Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0368289
Sequence Length
1331 nt
GC Content
0.5612
CUUGGUACUCGCGCAGCAUCCGUGCCAGCUCCUCCUUGGCCUGCUGCAGGGCGCCCUCCAGCUCAUCCAGCUUGGCCCUGGCAUCCUUGAGGGCACAGUCCCCCCGCUGCUCGGCGUCAGCGAUGGCCGUCUCCAGGUUGGCACACUGGGGUCAGGAGGUAGCAUUUCUCCCUGAGUUCCUCCCUGGGCCUCGCUUCACCUCUCCCAUGCUCUCAAUGGUUGAGCCCUCCUCUGUCCUGCCCCAUGUCCUGGAGCAGAGACCCAGCCACAUCCAGGUGGAGUCCUGUCAACCUGAGACUGAGAGGCUUGCUACGCUGGGCCCCACAGCUUUAUGAAAAUAAUCUGCAAUUGUUCCAAACUUCAGAUGGGAGCUAAGGGUGAGGGAUGAGAGCAGGACCUCCAUUUGAAGAAGGGGAUUCUGAAAUGGAUGCUCAAGAGAAGGAGGGGGCAGGGGGUGCUAAGCAGUUCACCCCUCCCUUAGGAGUGAGUAAGGAAGGCUCCAGUCCCCUUCACCUGCUUCUUCACACUCUCAAUCUCCGAGCGCAGUCUUUGGAUGAGACGGGUCAGCUCUGAGAUCUCAUUUUUGGUGUGUUUCAGGUCAUCCCCAUGCCGGCCGGCUGCUAGCUGCAGCUCCUGGAACUAGAGGAAAAGGAACCAAAGCAAGAACACUGACUCAGGGCUUGGCUGGGAUCAGCCUGGUACAGAGACUGUGCCUGCACUUGCAGAGCCUGGCAGAGAGUCACCUUCUGAUUUUCUGCCUAAAUGCAGUGGAAUUUGAAGUCAGUCACCUAGAUUCUGAUCCAGCUGCGUCACUUGUCAGCUAUUGCCUUUGUGCCCAGGAGAGUGCUGUGCUCCCAGCAAGCUAUGGGCCACCACAGUGAGUCAUGGGGCAGACAAGACAGAGUCUGGAGCAGAGGGCCCUGCAUACUUCACUAUGGGGAGUUUUGCGGCCUCACCUUGGUCUGGUACAGGGCCUCGGCCUCGGCCUUGCUCUUCCGGGCGAUCUCCUCAUACUGGGCACGGACCUCAGCAAUGAUGCUGUCCAGGUCCAGGUUCCGGUUGUUGUCCAUGGACAGGAUGAUGGACGUGUCGCUGAUGUGGGACUGGAUCUGAGCAGUCUCCUGCAGGGGAAACAAGGAAGCAUGAAAUGCCUUCUGUGACCAGAGAAAGGUCCCAAGGUGAUGGCCCUGUCCCAGAGGGAUGGCCCUAGACCAUCCCACACAGAUGGAAGCUGCACUUCCCAAAGCUUGUAAGAACAGAGCUCACAGCCCAGAGGUUCCAAUACCACAUCUGAAAACUGCUGAAUGGGUUUGAAGCAGCCCAGGAAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-518.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -542.09
Frequency: 0.0000
Diversity: 460.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............(((((.((((((((((((......(((((...(((..((((((...((((.......(((..(((((.(......).)))))..)))......))))...)))))).)))..)))))......))))))))).(((((((...(((((.(((...((((((.(((........(((((((((((((.(((..((((.......))))..))).....((((((((((((((((((((((..((((.((((((.((.......))))).)))))))....(.((((.((((((.........((((.......))))............(((((...((......))...)))))((((((...(((((((((((..((((....(((((((((..((((.....)))).)))))).((((((....((((.(((((...(((.(((...))).))).))))).)))).....)))))))))...))))..)))))..)))))))))))).....)))))).)))).).((((((((((((..(((..(.(((((((((((((.((...((((((.(..(((((...((.((......((((..((((((.....)))))).)))).....)).))...)))))...).))))))....)))))))))).))))).)..)))........))))))))))))((((....)))).....((((((((((((.....))))))))))))...((((((((((.((.(((.((((....)).))))).)))))).)))))).........((....))...((.(((((..((..(((((......)))))..)).)))))))...))).))..))))))))))....)))))))..)))))).)).)))))..........)))..))))))...))).))))))))))))(((((.((((((((...((((.((((((.((((...(((((((..((..(..((((((..((((...((((....))))))))..))))))..)..))..)))))))...((((.(........).)))).(((..(.(((((((........))))))))..)))((...(((.(((.((((...)))).))))))..)))))).))))))...))))...)))))))).)))))(((((((.......)))))))........))).))))).(((((...(((((((....))).))))..((((.(((((((......)))...))))......))))..((((((......)))))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((,,{,.,,(({{{.,,,||||||({(,.,,{,{(((({{{(({,{({{{{{{{,((({....,,,((({(({{{({({{,,.,|{|}|}|.{|||......))))...)|)|))})|},,}}))}...|||))))))|},.||||||(|||((((.,{{,...{{,,,|}|||.,},.|{{((((|||((((((.{{,.,((((,,,,...}}}}..))),....(((((((((((((((((,{{{({.{({{.({{{{{,({.......))))),))}})))}..}},|{||,{{{{{||||||||.,{|{{||,,.,.}|||.,,,{....,,,(((((.,.{{{.....}}.,.))))){(((((..,(((((((((,(,{((((,,{.{{(((((((..{(((.....)))).))))))},{{((,...,{,((((((((..{((({(((,..,,),),).))))),}}},.{{{{|}}||,.}|...)))),.))))))})),)))))))))}}...)))))}.}))).},((((((((((({..(((..(.(((((((((((((.{{...{(((((.(.,(((((.,,({.{{,.....((((,.((((((.....)))))),||}}.....}}}))...))))},,.}.))))))....))))))))))}})))).)..))).}}.,,.,}))}))))))))((((....)))).,,..((((((((((((.....))))))))))))...((((((((({.{{.({{{((((....}}.))))).)))))},))))))..,..,.,.((....}},,,|||{{{{|,,{|..{|||{.,..,,))))).,)).))))}},,,,}))})}}.))))))))))....))))))),||||}||.},||||}|||,...,...,||.{||||||,..|||{{|,||,,,|||,(((((.((((((((,,.((((.((((({.((((...(((((((..((..{..((((((..((((,,{((((....)))))}}},,))))})..},,))..}}}|||}...{{{{.{.,.,.,,,).}))),{{{..{.(((((((........)))))))}.,))){({..((,,(((.((((...)))).))))))..)))))).,)))))...)))),,.)))))))).)))))(((((((,....}.)))))))...,},..})).)))))})|||}}}.||,,{||,...,))),)))|.{{||,||||(((......)))...}}}}......),}}..}||||,}},}})})))))))}})...
Back