Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
HSALNT0371035
Sequence Length
1810 nt
GC Content
0.5127
CACACACGUACAGGAAAUACAGCCAGACCAGAGCCUUUGCAGUCCGCAGCUGACCGGAAGACGUUGCCUUUCAUUCAUUCAUUCUGCCCGCCUCUGUGGACUCCUUUACUAGGCGACCAGCCCUGAAACAGAAGUUGGACAUUUUUUAAAGGUUCUUGCGCUCGGCAAGGGGAGCAGAUAGAUGCUCAGGAGCGAAAGACGCAGAGAAUUGGAUCUGGCGCCUCCUAACGCAGCCCGCACAGGAGCGAAGGAGAGUGUGACGAUCCCCCUGAUGCGGCUGAGAUGUUCUGAAAUGAAGACGUUGGCUCUCAUCCCCAGCCUGAAGAGAGAAAAUUCUGAGAUGGCUCCCUUACAGAUUGAGAGCAGAUACGGGGUUUCACCGUGCUAGCCAGGAUGAUCUCGAUCUACUGACCUCGUGAUCCGCCCGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUAUAGGCGUGAGCCACCGCGCCCGGCGGCUGUGGCUAAUUAUUAGGCACUGGGUAGGAACACAGCCAAGAACGAUUGCAGGAUGGGUCCUUCCAGGACACUGACGUCUCAGCUUGCGCACUGUGAGUCCCUGGACGAGUUACUCCACCUCUCUGAACCUCCUCCUCACUUGCAUAAUGGGAAAAAUAAUGGACAUAGGAAGAUGAAACAAGACCUUGGAGACCACAUUUACCAUCUUAUUUUCCUUGUUCCUUUUUCUUUUCUUUUUUUGUUUUUGUUUGUUUGUUUUUUGGAGACAGGGUCUCACUCUGUCACCCAGGCUGGCGUGCAAUGGCGCGAUCUCAGCUCACUGCAGCCUCUGCCUCCUGUGUUCAAGGGAUCCUCCCACCUCAGCCUCCCGGGUAGCUGGCACCACAGACGCACACCACCAUGCCUGGCUAAAUUUUUUUGUAUUUUUAGUAGAAGUGGGGUUUUACCAUGUUGGCCAGGCUGUUCUCGAACUCCUGGCCUCAAGUGAUCCGUCCACCUCGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAACCACUGAGCCCGGCCCCUUGUUCCCUGUUCUGUUUCUUUUUCACUGUUAUCACUGAUCACCAUCGAUCAUAUUAUCUACAUAUCUAUUAGAUUGGCGCAAAAGUAAUUGCUGUUUUUGCCAUUACCUCCAAUGGCAUUACUUUCAGUGGCAAAAACUGCAAUUACUUUUGCGCCAACCUAAUAUAUUGAGACAGGGUCUCUCUCUGUCACCCAGGCUGCUGGAGGGCAGUGACACAAUCACAGCUCACUGCCAUGUCCAACUCCUGGAUUCAAGUGAUCCUCCCGCCUCAGUCUCCUGAUUACCUGGGACUACAGGCAUGUAUCACCACACCCAGCCGGUUUUUUUGUUUGUUUGUUUUUGAAACAGUUUUGCUUUUGCCCCCCAGGCUGGAGUGCAAUGGCAUGAUCUUGGUUCACUGCAACCUCUGCCUCCGGGGUUCAAGCGAUUCUCCUGUCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGGUGCCUACCACCACACCUGGCUAAUUUUUGGUUUUGUGGGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUGUUGGAGUCUGGCUCUGUCACCCAGGCUGCUGGAGUGCAAUGGCGCAAUCUUCAGCUCACUGCAACCUCUGCCUCCUGGGUUUAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGACUCCUGAGUAGCUGAGAUUACAGGUGUCCACCACCACGCCCGGCUAAUUUUUGUAUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCACCGUGUUGGCCAGGCUGGUCUCCAUCUCCUGACCUCAGGUGAUCCACCUGCCUCAG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-628.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -658.85
Frequency: 0.0000
Diversity: 459.01
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((((((....((((.(((.((((((...(.(.(((((((((..((((.((..(((..(((((.((((.((..(((((((((((..(((((....))))).))))..(((((.(((...)))..)))))...............((((((.....)))))))).)))))..)).(((((((.(((.....)))........((((((.(((((((((..(((...((.....)).))).))))).)))).).))))).))))).))(((((.((((......((((....))))......))))..))))))))))))))..))).(((((.(((.((((((((((...(((.((((((((((.......))))).((((((((..((((.(((((....))..))).))))..))(((((.....(((((......)))))....)))))..((((.(((....))).)))).)))))).......(((.((((((((((((((((.(((((((((..(((((.((((.(....(((....)))..).)))).)))))(((..(((((.....((..(((...........)))....)).....))))).))).....((((((((....(((((.((((((((((..........(((...)))...........))))))))))))))).))))))))........))))))))).))))..))))))....((((((((...)))))))))))))))))(((.((((.(((.((.......))))).))))))))))))))))))))....))))).....))).))))).)).))))..)))))((((((((.(((((((((((((((((((((((((..(......)..))))))....((((((..((((..((..(((((((..(((....))).))))))).)).))))..).)))))((((((((.....)).))))))....)))))))).(((..(((.((((((..((((.................................(((((......)))))...............((((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((.((......))..........)))))))))))).))))))))))))))))))).))))))..(((((((((((..((.((.((..((((.((..((.((((((((((((....((((.((.(((.(((((((((((.....)))))....(((((.(....((((.((((.((.........))))))..))))..).)))))..((((((((((((........((((((.......))))))..........))).....)))))).)))..))))))))).)))))))))))))..)))))))..)).)))).)))).))..).)))))))))).....))))..)))))).)))..)))((.(((((((((((((((((((...))))))....))))))).))).))).))))).)))))))).)))).)))))))).)).)))))))))(((((((..((.((((((((.(((.((........))))).))))..))))))..))))))).........((((..(((((((....)))))..)).)))).....(((((........))))).))))..)))))))))........(((.(((((..(((((.((..((.((((.(((...)))...)))).)).)))))))..).)))).)))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((((((((,{..((((.((,{((((((...{.(.((({(((((,.((((.,({{(({..,{((({{{({.,{,,{({(,{(((((,,((({,..{{||||,.|||,|.(((((.(((...)))..))))).}.}}}..}}}}}},((((((.....)))))},(((((......))))){{|||||..|||}}||},,...,|{{|||.{||{{||||..{{(.,,((.....)).))).}}))).)})).).)}))).,}}}.,))|||||||}}}.,,}},}},)}})))}}|..(((((.((........)).)))))..,...{(({(.{((.((((((((({...(((.((((({((((.......))))|,(((((,((..((((.(((((....))..))).))))..))(((((.....(((((......)))))....)))))..((((.(((....))).)))){||}|||.....,,|{|,|((((({(((((((((.(((((((((.,(((((.((((.{,.,,{((|...|||{,,,|}}||}}}}}{{{.,|||||,.,,,|||.(((...........,,,.},.,},,..,))))),))),....(((((((..{{.(((((.((((((((({....,{{...(((.,,......}}.}}}}}))))))))))))}))}.}}},.)))))),...))))))))).)))}.,)))))}....((((((((...)))))))))))))))))||{.((((.(((,{{.......))})).))))))}))))))))})})),..}))))).,,..})).))))),},.)))).,)))))((((((((.(((((((((((((((((((((((((..{......}..)))))).{{.((((({..((((..((..(((((((..(((....))).))))))).)}.))))..}.))))),||,{,,({{{{..,.,,))))}...)))))))).{{{..{((,({{(((..{{{{......,,...,............,,.......(((((......)))))..........,....((((((.(((((((((((((((((((.((((((((((((.((......))..........)))))))))))).))))))))))))))))))).))))))..,{({(((((((..,,.|||||,,{(((,((..({.((((((((((((....{{{{.{{.{||,|||{{{{((({.....))))}....(((({.,.,..((((.((((,({.{.....,.))))))..))))..).})))).,(((((((((((.......{,,{{{((,,.....)))))}..,,||,...|||,,..,|||}}|.|}|,,}}|}}}}}}.}}))}})))})))..))))))),,}},)))).,))),))..},}}}}||||||,....}}})..)))))),},},,))|({.{(((((((((((({(({({...,))))}...,))))))).))).))).))))),)))))))),)))).))}}}))).),.)))))))))(((((((..((.((((((((.(((,{{........))})).))))..))))))..))))))).........(((({{({{((((....)))))}}),.)))).....(((({........))))).))))..})))))))).....,,.(((.(((((..(((((.((..((.((((.(((...)))...)))).)).)))))))..).)))).)))..
Back