAGCGAUUCAGAGCCCUGGGGCUGGGGGCUGGAAUCCACCUCCUCCCACACAAGCUCGGUGGUGACUCUUCGGCCCCUGGGGAAAAACAAAAAGAUAUUGCUGAGAUGACCUCUUUUAAAAGCAAAGCCCCCCUCCCCAUACACCCCAAGCCUGAGCCCUGUCCCAUCCCCCUCCCCGGGUUCCUUCAGGUCACCUUGUCAGGAUCUGGGCAGCGGCUUCCCCCUCUAGCCCCUCCCCUGCCUAGAGCUCCCUCUUUCAAAGUAUAAGGGAGGGAAGAAGUGGUGAGAAGUUUGCCUAGAAAGGGCUUCCCGGUGCUGAUGGAGAGGCCGAGACCCUUCUGUUGGACAGGCUGCCCUGUUCCUGGGUGAGGAUGGGCUUCUGCCUGGCACUGGGGGUGGAGGGUGCACACGAAUGGCCCGCCUUGAGGGGUCAUGGCACGGAAUAUGAAAGCCUCCUCCACCUCCAAACACCCCCACCUUGGAAGGAGAUAAGGAGGGGGCCCCAGCAAAAGCCACUGGACACACAGCUCUGCUUGACGAGGCCAGUGAGGGACGGCGUGGCUGUGCUUCCUGGGGAAAUGAACCCCCUCCCCACAGACACCACCCUGGGUGGAUCGAGGAGUCUGGGUCCAGGGUGCAACAGAGAAAAACUUCAUGCAUGAAUGAGCAUUCCCAGGGAAACUGCCUUGGCCCCAGGGCGCCUCUCUGUGCCAGGGAGGCUGGGAGAGCAGCAAGGGGGACCAGGUGCGCCAUCAGGAGGAGAGAAGCUAAACCUAGGGGGGACAUGGAGGGCGGUUGUUGCCUCUCCCGGCAUUUCUCCUCAGUCUCCUGUCCAAUUUCUUGCUGGUGGUCAGGAGGCAUAGGGAGGCAGGAGGGAAGGAAGCUUUACCUGUAAAAUGGUGUAUAUAUGUAUAAAUAAAAUCUCUGCGCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1263.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1309.64
Frequency: 0.0000
Diversity: 736.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...(((........(((((((.((.(.((((((((((.((((((..(..(((((.((...(((...((((...))))....(((.(((((((((...............(((((.....))))).)))))))))..)))....(.(((((((.(((((.(((.((((((((.((((((((..((((.(..((((.((..(((((((..(((((((((.(((((....))))).......((((......))))((...(((.....)))...))))).))))))..))))))).)).))))..)))))..)))..((((........))))...))))).)))))))).)))((((((((((((((((..(.((..(((((......)))))..)).).(((((((((.((.(.(((.((((.......)))))))).)))))))))))..((((......))))...............))))))).........))).......))))))...........))))).))))))).)......((.((((((((.(((.((..(((((.....)))))..))......))).)).))))))))))).)).)))))..)..))))...(((((((.........(((((((..((((..(..(((.((.......)))))..)..))))......((.....))..)))))))...)))))))((((((((((((..(((((((((((.((((.(((((((((((..((((...((((...(((.((((....((.(((..(((((.(..(((((..(.((((((.......)))))))..)))))))))))((((((.......)))))))))))...)))))))...))))))))..)))))))))))))))..))))))....(((((((((((((.(((......))).)))))))...))))))..(((((.........))))))))))..).)))))))..))))....((((...((((...)))).)))).(((((....))))))).)))).))))))).)).))))))).......)))..(((((..(((((((((....((((((((((..(((((.(((.(((...((((.((.((.((((((.(((.(((((((((((.((((((((.......(((....)))....))))))...)).))).))))))))..(((((.......)))))......((((........)))).)))..)))))))).)).))))))).))).))))))))))((((((((((.((((((......))))))...(((((((((......)))))))))..))))))))))..........)))))......................((((((.((((..((((((((((((((......(((((((((((((((.(((((((..((((.........((((((((...(((((..(((((((....((((((.(((.....(((((...)))))((((....((((....((((.(((.((((((((((((((((((((......))..))))))....((((.....).)))...(((((((..((((.(((.(((...((.....))....(.(((((.((..........))))))).)(((((((.(((((((((..((((.((((....(((((..((...))..)))))....)))).))))..)))))....(((((((((((...)))))))))))(((((..(((((((((..(((.((((..(((((((.((.((((((((...))..)))))))).)))))))..((((((((((((.(((((..(..((((..(((((((..(((..(((((((......(((.(((((((((((.(((...))))))))((((((.(......))))).))......)))))).)))...............))))))).................)))..)))))))...))))..).)))))))))))))))))(.(((((((...((((((((.((((.((((....))))..))))(((((((((..((((((((((((...(((((((.(((..((((....))))......)))...))))))).)).)).)).).)))))))))))))).(((((..((..((.(((((((((.((......)).))))))))))).))..)))))...)))))).))))))))))....)))))))..((((((((((((((((.((....((((((........))))))))))))((..........)).))))))))))))....(((((.(((((........))))).))))))))))))....))..)))))..))))))))))).......)))))).))))...)))))))..)))))))).((((........))))(((((.(((........))))).))).......))))))).))))))))...))))(((....)))((((........))))..((((((......))))))..))).)))))))).))).))..))))).))))))))))))..)))))))..))).).)).....)).)))))))))))))....)))))))).)))).))))))....((((......))))...(((((..((((((((.(((...((.....))))).))))))))...))))))))))))))..)))))..............(((((((.....................)))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((((.(((..((((...))))))).)))))}{((({(({(({,,{((({{.(({{.(,((((((((({...}))).....,,.(((((((((..{......}.,...(((((.....))))).))))))))){{||{{{{{({((((({,.((,,,.{{,.||{{,|||}||,,|}|,}}||||}|.{(,(({(({{((,{,,,..((,(((((({(((((....))))).}..}}}.|||.}}...})))}}}},||.}}...,))}))),),).)),)))..))))))).)),)}))||}|||,{{|{(.(((((.{{{{{{{,,||.,{|||,,.|||,||||{|||{({({{.{{{{({(({..{{({,,(({((......))))),.})}}.|,|,|||||}||.}}|,.}|||{}.}}..})))))),))))),)))))))).((((......)))).|{{{{{{{{.....{{{{(((((((({..{{{{{{{.,{,||||||.{,,,,..,,,|||||.||||||{{|,{.,{{(({((,,,,...)))){{..(((((.....))))).,}}....}})||||||}.,.)))),)).)),,||}}..|..)}}),.})))}}}.,{{,({..,{{{{{{...,{,,.,{...,,....((((,,(((((((...((((((...(((({...(((,,(((((({{{.(((((((((((((((.((..{{((,((((((.{(((.(((((((((((..((((...((((...(((.((((....((.(({..(((((.,..(((((..(.((((((.......)))))))..)))))})))))((((((.......)))))))))))...)))))))...))))))))..)))))))))))))),..)))))).}},(((((((((((((.(((......))).)))))))...)))))),,)}.})))},..}))))),}},))).,)}),)))))}}))|||..,((({...{{{{...}))),)))),)|(((....))))))))..))))))(((({.((((((({....,)))))))...........((((((((.((((,,(((.....))))))))....{{{{((,..(((((,,{.{{.{{{.,,,,|||||,,.||(({|,({{{{{{{((({...,,,....,,,})}..)))})))})))))}}).{((((........||.........|,..}}}}}...}))))))))}})))))))))).....))))))))))))))))).((((((((((.((((((......))))))...{((((((({......})))))))}..)))))))))),...,......,,,.,...,,,..,,.......,,.,|||((({((.{{{((((((((.((((.((((....(((((((((..(((((((.,...,,(({({.....(((((((({(.{{,{{||||..,|},,...||||}},|||}||}.{{((({..}}}}}|||{,.,.||||.{{{((((.{((,((((((((((((((((((((......))..))))))....((({.....}.)))...(((((((..((((.(((.(((...{(,,...}),,..(.(((((.((.......,..)}))))).)(((((({{(((((((((..((((.((((,,,{((({{,,({,,.,,,,}}}}},...)))).))))..))))),,,|(((((((((((...)))))))))))|((((..(((((((((..(((.((((,,(((((((.((.(((((({(...))..)))))))).))))))).,((((((((((((.(((((..(..((((.((((((((..(((..((((((({{....(((,(((((((((((.{({...|||||}}}{,{{{{.,......))))).},.,,}}))))))).)))}...........},.))))))),{,.....,,.......)))..)))))))}).))))..).))))))))))))))))}{.((((({{.,,((((((((.((((.((((....))))..))))((((((((,.,((((((((((((...(((((((.(({..((((....))))......)}}...))))))).)),}).)).).)))))))))))))).(((((..((,.((.(({{{((({,((,.....}),))))))))))),))..))))),..)))))).)))))))))}....)))))))..((((((((((((((((.({...,((((((........))))))))))))((..........)).))))))))))))....(((((.(((((........))))).))))))))))))....))..))))}..))))))))))).......)))))).))))...)))))))..)))))))).((((........)))}|||||.,,{,..(({{{...))))).},,.)),))))))).)))))))},..}}|||,.....|||(({{....,,},)}}}..((((((......)))))}.,.})))))(((((((((...))))))))).)))))))..)),}))))))...)).))))))..})).))))))},}........,))))))..,)))))))}})).},{(((......)))}..,(((((..((((((((.(((.,..,.....)}))).))))))))...))))))..)))))))))),,))}.....)))}}}})|||{({....,.,,..........,,,)))}},.
Back